אזכור של המונח "מפעל מוגן" ניתן למצוא גם בסל השיקום המפורט בתוספת לחוק השיקום (ראו הציטוט בסעיף 39 לעיל), ובפקודת מסי העיריה ומסי הממשלה (פיטורין), 1938 הקובעת פטור מארנונה ל"מפעל מוגן, לרבות מרכז עבודה שיקומית, המספק תעסוקה לאנשים עם מוגבלות, שמשרד העבודה הרווחה והשירותים החברתיים הכיר בו, ובלבד שלפחות 85 אחוזים מהאנשים עם מוגבלות כאמור משתתפים בתעסוקה בו לפי הפניה של משרד הרווחה והשירותים החברתיים, משרד הבריאות, משרד הביטחון או המוסד לביטוח לאומי..." (סעיף 5ג'(ה)(9)).
48. בהעדר חקיקה, מוסדרת פעילותם של המפעלים המוגנים - המופעלים על ידי ארגונים שונים, פרטיים וציבוריים - בנהלים שונים שהוצאו על ידי משרד הרווחה, משרד הבריאות ומשרד הביטחון (שהם שלושת המשרדים שמפנים אנשים עם מוגבלות לתעסוקה במפעלים מוגנים). הנוהל הרלוונטי לענייננו הוא נוהל 81.003 של משרד הבריאות (להלן: הנוהל), אשר מגדיר "מפעל מוגן שיקומי" כ"מפעל להעסקה ממושכת המאפשר לאלה שאינם מסוגלים לעבוד במסגרת השוק הפתוח לממש את הפוטנציאל שלהם כעובדים. מטרת השירות הינה להביא את האדם למסגרת תעסוקתית שיקומית התואמת את יכולתו וכישוריו. המפעל חייב לאתר אנשים שיכולתם מאפשרת עבודה בשוק החופשי ולסייע להם בכוון זה, ולאתר אנשים שיכולתם נמוכה מהנדרש מהמפעל להשמתם במועדון התעסוקתי" (סעיף 5.9 לנוהל).
--- סוף עמוד 33 ---
הנוהל ממשיך ומגדיר "משתקם" כ"אדם בוגר (מגיל 18 ומעלה) פגוע נפשית, בעל יכולת תעסוקתית עכשוית פגומה, אשר מוגבלותו מצמצמת את יכולתו להשתלב במסגרת תעסוקה בשוק החופשי באופן עצמאי והוא זקוק לתמיכה, הכוונה וליווי, במסגרת הפועלת בתנאים מיוחדים, קרי: מפעל מוגן. אוכלוסיית המשתקמים מאופיינת בפוטנציאל חיובי להתמדה, דיוק ויחסי עבודה תקינים" (סעיף 5.12). ההפניה למפעל המוגן מתבצעת לפי הנוהל "ע"י גורמים ממשלתיים, ציבוריים ופרטיים הפועלים מטעם משרד הבריאות או גורמים אחרים המאושרים ע"י שירותי בריאות נפש" (סעיף 7.5.1), אך בלא שקיימים לצורך כך קריטריונים מסודרים או מוגדרים.
49. בהמשך הנוהל מפורטים הסטנדרטים להפעלתו של מפעל מוגן, וביניהם החובה בחתימת חוזה מול המשתקם (לצורך הסדרת חובות וזכויות שני הצדדים, תוך שמצוין שמטרתו שיקומית ולא משפטית); הכנת תכנית שיקומית בתיאום עם המשתקם; וכן פירוט כוח האדם שאמור להפעיל את המפעל (לרבות "מדריכי סדנה" שהם מדריכים מקצועיים; עובד סוציאלי/פסיכולוג/מרפא בעיסוק שהתקן בעניינו הוא בעל מקצוע אחד למאה משתקמים; ומנהל מפעל שאינו חייב להיות בעל רקע שיקומי או טיפולי). בנוגע לתנאי העסקתו של המשתקם קובע הנוהל את הדברים הבאים: