אחת השאלות המרכזיות אליהן התייחסו הצדדים, נוגעת למעורבותו של עמוס אופיר בקבלת ההחלטות בחב' אלעד הצפוני, לרבות החלטות שיש בהן משום ביצוע העבירה. נאשם 1 טען בעדותו כי עמוס אופיר היה המנכ"ל, הוא היה בעל זכויות חתימה, וחתימתו היתה החתימה העיקרית, ואילו חתימתו של נאשם 2 היתה "חתימה שנייה". עוד נטען על ידי נאשם 1, כי הוא עצמו לא היה מעורב בנעשה בחב' אלעד הצפוני. שני הנאשמים הוסיפו וטענו, כי מי שניהל את המשא ומתן עם הספקים השונים לאחר שאיתר אותם, היה עמוס אופיר, והוא זה שהפעיל את צוות העובדים במקום.
בהתייחס לגרסתם זו של הנאשמים, טוענת התביעה כי הם אלה שניהלו משא ומתן עם הספקים הוקבלתי המשנה, הם אלה שחתמו על ההסכמים עימם, ובנוסף הם שימשו כתובת מבחינתם של הספקים והקבלנים, בכל הקשור לעניינים הכספיים השונים, והם אלה שביצעו תנועות סיבוביות של הכספים, באמצעות חשבונות הבנק שהיו בשליטתם. התביעה מוסיפה וטוענת כי טענתם של הנאשמים 1 ו-2 היא בגדר היתממות, שכן הם שרקמו יחדיו את המרמה "בשיתוף פעולה עם הספק לידר", והם שניהלו בפועל את אלעד הצפוני, ואף נהנו מכספי ההטבות שהועברו לחשבונות הבנק שבשליטתם, באמצעות חשבון פטמרק, ששימש אותם. עוד נטען, כי הנאשמים עשו שימוש בחב' GWS לשם נטילה שלא כדין של כספי המענקים וניפוח עלויות, כאשר העובדה כי נאשם 1 אינו חתום על דוחות הביצוע, הינה חסרת חשיבות, בשים לב לכך כי אלה נערכו על בסיס חשבוניות כוזבות והעברות בנקאיות מדומות. התביעה מוסיפה כי: "הניסיון להטיל אשמה על עמוס אופיר הוא נלעג לאור העובדה שהוכח כי כל מעשה המרמה נשוא אישום זה, הוצאו אל הפועל באותן שיטות בהן עשו נאשמים 1 ו-2 שימוש באישומים האחרים".
התביעה גורסת כי הוכיחה ביומן של תנועות כסף סיבוביות בין חשבונות חב' אלעד הצפוני לחשבונות שונים שבשליטת הנאשמים 1 ו-2, וכן הוכיחה כי דוחות הביצוע אשר התבססו על חשבוניות חב' GWS היו כוזבים. לגרסת התביעה, העבודות המופיעות בדוחות הביצוע, לא בוצעו והציוד הנזכר בהם לא נרכש, או שהתמורה עבורו לא שולמה. לטענת התביעה, הוצגו "ראיות חפציות חדות כתער", המלמדות כי עמוס אופיר לא היה כלל בסוד התנועות הכספיות. בין היתר, מסתמכת התביעה על הודעת פקס ששלח עמוס אופיר לאורלי מבנק לאומי (ת/678ג) ובה הוא מציין כי בוצעו 5 העברות כספיות לחו"ל מחשבון חב' אלעד הצפוני בשנת 1995, מבלי שהוא היה מעורב בהעברות אלה, והוא אינו יודע בעבור מה הן בוצעו. בהודעתו מפרט עמוס אופיר 5 העברות כספים בסכום כולל של כ-550,000$.