49. סעיף 56 לחוזה, שכותרתו "שינויים", מאפשר לרכבת להורות על שינויים ב"מבנה", המוגדר בחוזה כ"המבנה ו/או העבודה שיש לבצע בהתאם לחוזה, לרבות כל
--- סוף עמוד 24 ---
מבנה ארעי ו/או עבודה ארעית" (ראו סעיף 1 לחוזה). הוראות הרכבת בדבר שינויים במבנה מכונות "פקודות שינויים". ככלל, פקודות אלה צריכות להימסר בכתב עובר לבקשה לביצוע השינוי, אולם יתכנו גם מקרים בהן הפקודה תועלה על הכתב בשלב מאוחר יותר. מכאן עולה כי כל עבודה שביצועה נדרש בפקודת שינויים הינה בגדר "עבודה נוספת" במובן זה שהיא משנה את האמור בתכניות המכרז ובכתב הכמויות המקורי. בניגוד לתכניות הביצוע, אשר נמסרו לביבי כבישים בסמוך לצו תחילת העבודה ואשר חייבוה לפעול לפיהן ללא סייג, פקודות השינויים חייבו את ביבי כבישים בגבולות שקבע סעיף 56(3). לפי האמור בסעיף זה, ביבי כבישים התחייבה למלא אחר פקודת שינויים כל אימת שהעבודות הקבועות בה לא מייצרות חריגה שעולה "על 50% לגבי הגדלה או 25% לגבי הקטנה מהסכום הנקוב במסמכי החוזה כשכר החוזה או מכל סכום אחר שמתקבל במקומו עקב תנודות במחירי החומרים [...]".
50. תמחור של עבודות נוספות אשר נדרשו בפקודת שינויים נקבע בסעיף 57 לחוזה, שכותרתו "הערכת שינויים". סעיף זה קובע כדלקמן:
"57. (1) ערכו של כל שינוי שבוצע בהתאם לפקודת שינויים ייקבע לפי מחירי היחידות הנקובים בכתב הכמויות. לא נקבעו בכתב הכמויות כל מחירי היחידות הדרושים לקביעת ערכו של השינוי – ייקבע ערכם של מחירי היחידות החסרים במשא ומתן בין המהנדס והקבלן, ואולם אין הקבלן רשאי לעכב את ביצועו של השינוי מחמת אי קביעת ערכו של השינוי.
(2) לצורך קביעת ערכם של מחירי היחידות החסרים, כאמור בסעיף קטן (1), יובא בחשבון כל מחיר יחידה דומה הנקוב בכתב הכמויות שאפשר להתבסס עליו לצורך קביעת כל אחד ממחירי היחידות החסרים. בהעדר מחירי יחידות דומים שאפשר להתבסס עליהם לקביעת אחד ממחירי היחידות החסרים – ייקבע ערכו של השינוי במשא ומתן בין הצדדים."
51. עבודות שלא תומחרו בחוזה ושלא הופיעו בכתב הכמויות, אך נדרשו לביצוע הפרויקט, הוסדרו, אפוא, בשני מתווי שינויים נפרדים: (1) שינוי במסגרת תכניות הביצוע המתומחר בהתאם למחיר הנמוך ביותר מבין אלו שצויינו בסעיף 00.44 למפרט הטכני; (2) עבודות נוספות המתומחרות לפי מחירי יחידות ביצוע הדומות לאלו
--- סוף עמוד 25 ---
שתומחרו בחוזה; בהעדר מחירים כאמור, במשא ומתן בין הצדדים; ובמקרה של כישלון במשא-ומתן, על פי כללי התמחור הקבועים בסעיף 00.44 למפרט הטכני.