56. עוד נזכיר כי את ההלכה ולפיה בית המשפט לא ימהר להתערב בשיקול דעתו של פקיד השומה אשר מצא כי קיימים נימוקים המצדיקים הוצאת שומה לפי מיטב השפיטה, והדבר עולה בקנה אחד עם ההלכה הכללית לפיה ימעט בית המשפט להתערב בשיקול דעת הרשות המינהלית.
עם זאת, יש לזכור כי תכלית הוצאת השומה לפי מיטב השפיטה היא לקבוע "מס אמת על יסוד הכנסת אמת" (ע"א 552/02 חנני נ' פקיד שומה חיפה, פ''ד ס(1) 112 (2005)). על כן, מקום שבית המשפט משתכנע מהסבריו של הנישום, או מתוך עיון בחומר שבפניו, כי השומה שהוציא פקיד השומה אינה משקפת מס אמת, רשאי הוא להתערב, לבטל את השומה או לשנותה (ראו סעיף 156 לפקודת מס הכנסה). הנישום יכול להצביע בפני בית המשפט על הסבריו לתהיותיו של פקיד השומה, או להצביע על נתונים עובדתיים המלמדים כי שגה פקיד השומה בשומתו או הפריז בהערכותיו (ע"א 734/89 הנ"ל, עמ' 317; ע"א 435/78 רוזנשטוק נ' פקיד שומה תל-אביב פ"ד לה(4)633 (1981); ע"א 8082/09 רחמים שקלים נ' פקיד שומה ירושלים 3 (27.11.2011)). יתרה מזו, כאשר פקיד השומה מבסס את שומתו על נתונים מוגדרים, לרבות מתוך ספרי הנישום, להבדיל מקביעת שומה על פי הערכות שוק ותדריכים מקצועיים, פתוחה הדרך בפני בית המשפט לבחון את הנתונים עליהם התבסס פקיד השומה וככל שיתברר כי ההתבססות מוטעית, יתערב בית המשפט בשומה (ע''א 724/89 יוסיאן נ' פקיד שומה כפר-סבא, פ''ד מז 873 (1993)).
57. בהליך הנוכחי פסל פקיד השומה את ספרי החברות. ראינו כי הספרים נפסלו בין היתר משום שבעלי המניות והמנהלים, הצהירו, בגדרם של ההליכים שנקטו אחד כנגד השני, כי בספרי החברה נכללו הוצאות פרטיות, כי נמשכו כספים שלא כדין וכי ספרי החברות אינם משקפים את הכנסותיהן והוצאותיהן האמיתיות. די בכך כדי להצדיק עריכת שומה לפי מיטב השפיטה על פי סעיף 145(א)(2)(ב) לפקודה.
58. זאת ועוד, ראינו כי בביקורת שנערכה על ידי הכלכלנית התגלו תוצאות בלתי סבירות, והדבר אך הגיוני הוא. מקום שבספרי החברה נכללו הוצאות פרטיות שאינן הוצאות של החברה, מתחייבת המסקנה כי ההוצאות העסקיות שלה אינן תואמות את האמת (ראו תצהירה של מ' בנמומ מש/8 סעיפים 40 -44 ו-71 - 76, ועדותה עמ' 99 - 100).
לאור האמור ברי שפקיד השומה עמד בנטל ההצדקה המוטל עליו. בכך לא מסתיים הדיון, אלא הנטל עובר לכתפי הנישומים לשכנע כי השומה שהוצאה פגומה או מופרזת.
60. כאן צריך להבהיר, שומה שמוצאת על ידי פקיד השומה, לאחר שנפסלו הספרים ונקבע כי ההוצאות העסקיות של הנישום אינן סבירות, אינה צריכה להתבסס על ראיות מדויקות ועל חישוב מדויק (ע"א 4230/00 הנ"ל, פסקה 6) . בע"א 62/58 פקיד שומה תל-אביב 1 נ. כץ, פ"ד יג 167 (8/2/1959) המצוטט בע"א 4230/00 הנ"ל נאמר:
נראה לנו שאחרי קביעת העובדות הנ"ל, שגם לדעת השופט עלה מהן ללא צל של ספק שהיה מקום לשומה לפי מיטב השפיטה, לא נשאר לשופט אלא לאשר את השומה, בלתי אם יעלה בידי הנישום להוקיעה כשרירותית, או כמופרכת מעיקרה או למשל, כבנויה על הנחות של עובדות או משפט המוטעות ביסודן