ביום 31.12.08, נכרת בין הצדדים הסכם נוסף (להלן: "ההסכם השני"), אשר התייחס אף הוא למקרקעין, ומהווה, על פי תוכנו, ועל פי האמור במבוא, המשך להסכם הראשון.
בס' 4 להסכם הותנה: "על מנת שאפרידר לא תינזק מהסכם הפשרה, הוסכם כי המסים שיוטלו על אפרידר ישולמו על ידיה כעולה מהסכם זה (מס שבח, מס מכירה וכדומה), והוצאות הכנת התכנית החדשה יומרו לשווי זכויות בנייה למסחר שיוספו למקרקעי אפרידר בתחום התכנית".
בס' 5 להסכם הותנה: "אם יתברר כי אין אפשרות להקצות בתחום התכנית החדשה זכויות בניה בשווי זהה לשווי הזכויות המגיעות לאפרידר על-פי הסכם הפשרה, יאותר מגרש נוסף, המיועד להפקעה מאפרידר, שייעודו לצרכי ציבור, ואשר שני הצדדים יסכימו עליו. ייעודו של מגרש זה ישונה ויינתנו בו זכויות בנייה למסחר, להשלמת יתרת שווי הזכויות למסחר".
כן נקבע, במסגרת ההסכם השני, כי מקום שיתברר כי התכנית החדשה שתיערך תשביח את מקרקעי אפרידר בתחום התכנית, מעבר למגיע לה על פי הסכם הפשרה, תחוייב אפרידר בהיטל השבחה בהתאם. עוד הוסכם, כי מקום שתחויב העירייה בתשלום פיצויים על פי ס' 197 לחוק התכנון והבנייה, על פי התכנית החדשה, תשלם אפרידר במקום העירייה כל פיצוי שבו תחויב העירייה, או תשפה את העירייה בגין סכום הפיצוי שתשלם, ובנוסף, תישא בכל ההוצאות שתגרמנה לעירייה, כתוצאה מתביעה כאמור.
בהמשך, לאחר מתן תוקף לתכנית, בהתייחס למקרקעין שכללו את מגרש בית העם, ובעקבות מכר זכויות אפרידר באחד המגרשים שנוצרו במסגרת התכנית, לרוכש צד שלישי, הוציאה הוועדה מקומית לאפרידר, שומת היטל השבחה בגין התכנית, נוכח עמדתה של הוועדה המקומית, כי התכנית ייצרה השבחה לטובת אפרידר – עמדה המשקפת את דעת העירייה, שלפיה לא עומדת לאפרידר יתרת זכויות במגרש אחר – מגרש מס' 210.
אפרידר הגישה שומה אחרת מטעמה, ובהמשך מונה שמאי מכריע - מר שמואל רוזנברג, אשר ערך שומה מכרעת, ובמסגרתה פירט את המצב התכנוני, ואת נפקותו לעניין היטל ההשבחה כדלקמן:
"סיכום "המצב התכנוני" ונושא היטל ההשבחה על פי ההסכמים והשומה המוסכמת
א. שווי במצב קודם של זכויות חברת אפרידר במתחם, מתבסס על זכויותיה ערב הסכם 2006. בנושא זה מחלוקת בין שמאי הצדדים לבין שיטת החישוב.
ב. בשטח מגרשים מקוריים XXII(בהפחתת שטח מגרש בית העם), 202, ו-302 הוכנה "תכנית חדשה" (תכנית 2191 שהיתה מופקדת במועד הסכם 2008").
[המגרשים הנ"ל מכנים בתכנית 2191 שאושרה לאחר הסכם 2008, בשם 210 ו-211-ש.ר.]
ג. שווי במצב חדש של זכויות חברת אפרידר במתחם, מתבסס על זכויותיה על פי תכנית 2191 לכשתאושר (זכויות חברת אפרידר אינן כוללות את הזכויות בגין מגרש בית העם שיועבר לעירייה).
ד. הזכויות המגיעות לחברת אפרידר בגין מגרש בית העם הינן הזכויות שחושבו בשומה המוסכמת בתוספת זכויות (שעדיין לא חושבו במועד הסכם 2008) בגין מיסוי ותכנון.
ה. אם יתברר לאחר אישור תכנית 2191 שהשווי במצב חדש נמוך מהשווי במצב קודם בתוספת שווי הזכויות המגיעות – תשלום חברת אפרידר היטל השבחה.
ז. הוראות בתכנית 2191 בעקבות הסכמים והשומה המוסכמת:
מגרש XXII פוצל למגרש 211 בבעלות אפרידר ומגרש 300 בבעלות העירייה.
המגרש לאחר הפיצול מכונה מגרש 211.
מגרש 301 שבבעלות העיריה הועבר לאפרידר
מגרש 202 של אפרידר ומגרש 302 אוחדו למגרש חדש 210
אין מחלוקת כי זכויות הבניה במגרש 210 לא זהות לזכויות שהיו במגרש 202+הזכויות שנקבעו בשומה המוסכמת".