לעניין שכרם של המשתקמים, נקבע כי "השאיפה היא לשלם במפעל על פי חוק, ככל שזה לא מתאפשר ישולם למקבל השירות גב"ע - גמול ביצוע עבודה, אשר יינתן על סמך חלוקת הכנסות המפעל [בסעיף אחר נקבע כי הגמול ייקבע בהתאם להספק העבודה והנוכחות של מקבל השירות באותו חודש], וכן תשלום סובסידיה - השלמת תשלום כספי למקבלי גמול ביצוע עבודה [בסעיף אחר נקבע כי הכוונה לתוספת מהמשרד לאותם מקבלי שירות שאינם מקבלים שכר כחוק, כפוף לנוכחות רצופה של 16 ימים בחודש, ועד סך מירבי של 250 ₪
--- סוף עמוד 35 ---
לחודש]". בסעיף נוסף נקבע כי "מנהל המפעל יחתים את מקבל השירות על אמנת שירות/חוזה טיפולי המצוי ברשותו בו מפורטים נהלי המקום, החובות והזכויות של שני הצדדים לרבות העובדה כי מקבל השירות שוהה במפעל לצורך קבלת שירותי שיקום תעסוקתיים ללא יחסי עבודה" (סעיף 8.4).
נוהל משרד הרווחה יוצא אם כך מנקודת מוצא מובלעת לפיה לא מתקיימים יחסי עובד-מעסיק בין "משתקם" לבין מפעל מוגן, אך לא קובע זאת במפורש; לא מפנה לתשתית הנורמטיבית עליה מתבססת הנחתו; ובמקביל לכל זאת שואף כי ה"משתקם" יקבל את זכויותיו "על פי חוק", כאשר ניתן להניח כי הכוונה היא לחוקי המגן המתייחסים ל"עובדים".
51. מהוראות הנהלים, כמו גם האזכורים המועטים בחקיקה, נראה כי ניתן לקבוע שמפעל מוגן הוא מפעל שניתנת לו תמיכה ממשלתית מסוימת, ומטרתו - ככלל - לספק תעסוקה לאנשים עם מוגבלויות שאינם מסוגלים להשתלב בשוק העבודה החופשי. המפעל מעניק אפשרות לתעסוקה "מוגנת" הלוקחת בחשבון את צרכיהם הייחודיים של אנשים עם מוגבלות, תוך שאיפה - שאינה יכולה להיות מוגשמת בכל המקרים - שתהא זו נקודה ברצף תעסוקתי שיוביל בהמשך לשוק העבודה החופשי (אם כי בפועל, לפי הנתונים הסטטיסטיים שהובאו על ידי העמותה, מוגשמת מטרה זו לגבי אחוזים בודדים בלבד מה"משתקמים"; וראו בקשר לכך גם את הנתונים המפורטים בדו"ח מבקר המדינה 64א' משנת 2014). כפי שניתן להבין, המפעל המוגן מתאפיין בסוג העבודות המבוצעות בו (שהן פשוטות יחסית); בסביבת עבודה מכילה ותומכת שאמורה להתחשב בצרכיהם של אנשים עם מוגבלות (בענייננו - מוגבלות נפשית); בקיומו של עובד סוציאלי (או איש מקצוע מקביל) שאמור לסייע בהיבטים השיקומיים (אך זאת בתקן של עובד מקצועי אחד למאה משתקמים בנוהל משרד הבריאות, דבר שעשוי ללמד כי ההיבט השיקומי אינו אינטנסיבי); וכן בביצוע פעילות "שיקומית" שאינה מוגדרת באופן מפורש, וכוללת בעיקר (כך לפי הנוהל) "הקניית מיומנויות והרגלי עבודה" דוגמת שימוש בשעון נוכחות, שיפור איכות והספק העבודה, יחסי סמכות, שיתוף פעולה ועבודת צוות, לקיחת אחריות ויוזמה (סעיף 7.8.5 לנוהל משרד הבריאות; בנוהל משרד הרווחה אזכור גם להדרכות ושיחות).