22. אחד ההסדרים בעלי ההשפעה הגדולה ביותר על אופיו של מרכז השהייה נקבע בסעיף 32ח לחוק, שעניינו הנוכחות במרכז השהייה והיציאה ממנו. סעיף 32ח(ב) לחוק קובע, כי מרכז השהייה יהיה "סגור" בשעות הלילה (בין 22:00 ל-06:00), וכי בשעות אלה לא יימצא השוהה מחוצה לו. בכל הנוגע לשעות היום קובע סעיף 32ח(א) לחוק, כי על השוהה במרכז השהייה להתייצב שלוש פעמים ביום לצורך רישום נוכחות, במועדים שייקבעו בתקנות על ידי שר הפנים, בהסכמת השר לביטחון פנים. חובה לציין כבר עתה, כי סעיף 32ח(ד) לחוק מסמיך את שר הפנים לקבוע את מועדי ההתייצבות במרכז לצורך רישום נוכחות, ובלבד ש"מועדי ההתייצבות כאמור ייקבעו באופן שלא יאפשר לשוהה לעבוד בישראל". כבר צוין לעיל, כי שר הפנים התקין תקנות לעניין שעות ההתייצבות במרכז, אלו הן תקנות הנוכחות במרכז. בתקנות האמורות נקבע, כי על השוהים במרכז להתייצב לרישום בכל זמן שבין טווח השעות הבא: 07:30-06:00 בבוקר, 14:30-13:00 בצהריים, 22:00-20:30 בערב. יצוין, עם זאת, כי בסעיף 32ח(ג) לחוק הוסמך ממונה ביקורת הגבולות, לפי בקשת שוהה ומטעמים מיוחדים, לפטור שוהה מחובת התייצבות או מאיסור שהייה במרכז בשעות הלילה, לפרק זמן שלא יעלה על 48 שעות, ובמקרים מיוחדים אף לפרק זמן העולה על 48 שעות (אשפוז רפואי של השוהה או של בן משפחתו מדרגה ראשונה). יוער, כי הסעיף האמור מאפשר פנייה לבית הדין לביקורת משמורת על מסתננים, אשר רשאי לבחון את החלטת הממונה. בתשובת המשיבים נמסר, כי נכון ליום 5.3.2014 אושרו על ידי הממונה כ- 96% מן הבקשות למתן פטור מנוכחות לפי סעיף 32ח(ג) (ראו סעיף 218 לתשובת המשיבים).
23. הוראות פרק ד' אינן קובעות פרק זמן מרבי בו ניתן להורות למסתנן לשהות במרכז השהייה. כמו כן, לא נקבעו בחוק עילות לשחרור מן החובה לשהות במרכז השהייה. עם זאת, סעיף 14 לתיקון מספר 4 קובע מפורשות, כי חלק מההוראות שנקבעו בו, ובגדר זה כלל ההוראות הנוגעות למרכז השהייה, יעמדו בתוקף במשך שלוש שנים מיום תחילתו של החוק. חברי השופט פוגלמן סקר בהרחבה את יתר ההוראות שנקבעו בפרק ד' לחוק, ובהן: אלה הנוגעות להפעלת המרכז ושמירה על הביטחון, הבטיחות, הסדר והמשמעת (סעיף 32י לחוק); אלה המקנות סמכויות שונות לעובדי המרכז (סעיפים 32יד, 32טו, 32טז ו-32יט לחוק); וכן ההוראות המסמיכות את ממונה ביקורת הגבולות להורות על העברת מסתנן ממרכז השהייה למשמורת, לאחר קיום שימוע, במקרה של הפרות או הפרות חוזרות של תנאי השהייה במרכז. זאת, לפרקי הזמן השונים שנקבעו בחוק (סעיף 32כ לחוק).