על יסוד כל האמור, מבקשים העותרים כי בית משפט זה יורה על בטלותו של חוק ההסדרה.
היועץ המשפטי לממשלה
23. טרם הדיון בעתירות, הודיע היועץ המשפטי לממשלה לבית המשפט כי בנסיבות החריגות של המקרה הוא מצא לנכון לקבל את בקשת הדרג המדיני לאפשר לממשלה להיות מיוצגת בהליך על ידי עורך דין פרטי. זאת נוכח עמדתו לפיה חוק ההסדרה אינו חוקתי ודינו בטלות. היועץ מיקד את עמדתו בעיקר בשאלת חוקתיות ההסדר הקבוע בחוק, אך הוא הוסיף וציין כי שאלת סמכותה של הכנסת לחוקק בשטחי האזור אינה נקיה מספקות וכי ישנם טעמים כבדי משקל נגד החלה ישירה של חקיקה ראשית בשטח המוחזק בתפיסה לוחמתית, בפרט ככל שהדבר נוגע לשליטה הישראלית באזור. בהקשר זה הוטעם על ידו כי החלה ישירה של נורמה חקיקתית בשטחי האזור סותרת את הפרקטיקה הנקוטה על ידי ממשלות ישראל מזה כ-50 שנים ואת מנשר מס' 2. עם זאת, היועץ העדיף שלא להכריע בשאלה זו, נוכח עמדתו כי הוראות החוק ממילא אינן עומדות בתנאי פסקת ההגבלה שבחוק היסוד. לגישתו של היועץ, חוק ההסדרה פוגע פגיעה בלתי מידתית בזכות לקניין של בעלי הזכויות הפלסטינים, שהם "תושבים מוגנים", כהגדרת מונח זה בדין הבינלאומי, וזכות הקניין שלהם נהנית מהגנה רחבה. היועץ המשפטי לממשלה מוסיף ומציין כי חוק ההסדרה אף פוגע בזכות לכבוד ולשוויון של התושבים הפלסטינים – שהן זכויות המוגנות בחוק היסוד והמעוגנות בדין הבינלאומי המנהגי. זאת, משום שהמנגנון הקבוע בחוק טומן בחובו במישור התוצאה יחס מפלה ובלתי שוויוני כלפי פלסטינים תושבי האזור וכפועל היוצא מכך, הוא פוגע בכבודם שכן ההסדרים הקבועים בו נותנים הלכה למעשה עדיפות מכרעת לתושבי ישראל באזור. היועץ מדגיש כי הגם שמתן מענה למתיישבים ישראלים שבתיהם עומדים בפני סכנת הריסה ופינוי הוא אינטרס לגיטימי, הפגיעה במקרקעין פרטיים פלסטינים לשם הכשרת בנייה שבוצעה במקרים רבים תוך ידיעה או עצימת עיניים לכך שמדובר במקרקעין פרטיים ותוך התעלמות מופגנת מפגיעה בזכויות קניין ומשלטון החוק, אינה יכולה להיחשב כ"תכלית ראויה". לכך מוסיף היועץ כי החוק אף אינו צולח את שלושת מבחני המידתיות הקבועים בפסקת ההגבלה.
עמדת הממשלה
24. הממשלה סבורה מנגד כי דין העתירות להידחות. לטענתה לא קיימת בדין הישראלי מניעה שהכנסת תחוקק חוקים שיחולו מחוץ לשטח הריבוני של המדינה. הממשלה מוסיפה כי ככל שדיני התפיסה הלוחמתית חלים באזור והם מעניקים סמכות חקיקה למפקד הצבאי, קל וחומר שיש סמכות כזו גם לכנסת. עוד מזכירה הממשלה את אופיו המדיני והפוליטי של ההסדר ואת מידת האיפוק והריסון שעל בית המשפט לנקוט בבואו להעבירו תחת שבט הביקורת השיפוטית. באשר לחוקתיות החוק טוענת הממשלה כי החוק חוקתי והוא צולח את מבחני פסקת ההגבלה. בהקשר זה נטען כי אין יסוד לטענת העותרים לפיה החוק אינו שוויוני ומפלה. מכל מקום, נטען כי החוק מקדם מספר תכליות ראויות ובראשן הסדרת מעמדם של יישובים, שכונות או בתים שהסדרתם נמנעה עד כה, דבר שייתר הריסה של למעלה מ-3,000 מבנים שהוקמו באישור מהמדינה או בעידודה וביוזמתה. הממשלה מסכימה כי הסדרים אחדים בחוק אכן פוגעים בזכות הקניין של התושבים הפלסטינים. עם זאת מדובר לשיטתה בפגיעה מסויגת שכן, לדבריה, במקרים רבים מדובר במקרקעין המצויים בלב התיישבות ישראלית ואין לפלסטינים תושבי האזור יכולת מעשית לממש את הזכויות בהם. בנסיבות אלו, ולנוכח המנגנונים המאזנים הקיימים בהסדר בין התכלית ובין הפגיעה בזכויות, סבורה הממשלה כי הוא אינו מגלה עילה להתערבות.
25. במישור המשפט הבינלאומי טוענת הממשלה כי דין טענות העותרים להידחות. בפתח הדברים מציינת הממשלה כי חקיקת הכנסת אינה כפופה למשפט הבינלאומי, אלא אם כן הוא אומץ בדין הישראלי הפנימי. לשיטתה, הטענה לפיה המשפט הבינלאומי, כשלעצמו, יכול להוות עילה לביקורת שיפוטית ולפסילה של חקיקה ראשית עומדת בסתירה לעקרונות של ריבונות המדינה ושלטון הרוב. אף לגופם של דברים, הממשלה סבורה כי חוק ההסדרה אינו סותר נורמות מן המשפט הבינלאומי ובכלל זה את דיני התפיסה הלוחמתית וכללי המשפט הבינלאומי הפלילי. לנוכח כל אלה סבורה הממשלה כי יש לדחות את העתירות.