דיון והכרעה:
82. כאמור, בתביעה זו התובעת תובעת מהנתבעת את תמורת המוצרים שסיפקה לה, אשר בגין חלק מהם נמסרו שיקים שחוללו וביחס לחלק הנוסף של המוצרים נותר חוב פתוח.
83. הנתבעת אינה חולקת על אספקת המוצרים נשוא התביעה, או על סכום החוב הכולל נשוא התביעות וטענתה של הנתבעת היא, כי התובעת גרמה לה נזקים בסכומים ניכרים העולים על סכום החוב, כאשר לטענת הנתבעת, זכותה לקזז חלק מנזקים אלו כנגד החוב, תוך הודעה כי יש בכוונתה להגיש נגד התובעת תביעה בגין יתרת הנזק שנגרם לה. מן הראוי לציין, כי למיטב ידיעתו של בית המשפט, תביעה כזו לא הוגשה ע"י הנתבעת עד ליום כתיבת פסק דין זה.
84. הואיל וטענת הנתבעת הינה טענת קיזוז, הרי שנטל ההוכחה מוטל עליה. כמו כן, ביחס לחלק התביעה שיסודו בשיקים שבוטלו, מדובר בתביעה שטרית, שבה נטל הראיה מתהפך ולזכות התובעת עומדת חזקת התמורה שעל הנתבעת לסתור.
85. סוגי הנזקים שנגרמו לנתבעת, לטענתה, פורטו בבקשת הרשות להתגונן ובהתנגדות לביצוע שיקים, כאשר בשלב הגשת הבקשה וההתנגדות, טענה הנתבעת לנזקים בסכום כולל של 1,772,084 ₪. נזקים אלו נתמכו בחוות דעת המומחה מטעם הנתבעת ד"ר זיו רייך, רואה חשבון (להלן: "ד"ר רייך") מיום 26.2.15.
86. לתצהירי העדות הראשית, שהוגשו על ידי הנתבעת, צורפה חוות דעת של ד"ר רייך מיום 30.3.17, כאשר בחוות דעת זו נאמר, כי היא באה להחליף את חוות הדעת מיום 26.2.15, כאשר הנזק בחוות הדעת זו, הסתכם בסך 1,074,409 ₪.
87. בנוסף, צורפה לתצהירי העדות הראשית שהוגשו על ידי הנתבעת, חוות דעת משלימה מיום 31.5.15 ושבה נוספו נזקים שנגרמו לכאורה לנתבעת בגין אי מימוש רווח גולמי ונזקים נוספים, כתולדה מהפגמים בבקבוקים, כאשר הנזק לפי חוות דעת זו הסתכם בסך של 4,096,739 ₪ (להלן: "חוות הדעת המשלימה").
88. בפסק דין זה, אתייחס לטענות הקיזוז שהעלתה הנתבעת אחת לאחת, לפי הסדר שבו הן מועלות בחוות דעתו של ד"ר רייך.
89. עוד אציין כי לדברי הנתבעת, החלק הארי של טענת הקיזוז בתביעות שלפני מסתמך רק על הטענה שלפיה לא סופקו לה בקבוקים ע"י התובעת, או שסופקו לה באיחור, כאשר הנזקים שנגרמו לה בשל כך מסתכמים בסך של 1,074,409 ₪ לפי חוות הדעת המתוקנת של ד"ר רייך מיום 30.3.17 שצורפה ע"י הנתבעת לתצהירי העדות הראשית מטעמה (להלן: "חוות הדעת המתוקנת") (ראה סעיף 101 לתצהירו של טמיר שצורף להתנגדות לביצוע השיקים וסעיפים 76-78 לתצהיר בקשת הרשות להתגונן).
90. לטענת הנתבעת, אין היא מקזזת בהגנתה את הנזקים שנגרמו לה, לטענתה, עקב הפגמים בייצור הבקבוקים בסך 4,096,739 ₪ כעולה מחוות הדעת המשלימה, כאשר ביחס לנזקים אלו, יש בכוונתה להגיש תביעה נגד התובעת.
91. יחד עם זאת וחרף הצהרתה לפיה אין היא מבקשת לקזז מתביעת התובעת את הנזקים בגין הפגמים בייצור הבקבוקים, הרחיבה הנתבעת את היריעה בעניין הנזקים שנגרמו לה לכאורה עקב הפגמים הנטענים בבקבוקים, הן בתצהירים מטעמה, הן בחוות הדעת המשלימה של ד"ר רייך, כמו גם בחוות דעת המומחה זמר ס"ט שצורפה לתצהירי הנתבעת כנספח נ-6.
92. לפיכך, עקב אי הבהירות בטענת הנתבעת בעניין היקף טענת הקיזוז, אתייחס בפסק דין זה גם לטענה לפיה נגרם לנתבעת נזק עקב פגמים בייצור הבקבוקים.
93. אקדים ואומר כבר בשלב זה, כי לאחר ניתוח הראיות מקובלת עלי מסקנתו של מומחה התובעת, (להלן: "רו"ח זוהר"), ולפיה חוות דעתו של ד"ר רייך מבוססת על השערות ועל הנחות יסוד עובדתיות מוכחשות, אשר לא הוכחו בכל צורה שהיא. מקובל עלי דעתו של מומחה התובעת ולפיה חוות דעתו של ד"ר רייך, שאמורה להיות "כלכלית חשבונאית", נערכה מבלי שד"ר רייך עיין בדוחו"ת הכספיים של הנתבעת, במאזניה ובכרטסת הנהלת החשבונות שלה כך שחוות דעתו מבוססת על הנחות היפותטיות ותאורטיות בלבד. עוד מקובלת עלי דעתו של רו"ח זוהר, שלפיה לא ברור כיצד ניתן לחתום על חוות דעת כלכלית לעניין אובדן רווחים של חברה מבלי לעיין בדוחותיה הכספיים.
94. מקובלת עלי קביעתו של רו"ח זוהר, לפיה חוות הדעת של ד"ר רייך המתיימרת לאמוד נזק בשל "אובדן מכירות" בשל בקבוקים פגומים, יוצאת מתוך נקודת הנחה שכל הבקבוקים שסופקו לנתבעת החל משנת 2013 ואילך היו פגומים, כאשר מדובר על מאות אלפי בקבוקים וזאת תוך התעלמות מהעובדה, שהנתבעת המשיכה להזמין ולקבל בקבוקים כרגיל במהלך השנים 2013-2014 מבלי להעלות כל טענה בעניין.
95. בנוסף, מניח ד"ר רייך קשר סיבתי אוטומטי בין מלוא הירידה במכירות לבין הפגמים הנטענים, וזאת מבלי תשתית עובדתית להוכחת אותו קשר סיבתי.
96. מסקנתי היא, כי חוות דעתו של ד"ר רייך היתה מגמתית, בלתי מקצועית ואך נועדה לשרת את רצונה של הנתבעת, וזאת בלא להסתמך על נתונים אובייקטיביים ותוך הסתמכות עיוורת על טענות נציגי הנתבעת, טענות שלא הוכחו בכל צורה שהיא.
97. זאת ועוד, חוות דעתו של ד"ר רייך נסתרה בחקירתו הנגדית והוכח כי החישובים שבה שגויים. לא זו אף זו, אלא שלא ניתן כל הסבר לשוני הרב בין סכומי חוות הדעת הראשונה לבין הסכומים בחוות הדעת המתוקנת שהגיש ד"ר רייך.