בהתאם לתפיסה משפטית זו הוקם באזור ממשל צבאי שבראשו עומד מפקד צבאי (עניין ג'מעית אסכאן, בעמ' 792). במאמר שכתב התייחס מ' שמגר, לימים נשיא בית המשפט העליון, למצב דברים זה בציינו כי:
"כאשר כוח צבאי נוטל לידיו את השליטה היעילה בשטח, שהיה לפני כן בתחום שלטונו של האויב שניגף בפניו, הרי עובדת ההחזקה היעילה בשטח היא המקנה למפקד הכוח הצבאי, החולש מעתה על האזור, את סמכויותיו, ומכוחה מתרכזות בו החובות והזכויות המתלוות לשליטתו זו" (ההדגשות במקור; מאיר שמגר "המשפט בשטחים המוחזקים ע"י צה"ל" הפרקליט כ"ג 540, 540 (1967) (להלן: המשפט בשטחים המוחזקים); ראו עודMeir Shamgar, Legal Concepts and Problems of the Israeli Military Government – the Initial Stage, in MILITARY GOVERNMENT IN THE TERRITORIES ADMINISTRATED BY ISRAEL 1967-1980: THE LEGAL ASPECTS 13, 14, 28 (1982) (להלן: Legal Concepts); ראו גם עניין אבו עיטה, בעמ' 228 ו-230).
תפיסה זו באה לידי ביטוי משפטי-הצהרתי במנשר בדבר נטילת השלטון ע"י צה"ל (מס' 1), התשכ"ז-1967 שפרסם מפקד כוחות צה"ל באזור מיד בסמוך לאחר כניסתו לשטח בחודש יוני 1967, שבו נקבע כי "צבא הגנה לישראל נכנס היום לאזור ונטל לידיו את השליטה וקיום הבטחון והסדר הציבורי באזור". עוד באותו היום פרסם מפקד כוחות צה"ל באזור את המנשר בדבר סדרי שלטון ומשפט (אזור הגדה המערבית) (מס' 2), התשכ"ז-1967 (להלן: מנשר מס' 2) שבו נקבע בסעיף 3(א) כי "כל סמכות של שלטון, חקיקה, מינוי ומינהל לגבי האזור או תושביו תהא מעתה נתונה בידי בלבד ותופעל רק על ידי או על ידי מי שיתמנה לכך על ידי או יפעל מטעמי". כפי שמציין מ' שמגר, הגם שאין לראות במנשרים אלה את הבסיס המשפטי לשלטונו של צה"ל בשטחי האזור, הם משקפים את הפרקטיקה המקובלת לפיה הכוח הצבאי הנוטל לידיו את החזקה היעילה בשטח מודיע ומצהיר על פעולה זו (המשפט בשטחים המוחזקים, בעמ' 541; ראו עוד משה דרורי החקיקה באזור יהודה והשומרון 111 (1975) (להלן: דרורי)).
3. כפי שנקבע לא אחת בפסיקתו של בית משפט זה, חרף שליטתו בשטח הנתון בתפיסה לוחמתית, המפקד הצבאי אינו הריבון שם והגישה המקובלת היא כי תפיסת החזקה בשטח אינה גוררת מאליה גם את העברת הריבונות בשטח המוחזק מן הריבון הקודם אל המפקד הצבאי (בג"ץ 2056/04 מועצת הכפר בית סוריק נ' ממשלת ישראל, פ"ד נח(5) 807, 832 (2004) (להלן: עניין בית סוריק); עניין חוף עזה, בעמ' 521-520; דרורי, בעמ' 33). כפועל היוצא מכך, סמכות המפקד הצבאי היא זמנית מטבעה במובן זה שמשכה הוא כמשך תקופת ההחזקה היעילה של השטח על ידי השלטון הצבאי (עניין חוף עזה, בעמ' 521; Legal Concepts, בעמ' 46), גם אם זמניות זו נמשכת תקופה ארוכת שנים (עניין ג'מעית אסכאן, בעמ' 803-802; עניין חוף עזה, בעמ' 521). בהפעלת סמכותו כפוף המפקד הצבאי למערכת הנורמטיבית שבמסגרתה הוא פועל – היינו, כללי המשפט הבינלאומי הפומבי, ובמרכזם הדינים העוסקים בתפיסה לוחמתית (ראו, בין היתר: עניין מראעבה, בעמ' 492; עניין חוף עזה, בעמ' 514). כללים אלה מעוגנים במשפט הבינלאומי המנהגי ובמשפט הבינלאומי ההסכמי שהמדינה צד לו. כבר נפסק כי מבחינת התפיסה הלוחמתית הנוהגת באזור, ובהיעדר חקיקה "מזרימה" המעגנת במשפט הפנימי של ישראל נורמות בינלאומיות הסכמיות, הנורמות העיקריות החלות באזור הן אלו הכלולות בתקנות בדבר דיניה ומנהגיה של המלחמה ביבשה משנת 1907, הנספחות להסכם האג הרביעי מ- 1907(להלן: תקנות האג) והנושאות אופי מנהגי (עניין דויקאת; עניין ג'מעית אסכאן, בעמ' 793; עניין בית סוריק, בעמ' 827; עניין חוף עזה, בעמ' 584; YORAM DINSTEIN, THE INTERNATIONAL LAW OF BELLIGERENT OCCUPATION 5 (2009) (להלן: דינשטיין)). כמו כן, גישתן ארוכת השנים של ממשלות ישראל הייתה להכיר בתחולת החלקים ההומניטאריים של אמנת ג'נבה בדבר הגנת אזרחים בימי מלחמה משנת 1949 (להלן: אמנת ג'נבה הרביעית), הגם שאמנה זו בעת כינונה הייתה בעיקרה קונסטיטוטיבית (עניין ג'מעית אסכאן, בעמ' 794-793; עניין מראעבה, בעמ' 492; עניין בית סוריק, בעמ' 827; לעמדה הגורסת כי במרוצת השנים הפכו ההוראות הכלולות באמנה למנהגיות, ראו ארנה בן-נפתלי ויובל שני המשפט הבינלאומי בין מלחמה לשלום 133-131 (2006) (להלן: בן-נפתלי ושני); AEYAL GROSS, THE WRITING ON THE WALL: RETHINKING THE INTERNATIONAL LAW OF OCCUPATION (2017) (להלן: גרוס). עוד ראו עמדתו של דינשטיין לפיה כיום הוראות אמנה זו מחייבות במלואן את ישראל, שם, בעמ' 30). דינים אלה ניתן להשלים, במקרים המתאימים, באמצעות נורמות השאובות מדיני זכויות האדם הבינלאומיים (בג"ץ 769/02 הועד הציבורי נגד העינויים בישראל נ' ממשלת ישראל, פ"ד סב(1) 507, 547-545 (2006); בג"ץ 3969/06 אלחרוב נ' מפקד כוחות צה"ל בגדה המערבית, פסקה 10 (22.10.2009); דו"ח הוועדה הציבורית לבדיקת האירוע הימי מיום 31 במאי 2010 63-58 וההפניות המובאות שם (חלק שני, פברואר 2013)).