79. חשוב לזכור כי אם מאמצים את הגישה השנייה ולפיה יש להטיל מס גם על הכנסותיה של חברה, הרי שהתייחסות זהה להטלת מס על יחיד ועל חברה עלולה להביא לתשלום מס ביתר. אם החברה תשלם מס מלא על הכנסותיה, כמו שמשלם נישום יחיד בשר ודם, ועל היחיד יהיה לשלם מס מלא על הרווחים שיחולקו לו מהכנסות החברה, הדבר יביא לעודף ואולי לכפל מס (א' לפידות "לסוגיית הכפילות בהטלת מס" הפרקליט כד 304 (1968)).
80. בשל המתח בין הגישות השונות התפתחו מודלים שונים למיסוי הכנסות של תאגידים; מודל השותפות, שבגדרו רואים בחברה רק כצינור להעברת הכנסות לבעלי המניות. במודל זה יחויב כל בעל מניות בחלקו היחסי בהכנסות התאגיד מיד עם קבלת ההכנסות על ידי התאגיד; מודל ההפרדה, לפיו התאגיד ישלם את מלוא המס על הכנסותיו, ובעלי המניות ישלמו את מלוא המס כמתחייב בעת קבלת רווחים מהתאגיד או בעת מכירת זכויותיהם בתאגיד; ומודל השילוב, בגדרו ממסים את הכנסות התאגיד בשיעור מס נפרד, ובעת חלוקת רווחי התאגיד לבעלי המניות או בעת מכירת המניות, מתחשבים בכך כי התאגיד שילם כבר מס. באופן שכזה, המס על חלוקת רווחי התאגיד לבעלי המניות יהיה בשיעור מופחת, המביא בחשבון את המס ששולם על ידי התאגיד.
81. השיטה בה בחר המחוקק הישראלי היא גישת המיסוי המשולב, המוכרת כמיסוי ה"דו-שלבי"; בשלב הראשון משלמת החברה מס על הכנסותיה בשיעור מופחת, כאמור בסעיף 126 לפקודת מס הכנסה (המס המוטל על חברה הינו בשיעור אחיד ולא פרוגרסיבי). בעת חלוקת רווחי התאגיד לבעלי המניות – חלוקת דיבידנד – מוטל מס נוסף בשיעור קבוע, כאמור בסעיף 125ב' לפקודה (קיימים כמובן הסדרים מיוחדים למיסוי כאשר גם בעל המניות הינו תאגיד).
82. ההסדר הדו-שלבי נועד לא רק על מנת למנוע כפל מס אלא גם לקרב את המס הכולל, המוטל על רווחי החברה ביחד עם רווחיהם של בעלי המניות, למס המוטל על היחיד. באופן שכזה תישמר הניטרליות של דיני המס, כך שלא יהיה בהם כשלעצמם להשפיע על ההחלטות העסקיות של הנישומים (ראו ע"א 1240/00 פקיד שומה תל-אביב 1 נ' סיוון, פ"ד נט(4) 588, 605 (2005); א' רפאל מס הכנסה חלק ג' 64 (1990); ע"א 2112/95 אגף המכס ומע"מ נ' אלקה אחזקות בע"מ, פ"ד נג(5) 769 (1999)). כתוצאה מההסדר, המס על רווחים שהתקבלו על ידי התאגיד וחולקו לבעלי המניות יחושב על פי המודל המשולב, כך שבסופו של יום המס הכולל דומה למס המוטל על יחיד הפועל בשוק בעצמו ולא באמצעות התאגיד.