בהתאם לסמכות זו הותקנו הוראות מס הכנסה (ניהול פנקסי חשבונות), התשל"ג-1973 (להלן: הוראות ניהול ספרים). הוראות ניהול ספרים כוללות הוראות כלליות בדבר ניהול ספרי חשבונותיו של נישום וכן הוראות פרטניות ביחס לסוגי נישומים שונים, כמפורט בתוספות השונות להוראות.
39. הוראות ניהול הספרים למיניהן מהוות מרכיב חשוב בבירור הכנסותיו של נישום. כבר נאמר אין ספור פעמים בפסיקה כי להקפדה על ניהול ספרים על פי ההוראות חשיבות רבה בביקורת על חשבונותיו והכנסותיו של נישום. הוראות ניהול הספרים נועדו לאפשר ביקורת יעילה, מהירה וקלה על חשבונותיו של כל נישום על מנת לאפשר קביעת מס אמת (ראו ע"א 734/89 פיקנטי תעשיות מזון בע"מ נ' פקיד שומה גוש דן, פ"ד מו(5) 309, 321 (1992); א' רפאל מס הכנסה כרך ו' 35 (2005)).
הוראות ניהול ספרים נועדו גם ליצור מערכת סדורה של חשבונות שתאפשר לפקיד השומה לדעת בכל רגע נתון את היקף הכנסותיו והוצאותיו של כל עסק, ללא צורך בחקירה מורכבת או בפעולות בילוש אחר מקורות ההכנסה. מילוי ההוראות נועד גם להקשות ולהגביל את יכולתם של הנישומים להתחמק מתשלומי מס. תכלית נוספת הינה יצירת מסגרת ארגונית שתמנע שכחה, הזנחה ורשלנות (ראו ע"א 789/80 פקיד שומה רחובות נ' שקד, פ"ד לז(2) 103, 107 (1983); ע"א 2334/90 שרותי גרר אזור בע"מ נ' פקיד שומה תל-אביב 3, פ"ד מט(1) 608 (1995)). ניהול כדין של ספרים אינו מחסן את הנישום מפני ביקורת שכן גם אם הספרים נחזים להיות ערוכים כדין על פי הוראות ניהול ספרים, הרי שרישומים מוטעים בספרים עשויים להביא לפסילתם.
40. סעיף 130(יא)(1)(ג) לפקודה מורה:
(1) ניתנו הוראות לפי סעיף קטן (א), ונעשה אחד מאלה יראו את הפנקסים כבלתי קבילים, זולת אם שוכנע פקיד השומה כי היתה סיבה מספקת למעשה כאמור:
(א) [...]
(ב) [...]
(ג) בדוח שהוגש לפי סעיף 131 נוכתה הוצאה פרטית, או הוצאה בלא רכישה או קבלת שירות, או שסכום ההוצאה שנוכתה כאמור אינו משקף את מחיר הרכישה או את מחיר קבלת השירות, והכל באופן שהפחית את ההכנסה החייבת או שהגדיל את ההפסד, בסכום מהותי;
מהוראה זו ברור כי ניכוי הוצאות פרטיות של בעלי המניות, רישום מוטעה של סכומי ההוצאות וכדומה, מהווים סטייה מהוראת ניהול הספרים ומבססים החלטה בדבר פסילת הספרים (ראו דנ"א 6067/14 זאב שרון קבלנות בנין ועפר בע"מ נ' מנהל המע"מ, פסקה 10 (6/8/2015); ע"מ 62776-12-15 מסיקה נ' מדינת ישראל (1/8/2018)).