חברות רבות בוחרות לתגמל עובדים (ובחלק מהמקרים אף יועצים חיצוניים) באמצעות אופציות לרכישת מניות בחברה במקום התגמול המסורתי של שכר. חלוקת אופציות לעובדים במקום תוספת שכר מאפשרת לא רק להעסיק עובדים בשכר נמוך יותר כשיתרת התגמול נעשה באמצעות אופציות, אלא גם מתן תמריץ לעובד לסייע להצלחת החברה ולא פחות חשוב מכך, תמריץ לעובד להישאר בחברה לפחות עד שכל האופציות שלו תהיינה ניתנות למימוש. עם זאת, חשוב להקפיד על בניה נכונה של מנגנוני האופציות כדי לוודא שהם אכן מהווים את התמריצים להם מכוונת החברה וכי אלה לא יוצרות "תאונות מס" לחברה ולעובד.
דיני המס בישראל קובעים כי כל הטבה שמקבל עובד ממעביד ממוסה במועד קבלת ההטבה כהכנסה רגילה של העובד. פקודת המס מכירה במנגנוני אופציות ומאפשרת בתנאים מסויימים לדחות את תשלום המס למועד בו תמומשנה האופציות ולעתים אף עד המועד בו תימכרנה המניות שנרכשו באמצעות האופציות. בניה נכונה מאפשרת לעתים חסכון מס של כ50% על ידי הכרה בהכנסה כרווח הון במקום הכנסת עבודה רגילה. פקודת מס ההכנסה מאפשרת לחברה לבחור בין מספר מסלולים שונים להקצאת האופציה, אשר לכל אחד מהם משמעות מיסויית שונה, אולם גם השלכות אחרות אשר חשוב להיוועץ לשם הבחירה ביניהם הן ברואה חשבון והן בעורך דין המכירים היטב את התחום.
קיימת, למשל, אפשרות לבחור במסלול הכולל הפקדת האופציות בידי נאמן והמאפשרת דחיית המס, בתנאים מסויימים, עד מועד מכירת המניות על ידי העובד. במקרה שבוחרים במסלול המתייחס להכנסת העובד כהכנסה הונית על הנאמן להחזיק במניות לפחות שנתיים והעובד ישלם בסוף המסלול רק 25%. להבדיל, בחירה במסלול של אחזקת מניות על ידי נאמן תוך היות ההכנסה הכנסת עבודה תדרוש אחזקה של המניות בידי הנאמן שנה אחת בלבד. החברה רשאית גם לוותר על הנאמן אך אז לא יהנה העובד מדחיית מועד תשלום המס וזה יחול כבר במועד ההקצאה (ושוב במועד מימוש האופציות למניות ושוב במכירת המניות) או, אם מדובר באופציה בלתי סחירה, במועד מימוש האופציות למניות (ושוב במכירת המניות).
חשוב לציין, כי בעוד שהמס חל על העובד המעסיק מחויב לנכות את המס במקור ואי ניכוי מס נכון יוצר אחריות לחברה לתשלום המס לרשויות. כך, חשוב לוודא ליווי קבוע להליך על ידי רואה חשבון המכיר את התחום היטב.
על חברה הבוחרת להקצות אופציות למי מעובדיה לוודא כי זו תהיה חלק מהסכם אופציות מקיף וברור הכולל הסדרה של תנאי האופציות ומועד מימושן, והכל על מנת למנוע אי הבנות וחשיפה של החברה לסיכונים משפטיים וחשבונאיים. לשם כך מומלץ כי החברה תסתייע בעורך דין ורואה חשבון המכירים תחום זה. באופן זה ניתן יהיה להבטיח השימוש במנגנון האופציות לרתימת העובדים להצלחת החברה תוך השפעה מינימאלית על תזרים החברה. נציין גם, כי הואיל ומנגנוני האופציות לא ניתנים לשימוש על ידי בעל שליטה בחברה, כפי שזה מוגדר בפקודת המסים, חשוב לוודא שכל עסקת השקעה בחברת סטרטאפ נעשית על ידי עורך דין המתמחה במיזוגים ורכישות ומכיר גם תחום זה, כדי למנוע תאונות מס מאוחר יותר ליזמים בחברה.