פגיעה בזכות לחירות (שעל עיקריה עמדנו לעיל, בפסקה 46) היא אינהרנטית לכל מתקן אשר הנוכחות בו אינה רצונית. מרכזי שהייה פתוחים אשר הכניסה אליהם אינה וולונטרית, פרי בחירה חופשית של השוהה; ואשר מחייבים את נוכחות השוהה ולו גם בחלק משעות היממה – פוגעים, מטבעם, בזכות לחירות. בענייננו, המדינה אינה חולקת על כך שמרכז השהייה מגביל את הזכות לחירות, אלא שהיא מבחינה, כאמור, בין שלילת הזכות לחירות לבין הגבלתה. בכל שאמור בניתוח הפגיעה בזכות, לא מצאתי רבותא בהבחנה זו. כפי שמציין א' ברק, "הגבלת הזכות החוקתית משמעותה פגיעה בה. חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו משתמש בביטוי 'פגיעה' ('אין פוגעים בזכויות שלפי חוק-יסוד זה...'). לעומתו משתמשים הצ'רטר הקנדי ומרבית החוקות המודרניות בביטוי 'הגבלה' ('Limits'). לדעתי אין הבחנה בין השניים" (מידתיות במשפט, בעמ' 135). וכפי שמסביר ברק:
"ההגבלה או הפגיעה מתרחשת בכל מצב שבו רשות שלטונית אוסרת או מונעת מבעל הזכות להגשימה כדי מלוא היקפה. לעניין זה אין כל חשיבות לשאלה אם הפגיעה היא קשה או קלה; אם היא בליבה של הזכות או באזור האפלולית שלה; אם היא מכוונת אם לא; אם היא נעשית בדרך של מעשה או בדרך של מחדל (במקום שיש חובה חיובית להגן על הזכות); כל פגיעה, יהא היקפה אשר יהא, הינה בלתי חוקתית אלא אם כן היא מידתית" (שם, בעמ' 136-135).
118.גם אם נניח כי הפגיעה בחירות מצויה במדרג נמוך יותר בהשוואה להחזקה במשמורת – ההגבלה על החירות הטמונה במרכז השהייה ה"פתוח" היא בוודאי משום פגיעה בזכות החוקתית לחירות. בכל מתקן "פתוח" או "פתוח למחצה" – יהא מיקומו אשר יהא – חובה להתייצב לספירה בשעת הצהריים מקשה עד מאוד על היכולת המעשית לצאת מן המתקן לפרק זמן הדרוש לביצוע פעילות רציפה. קושי זה אינו מתמצה בהגבלה של חופש התנועה, אלא מגיע עד כדי פגיעה בחירות ממש. אכן, ההבדל בין שלילת חופש התנועה לבין שלילת הזכות לחירות הוא עניין של מידה (Alice Edwards, ‘Less Coercive Means’: The Legal Case for Alternatives to Detention of Refugees, Asylum-Seekers and Other Migrants, in THE ASHGATE RESEARCH COMPANION TO MIGRATION LAW, THEORY AND POLICY 443, 447-448 (Satvinder S. Juss ed., 2013)). כפי שקבע בית המשפט האירופי לזכויות אדם, שלילה של חופש התנועה במידה גבוהה עשויה לחפוף לשלילת חירות (ראו Guzzardi v. Italy, 39 Eur. Ct. H.R. (ser. A) at 32–34 (¶¶91–95) (1981), שם נקבע כי הסדר שכלל, בין היתר, חובת התייצבות פעמיים ביום והגבלה על התנועה בשעות 22:00-7:00 מהווה פגיעה בזכות לחירות, בניגוד לסעיף 5 לאמנה להגנת זכויות אדם וחירויות יסוד (Convention for the Protection of Human Rights and Fundamental Freedoms art. 5, Nov. 4, 1950, C.E.T.S. No. 5; Alice Edwards, The Optional Protocol to the Convention Against Torture and the Detention of Refugees, 57 INT'L & COMP. L. Q. 789, 811-13 (2008)). כזהו המצב בענייננו. ההגבלה דכאן – כה חריפה היא, עד שאין לומר אלא שהחוק והתקנות שהותקנו מכוחו פוגעים בזכות לחירות, וזאת גם אם אין מדובר בשלילה מוחלטת של הזכות כי אם בהגבלתה.