לגישת היועץ המשפטי לממשלה תכליתו העיקרית של החוק, הנלמדת מהרקע לחקיקתו, מדברי ההסבר ומן ההסדר הקבוע בו, היא – מניעת הריסה ופינוי של מבנים בהתיישבות אשר מצויים על מקרקעין שאינם מוכרזים כ"רכוש ממשלתי", תוך הסדרתם במישור הקנייני והתכנוני. תכלית נוספת שעליה עומד היועץ המשפטי לממשלה היא "מתן מענה למתיישבים שהקימו את בתיהם תוך הסתמכות על הסכמת המדינה ומוסדותיה, ולימים התברר כי בתים אלה הוקמו על מקרקעין שאינם רכוש ממשלתי" (פסקה 137 לעמדת היועץ המשפטי לממשלה).
60. העותרים מצידם טוענים כי יש לחוק תכליות נוספות, סמויות מן העין ומפלות, הרלוונטיות להתיישבות היהודית בלבד באזור. לטענתם החוק נועד לחול רטרואקטיבית על מבנים שנבנו שלא כדין באופן שיכשיר עבירות בנייה, בניגוד לדין הבינלאומי, ותוך מתן "פרס" לעבריינים. נטען כי תכלית החוק היא לאפשר למדינה להמשיך ולהימנע מאכיפה של החוק ומהגנה על זכות הקניין והזכות לכבוד של פלסטינים בעלי המקרקעין באזור, תוך העדפה מובהקת של המתיישבים הישראלים שם.
61. מטרתו המוצהרת של החוק, כאמור בסעיף 1 שבו היא: "להסדיר את ההתיישבות ביהודה ושומרון ולאפשר את ביסוסה ופיתוחה". בדומה לגישת היועץ המשפטי לממשלה, נראה כי מכלול הוראותיו של חוק ההסדרה וכן דברי ההסבר לחוק והרקע לחקיקתו מלמדים בהקשר זה על שתי תכליות מרכזיות הכרוכות ושלובות זו בזו. תכלית אחת היא תכלית "מערכתית" – ביסוס ההתיישבות באזור בדרך של הסדרה קניינית ותכנונית בדיעבד של בנייה בלתי חוקית על מקרקעין שאינם "רכוש ממשלתי", ובמילים אחרות, הכשרה בדיעבד של התיישבות בלתי חוקית על מקרקעין שאינם רכוש ממשלתי באזור. לצד תכלית זו קיימת תכלית שנייה, השלובה בתכלית הראשונה אך מובחנת ממנה, שעניינה מניעת הריסה ופינוי ומתן מענה למצוקתם של אותם מתיישבים שהקימו את בתיהם תוך הסתמכות על הסכמת המדינה ומוסדותיה ולימים התברר כי בתים אלה הוקמו על רכוש שאינו ממשלתי. תכלית זו דומה, במידה חלקית, לאחת התכליות שהציגו המשיבות, וניתן להגדירה בהתאם כתכלית "אנושית". ביחס לתכלית נוספת זו צוין בדברי ההסבר לחוק ההסדרה כי:
"במקרים רבים נבנו יישובים באזור בהסכמתה ואף בעידודה ובהשתתפותה של המדינה, או בתום לב של האזרחים הישראלים שבנו את היישובים, ולא היו מודעים לכך שמדובר במקרקעין בבעלות פרטית. הותרת המצב ביישובים אלו כפי שהוא היום או הריסתם עלולות לגרום לפגיעה קשה ולא מוצדקת במי שמתגוררים בהם שנים רבות".