2. המערער שוחרר משירות בצה"ל ביוני 2002, כאמור, והחל לשרת כקצין במשטרת ישראל. כעשר שנים לאחר שחרורו, בחודש דצמבר 2011, שודרה במסגרת תכנית התחקירים "עובדה" קלטת המתעדת את חקירת דיראני בשנת 1994 (להלן: הקלטת). בקלטת נצפים שלושה חוקרים מאגף המודיעין ובהם המערער ומפקד יחידתו דאז, אשר נראה מאיים על דיראני. בתום שידור התכנית, פרסמה מערכת התוכנית "עובדה" את תגובתו של משרד המשפטים לשידור הקלטת בה נאמר כי: "זו הפעם הראשונה שגורמי החקירה, גורמי הפרקליטות הצבאית ופרקליטות המדינה נחשפים לקיומה של הקלטת הזו ולאור גילוי זה ישקלו אילו צעדים משפטיים יש לנקוט" (להלן: תגובת משרד המשפטים). זמן קצר לאחר שידור התכנית, בחודש ינואר 2012, הגיש המערער תביעה נזיקית נגד מדינת ישראל בטענה כי לא נפל רבב בהתנהלותו כחוקר, כי הופקר לגורלו וכי בשלב מסוים בחרה המדינה להתנער ממנו ולשחררו מצה"ל. המערער הכתיר את שידור התכנית וגילוי הקלטת כ"גולת הכותרת" של התביעה וגרס כי תוכנה מנקה אותו מכל חשד ואשמה. המערער הוסיף וטען כי בניגוד לטענת המדינה בעתירה הראשונה, היא לא העבירה לו את כל חומר החקירה והסתירה ממנו את הקלטת והתנהלותה בהקשר זה הסבה לו פגיעה חמורה.
3. המערער סיווג את תביעתו ב"תביעה לנזקי גוף" ובהינתן סיווג זה שילם עם הגשתה אגרה בסך 1169 ש"ח. בעקבות כך הגישה המדינה ביום 5.2.2012 בקשה אותה הכתירה כ"בקשה להורות על תשלום אגרה ולדחיית המועד להגשת כתב הגנה והבקשה לדחיית התביעה מטעמי התיישנות ב-30 יום לאחר שתשולם האגרה". בסעיף 20 לבקשה ציינה המדינה כי "האמור בבקשה זו מתייחס אך לשאלת האגרה ולא לטענות התובעים בתביעתם לגופה, טענות התובעים מוכחשות מכל וכל כפי שיעלה בכתב ההגנה ובבקשה לדחייה על הסף מחמת התיישנות התביעה". בקשה זו הוכרעה על-ידי בית המשפט קמא רק ביום 20.7.2012 ובינתיים המשיך ההליך להתנהל, הוגשו בו כתבי טענות ובקשות וכן התקיימו בו דיונים (עליהם נעמוד בהרחבה בהמשך) והכל מבלי שהמדינה עתרה לסילוקה של התביעה על הסף מחמת התיישנות. זאת עד סוף חודש דצמבר 2012 עת הוגש על-ידי המדינה כתב הגנה מפורט בו כללה טענות מקדמיות לסילוק על הסף ובהן טענת התיישנות וטענת של היעדר עילה בשל קיומה של הוראת ייחוד עילה (סעיפים 113-93 לכתב ההגנה). בהחלטתו מיום 10.3.2013 הורה בית המשפט למערער להגיב לטענות המקדמיות וכן אפשר למדינה להשיב על טענות אלה (ראו התגובה מיום 17.3.2013 ותשובת המדינה מיום 21.3.2013). לעניין ההתיישנות טענה המדינה כי עילת התביעה של המערער נולדה לכל המאוחר עם סיום שירותו ביוני 2002 וכי משהוגשה בינואר 2012 יש לדחותה על הסף מחמת התיישנות. עוד טענה המדינה כי מכל מקום היה על המערער להגיש את תביעתו הנזיקית במסלול הייחודי שנקבע לכך בחוק הנכים (תגמולים ושיקום) [נוסח משולב], התשי"ט-1959 (להלן: חוק הנכים) בציינה כי סעיף 6(א) לחוק הנזיקים האזרחיים (אחריות מדינה), התשי"ב-1952 (להלן: חוק הנזיקים האזרחיים) פוטר את המדינה מאחריות בנזיקין על נזקים שאירעו לכאורה לחייל בתקופת שירותו הצבאי ועקב שירותו הצבאי וחוסם כל תביעה בנזיקין כלפיה בגין נזקים נטענים אלו. עוד טענה המדינה כי הטענות שהעלה המערער באשר לפגמים שנפלו כביכול בהליך שחרורו דינן להתברר בהליך מנהלי. המערער טען מצידו כי טענת ההתיישנות לא הועלתה בהזדמנות הראשונה ועל כן דינה להידחות, ולחלופין טען לתחולתם של חריגים שונים הקבועים בחוק ההתיישנות, התשי"ח-1958 (להלן: חוק ההתיישנות). לעניין ייחוד העילה טען המערער כי אין מדובר בתביעה על נזקים שאירעו בתקופת השירות הצבאי ועקב השירות הצבאי, ומכל מקום "חלק מראשי הנזק נשוא תביעתו ... ממילא אינם ברי פיצוי במסגרת חוק הנכים" וגם בשל כך יש להותיר את תביעתו ולא לדחותה על הסף, לטענתו. לעניין הפטור שבסעיף 6(א) לחוק הנזיקים האזרחיים הוסיף המערער וטען כי חל במקרה דנן החריג שבסעיף 3 לאותו חוק בדבר "רשלנות שבמעשה".