בית המשפט התייחס בפרשת יששכרוב לאותה הנמקה מקובלת שניתנה לפסילת הודאה לפי סעיף 12, והיא שלילת חופש הבחירה של הנחקר, המקימה חשש לאמיתות ההודאה, וציין כי כיום, ברוח חוק
--- סוף עמוד 104 ---
היסוד, ההגנה על חופש הרצון של הנחקר מהווה תכלית עצמאית וטעם נכבד לפסילת קבילותה של ההודאה לפי סעיף 12 לפקודת הראיות.
וכך נקבע: "... בעוד שבעבר ההצדקה שניתנה לפסילתה של הודאה לפי סעיף 12 נשענה על ההנחה לפיה שלילת חופש הבחירה של הנחקר מקימה בהכרח חשש לאמיתות הודאתו, הרי על-פי רוחו והשראתו של חוק היסוד מן הראוי לקבוע כי ההגנה על חופש הרצון של הנחקר מהווה כיום תכלית העומדת בפני עצמה ומהווה טעם נכבד ועצמאי לפסילת קבילותה של ההודאה לפי סעיף 12 לפקודת הראיות" (שם, פסקה 34).
המסלול השני הוא המסלול המבוסס על הדוקטרינה הפסיקתית לפסילת ראיות שהושגו שלא כדין בהליך הפלילי, כפי שהותוותה על-ידי בית המשפט בפרשת יששכרוב. בהתאם לדוקטרינה, נתון לבית-המשפט שיקול-דעת לפסילת קבילותה של ראיה בפלילים אם נוכח לדעת כי הראיה הושגה שלא כדין וקבלתה תפגע באופן מהותי בזכותו של הנאשם להליך הוגן שלא בהתאם לגדריה של פסקת ההגבלה.
שיקול דעת זה יופעל במסגרת נוסחת איזון, תוך התחשבות בנסיבותיו של כל מקרה לגופו, ובהתאם לאמות מידה אליהן התייחס בית המשפט העליון בפרשת יששכרוב: "אופיה וחומרתה של אי החוקיות שהייתה כרוכה בהשגת הראיה; מידת ההשפעה של אמצעי החקירה הפסול על הראיה שהושגה; הנזק מול התועלת החברתיים הכרוכים בפסילתה".
בפרשת יששכרוב, כידוע, דן בית המשפט העליון בסיטואציה בה החשוד (לימים הנאשם) נחקר באזהרה, אולם נשללה ממנו זכות ההיוועצות.
158. הסיטואציה שעמדה לבחינה בפרשת יששכרוב "מרוככת" בהשוואה לסיטואציה העומדת לבחינתי כעת, שכן על-פי הנטען, חוקרי המשטרה לא שללו רק את אחת הזכויות המוענקות לחשוד עובר לחקירתו (כפי שאירוע בפרשת יששכרוב), אלא טשטשו, עד כדי העלימו, את הבעייתיות ביחס לדברי הנאשם בחקירתו. לשיטת ההגנה, התנהלות חוקרי המשטרה "ניטרלה" את כל מנגנוני ההגנה הלגיטימיים שהיו צריכים להינתן לנאשם עובר לחקירתו, והלכה למעשה, הובילו לשלילה מוחלטת של כל זכויות היסוד להן הוא זכאי כחשוד העומד להיחקר.
על סיטואציה מעין זו עמד בית המשפט העליון בע"פ 4415/16 מדינת ישראל נ' פלוני [פורסם בנבו] (15.10.2017) בקובעו את הדברים הבאים:
"ואולם ישנן תחבולות, ואף זאת כבר נפסק, שאינן הוגנות ואינן לגיטימיות ועל כן אם נעשה בהן שימוש הן עלולות להביא לפסילת הודאה שמסר חשוד. כך, למשל, אין להשתמש בתחבולה המפרה את זכותו של החשוד להימנע מהפללה עצמית (ראו: ע"פ 2831/95 אלבה נ' מדינת ישראל, פ"ד נ(5)221, 291 (1996); עוד ראו: יעקב קדמי על הראיות חלק ראשון 78 (2009)). אמנם, שימוש בתחבולה כזו לא מוביל בכל מקרה לפסילת ההודאה שניתנה בעקבותיה. עם זאת, פגיעה בזכות השתיקה ובזכות לחיסיון מפני הפללה עצמית מהווה שיקול נכבד בעת בחינת קבילותה של הודאה כזו וככל שבית