המבקשים ציינו את שליטתה הדומיננטית של הסוכנות היהודית בבנייני האומה, אשר הביאה לכך כי מניות היסוד לסוגיהן הוקצו לה על פי בקשותיה מעת לעת.
--- סוף עמוד 3 ---
כמו כן נאמר כי בעלת השליטה הזוטרה בבנייני האומה היא הרשות לפיתוח ירושלים, שהיא תאגיד סטטוטורי שהוקם על פי חוק הרשות לפיתוח ירושלים תשמ"ח – 1988 (להלן: "חוק הרשות").
לדברי המבקשים, הקצתה בנייני האומה לסוכנות היהודית מניות יסוד בערך נקוב של 2.5 מיליון לירות, עבור השתתפותה במימון השקעותיה בבניית הבניין שנבנה על מקרקעי בנייני האומה כבר בשנת 60'.
בשנת 1990 נחתם הסכם בין בנייני האומה לבין הסוכנות היהודית ועיריית ירושלים, לפיו התחייבו הסוכנות היהודית ועיריית ירושלים לשאת בחלקים שווים בעלויות המשך הבנייה והפעלת הבניין הבנוי על המקרקעין.
הסכם זה אשר הוארך בשנת 2001 כונה על ידי המבקשים "הסכם בעלי השליטה".
על פי הסכם זה התחייבה בנייני האומה להקצות לעיריית ירושלים או לרשות לפיתוח ירושלים מניות נפדות עבור תקבולים שהתקבלו בדרכים שונות מעיריית ירושלים.
לאור זאת החליטה האסיפה הכללית להגדיל את הון המניות של בנייני האומה ביצירה המניות הנפדות בשנת 95' ובשנת 96'.
נאמר כי הקצאת מניות היסוד והמניות הנפדות למי מהמשיבות עד למועד הקובע, נעשתה מבלי ששולמה בגינן פרמיה ומבלי שנעשתה הערכת שווי של המניות המוקצות.
הסכם בעלי השליטה הוארך פעם נוספת גם בשנת 2005 עד שנת 2010.
האסיפה הכללית החליטה להגדיל פעם נוספת את הון המניות על ידי הוספת מניות בכורה ניתנות לפדיון ביום 8.11.2005 (להלן: "החלטת ההקצאה").
הסכום הכולל של ההקצאה היה בסך של כ- 9.6 מיליון ₪.
נאמר בבקשה כי גם הקצאת מניות אלה, לאחר המועד הקובע, בוצעה מבלי שנעשתה הערכת שווי של המניות המוקצות וכי מקבלי ההקצאה לא שילמו פרמיה כלשהי גם בגין מניות אלה.
לאחר מכן תוארה החזקת המניות של קבוצת המיעוט בבנייני האומה.
נאמר כי בשנת 50' פרסמה בנייני האומה פרוספקט לציבור להוצאת 2000 מניות בכורה בנות 50 לירות כל אחת המשתתפות ברווחי החברה ונושאות דיבידנד מבוקר ומצטבר של 4% לשנה.
המניות למוכ"ז הוצעו לציבור על פי פרוספקט שלא מצוי בידי המבקשים.
--- סוף עמוד 4 ---
כמו כן, הוצעו לציבור 50,000 מניות מיוחדות בנות 10 לירות כל אחת, על פי החלטת האסיפה הכללית מדצמבר 62'.
עד להשלמת השלב הראשון של פיתוח המקרקעין של בנייני האומה, שתחילתו בשנת 1950 וסיומו בהשלמת הבניין על המקרקעין בשנת 64, הנפיקה בנייני האומה את כל מניות קבוצת המיעוט אשר היוו כ- 10.54% מסך ההון הנפרע שגויס על ידי בנייני האומה שהסתכם לכל היותר ב- 6 מיליון לירות.