אף שהתביעה ביקשה לטעון כי לאחר שחרורו מבית החולים חזר בן-אליעזר לתפקוד תקין וזאת כנלמד אף מריצתו לנשיאות, הוצגו מגוון עדויות, מהן עלה כי גם לאחר שחרורו מבית החולים, מצבו הרפואי המשיך להיות מורכב, והוא נזקק, בין היתר, למספר טיפולי דיאליזה מדי שבוע ולסיוע צמוד בחלק מהזמן. העובדה כי בן-אליעזר ניסה לשמור על חזות של אדם המתפקד באופן מלא, אינה מכרסמת במכלול העדויות אודות מצבו הרפואי, (לרבות של נאשמים 2 ו- 3), מה גם שלא הוגשה כל חוות דעת רפואית שהיה בה לסתור את אותן עדויות. גם טענת התביעה כי במהלך התקופה הצביע בן-אליעזר במספר הצבעות בכנסת, נשא דברים בכנס מסוים, או רץ לנשיאות, רחוקה מללמד על תקינות מצבו הבריאותי.
בעקבות החקירה הסיר בן-אליעזר את מועמדותו לתפקיד נשיא המדינה, ובסיומה הוגש כתב האישום בפרשה אשר ייחס לו, בין היתר, קבלת כספי שוחד מנאשם 2 ונאשם 3.
הן העברת הכספים מנאשם 2 (ביום 26.9.11) והן העברת הכספים מנאשם 3 (ביום 21.1.12), שבוצעו בסמיכות יחסית למועד אשפוזו של בן-אליעזר, תוארו על-ידי נאשמים 2 ו- 3 ככאלה שבוצעו לבקשתו, על רקע מצבו הבריאותי המורכב ורצונו לעבור לדירה ההולמת את מגבלותיו ואת הצורך בסיוע צמוד (חיצוני, או של מי מבני משפחתו עימו תכנן להתגורר באותה דירה).
וכך תיאר זאת נאשם 2:
"ואכן הוא בא ואמר לי, כב' השופט, שהם מצאו, אני ידעתי, דרך אגב, כב' השופט, הוא בכלל לא דיבר בהתחלה בכלל על יפו, בתחילת הדרך שדיברנו לא היה יפו בכלל, הוא דיבר על אזור ראשון, נס ציונה, רחובות, ראשון, נס ציונה, רחובות כי זה שמה האזור שהם מכירים, כנראה, לא יודע, לא הבנתי למה, אבל זה מה ואומר שהם מצאו, לא שאלתי, כב' השופט, מה מצאו, לא מצאו, זה מתאים לי, הוא אומר לי, אני צריך הלוואה..." (פרו' עמ' 1213 ש' 4).
וכך תיאר זאת נאשם 3:
"...מצבו הבריאותי הוא היה בבית חולים ארבעים ומשהו ימים, היה בקומה תקופה ארוכה, בתקופה שהוא היה בקומה אני התקשרתי לחיים אמרתי לו תשמע תקשיב לי, פואד במצב אני לא מאמין שהוא יתעורר מהקומה הזו ואני מבקש ממך להגיע תהיה איתנו, הוא בא הגיע והוא עזב רק יום או יומיים לבדיקה במשטרת הגבולות שפואד התעורר, ואחרי שהוא התעורר היה תקופה ארוכה מאוד חולה, הקשר שלנו בתקופה הזו כבר התחיל להיות הרבה יותר חיבור, הייתי מבקר אותו כל יום, הייתי נוסע אליו עם חברים בשביל לשעשע אותו, הוא נכנס לדיכאון עמוק, אף אחד לא ידע את זה אבל היה כמעט שנה בדיכאון עמוק ממש דיכאון, ובאיזשהו שלב ביקש ממני הלוואה לשים איך אומרים, לשים מקדמה, מקדמה על הבית, אני אמרתי לו תשמע אני לא מבין על מה אתה צריך עכשיו אני אומר את זה בשיא הכנות אמרתי לו בשביל מה אתה קונה בית עכשיו מה אתה במצבך אתה צריך לקנות בית? הוא אמר לי לא, אני רוצה שיריב יבוא איתי, אמרתי לו יריב יכול לעבור על ידך. הוא אמר לי רוי זה מה שאני רוצה בשלב הזה, אני רוצה לקנות את הבית הזה. אמרתי אם זה הרצון שלך, אני לא זוכר בדיוק איפה ואם הוא בכלל אמר לי כמה" (פרו' עמ' 1415 ש' 1).