מיד לאחר ביצוע הירי, חזרו שני האחרים לטויוטה ונסעו במהירות למקום המפגש. בהגיעם למקום, החלה חוליית החיסול בביצוע פעולות לשיבוש והשמדת ראיות במטרה להימנע מעונש ולמנוע או להכשיל הליך שיפוטי. במסגרת פעולות השיבוש, העלימו הנאשם והאחרים ראיות מרכב הטויוטה, הציתו אותו כליל באמצעות חומרי הבעירה ונמלטו מהמקום במיצובישי.
בהמשך לכך, בשעה 18:00 לערך, הסתירה חוליית החיסול או מי מטעמה את המיצובישי בחניון חבר הלאומים בתל אביב יפו. במסגרת פעולות השיבוש, בתאריך 29.8.22, בשעה 19:00 לערך, הגיע הנאשם ביחד עם שניים מבני משפחתו ברכב מאזדה שמספרו 341-15-401, שבשימושו של הנאשם, לחניון. בחניון, נכנס אחד מהשניים למיצובישי והחל בנסיעה אחר רכב המאזדה בו נהג הנאשם לרחוב סמוך, שם החליפו הנאשם והשניים את לוחית הרישוי המשוכפלת בלוחית הרישוי המקורית של המיצובישי. הנאשם והשניים המשיכו בנסיעה במאזדה ובמיצובישי לחניון נוסף בדרך בן צבי בתל אביב שם הועמס המיצובישי על גרר שהוזמן למקום על ידי הנאשם.
כתוצאה ממעשי הנאשם והאחרים נפגע ארפפאן משני קליעים - קליע ירי אחד חדר באזור החזה משמאל עם מעבר דרך הלב, קשת הוותין והריאה הימנית. קליע ירי שני חדר באזור המותן השמאלית, דרך הכליה הימנית ולולאות המעי - והביאו למותו של ארפפאן.
תשובת הנאשם לכתב האישום
בישיבת בית המשפט מיום 6.3.24 מסרו ב"כ הנאשם כפירה כללית, והודיעו כי יגישו כפירה בכתב. בהמשך, ביום 7.4.24, התקבל מטעמם מענה בכתב אשר כלל הכחשה גורפת ולקונית של העובדות הנטענות בכתב האישום, חלקה מחוסר ידיעה. בעקבות זאת ניתנה החלטה ולפיה "... תשומת הלב תופנה לכך שאין במענה כל גרסה פוזיטיבית או התייחסות כלשהי למעשיו של הנאשם, ולו בנוגע לשהייתו בזמן ובמקום. ככל שמעוניינת בכך ההגנה, ניתן להגיש עדכון או השלמה בתוך 7 ימים".
בהתאם לאפשרות שניתנה להגנה, אכן הוגשה ביום 15.4.24, הודעה ובה השלמה למענה ולפיה "ביום 26.8.22 בשעה 7:00 הנאשם יצא את ביתו יחד עם אחר, ברכב המאזדה. הנאשם והאחר נסעו לכיוון העיר באר-יעקב - השוק הסיטונאי בצריפין, לשם רכישת מזון (חומוס, פלאפל, טחינה וכו') באיסוף עצמי (TAKE AWAY) ממסעדת חליל סניף צריפין. לאחר שהנאשם והאחר קיבלו את המזון שרכשו במסעדת חליל, יצאו השניים לכיוון ביתו של הנאשם, כשהם נוסעים ברכב המאזדה. השניים הגיעו לבית הנאשם באזור השעה 8:10-8:15. הנאשם לא יצא מביתו עד השעה 14:00, שאז יצא עם אחר, כשהוא נוהג ברכב מרצדס לבן".