שמחיוף נעצר ביום 15.4.2010. לאחר מעצרו נערכו לו חקירות שבהן השיב לשאלות החוקרים (ת/604 מיום 15.4.2010 ות/605 מיום 16.4.2010). בחקירתו הראשונה, הכחיש שמחיוף מפורשות, כי קיבל בשלב זה או אחר המחאות מדכנר:
"שאלה: האם קיבלת אי פעם צ'קים מדכנר?
תשובה: לא.
שאלה: אני רוצה שתחשוב היטב, האם קיבלת אי פעם צ'קים מדכנר?
--- סוף עמוד 933 ---
תשובה: לא" (ת/604 שורות 294-291).
כאמור, בדיעבד הודה שמחיוף כי קיבל המחאות של דכנר מרבין, אך לא למטרות שוחד, אלא כדי לסייע לרבין בפריטתן. שמחיוף הסביר, כי לא מסר גרסה זו כבר בחקירה הראשונה, כאשר נשאל אם קיבל המחאות מדכנר, בין היתר, מאחר שקיבל את ההמחאות מרבין, וגם זאת, בהקשר אחר מזה שהוטח בו בחקירה. עם זאת, כאשר נשאל אם קיבל בשלב זה או אחר המחאות מרבין, שמחיוף שלל גם אפשרות זו:
"שאלה: תאמר לי בבקשה האם מרבין קיבלת כספים?
תשובה: לא.
שאלה: אני שואל אותך שוב, האם קיבלת צ'קים מדכנר ו/או רבין?
תשובה: חד משמעית לא" (ת/605 שורות 15-12).
בחקירות שנערכו לאחר מכן, שמחיוף לא השיב לשאלות חוקריו, לטענתו, במחאה על התנאים בהם הוחזק במעצר. בחקירות אלה הוצגו לשמחיוף המחאות הסדרה הראשונה, אך בשמרו על זכות השתיקה, שמחיוף לא מסר הסבר לפשרן:
"שאלה: מוצג לך צילום שיק ... שנמשך מחשבונו האישי של דכנר ע"ס 15,000 ש"ח מיום 31.3.06. השיק לפקודת 'קרן ברכת משה'. השיק הופקד לפקודת ח-ן הגמ"ח 'קרן ברכת משה' על גב השיק נרשם בכתב יד בקטן: 'שמחיוף ולרשום'. זה צ'ק שאתה קיבלת מדכנר ומסרת אותו לאחים הרצברג וראובן הרצברג רשם בכתב ידו את המילים 'שמחיוף ולרשום'. תגובתך.
תשובה: שומר על זכות השתיקה" (ת/608 שורות 35-30, ההדגשה במקור).
שמחיוף חזר להשיב לשאלות חוקריו רק לאחר ששוחרר למעצר בית (ביום 25.4.2010). בחקירה הראשונה שנערכה לאחר שחרורו, ביום 2.5.2010 (ת/609), מסר שמחיוף את גרסתו ביחס להמחאות שנמסרו לו, ושהובאה לעיל. כך הסביר שמחיוף את הנסיבות שהובילו לכך שמסר את גרסתו בשלב מאוחר של החקירה:
"ש. מה היה בחקירה הזאת? זה היה אחרי שהיית שבוע במעצר בית?
ת. כן, בחקירה הזאת, אחרי שהייתי שבוע במעצר בית, אחרי שחזרתי למינימום של שפיות, חזרתי למיטה שלי, לילדים, לבית, לאשתי, היה לי קצת זמן לשבת עם עצמי, לחשוב, לנסות לשחזר, להבין מה קורה, מה עבר עלי, לנסות אולי להיזכר מה זה השיקים שהציגו בפניי, קצת להיכנס לתמונה, נזכרתי, הגעתי לחקירה, הוא אמר לי