אשר לנושא התאגידים הקשורים, הרי שבטופס הבקשה לאישור תוכנית ההשקעה לא צויין שמה של חב' GWS, שהיתה בבעלותם ובשליטתם של הנאשמים 1 ו-2, ואשר שימשה כקבלן ראשי בפרוייקט, כתאגיד קשור.
כמו כן, לא צוינה העובדה שחב' פינפסט וחברות נוספות מוחזקות על ידי אביו של נאשם 2 ועל ידי בני משפחה נוספים. לעניין זה טוענת התביעה כי גם לגישת הנאשמים צריכות החברות אלעד הצפוני ו-GWS להיחשב כחברות קשורות: "בהיותן מוחזקות על ידי חברות זרות אחיות".
בנושא רכישת הציוד בחו"ל, נטען על ידי התביעה כי הבקשות למענקים ולהלוואות התבססו על חשבוניות כוזבות של חב' לידר, אשר שיתפו פעולה עם הנאשמים 1 ו-2. כפי שנטען לגבי התוכנית שנרקמה עם חב' דורנייר, אף כאן טוענת התביעה כי הועברו לחב' לידר תשלומים במזומן ובאמצעות מכתבי אשראי, כאשר עלות הציוד האמיתית היא זו הנקובה במכתבי האשראי ואילו יתר הסכומים הועברו לחשבון בנק בשוויץ על שם פטמרק, ששימש את הנאשמים ומשם בחזרה בתנועה סיבובית, דרך חשבונות בנק שונים של יהושע גוטליב, לחשבונות הבנק של הנאשמים 1 ו-2. התביעה מבססת טיעון על קיומן של חשבוניות כפולות לגבי אותה הזמנה ועל העובדה שתשלומי המקדמות הועברו לחשבון בנק בשוויץ על שם פטמרק ולא לחשבון חב' לידר, ומשם באמצעות חשבונות בנק שונים, חזרה לרשותם של הנאשמים 1 ו-2. חשבון פטמרק הוצג כחשבון הספק, אך בפועל שימש את הנאשמים ונוהל על ידי אדם בשם יצחק בנדא, שקיבל הוראות מהנאשמים באמצעות יהושע גוטליב. כמו כן, מסתמכת התביעה על עדותו של נציג חב' לידר ועל המסמכים שנתפסו בחברה, מהם עולה כי הסכומים שקיבלה חב' לידר נמוכים באופן משמעותי מהסכומים להם טענו הנאשמים בדוחות הביצוע. כמו כן, מתבססת התביעה על עדותו של יהודה הוברמן, שהיה סוכן חב' לידר בישראל.
על העובדה, כי חשבון פטמרק בשוויץ נוהל על ידי יצחק בנדא ואינו קשור לחב' לידר, העיד יצחק בנדא עצמו שמסר, כי אין לו כל היכרות עם חב' לידר והוא פעל בחשבון על פי הנחיות שקיבל מיהושע גוטליב. יהושע גוטליב עצמו אישר כי עשה שימוש בחשבון הבנק של יצחק בנדא, הוא חשבון פטמרק. חשבון זה הוצג בפני רואה החשבון ליכטר וקוניק כחשבון של חב' לידר, כאשר המסמכים והוראות הפעולה נמסרו להם על ידי נאשם 1.
בבקשה למענק מס' 1 ובבקשה להלוואה מס' 3 ציינו הנאשמים כי נרכשה מכונת מילוי וסגירה מחב' לידר בגרמניה תמורת 4,905,000 מ"ג, וזאת בהתבסס על חשבונית חב' לידר באותו סכום (ת/392ב).