החוק אף מוסיף וקובע הוראות כוללניות בכל הנוגע ליחס שבין סכום ההשקעה בבנייה לעומת שווי המקרקעין לפני ביצועה ולפיהן נבחן "הסכום שהושקע בבניית ההתיישבות" בשעת הבנייה לעומת "שוויים של המקרקעין בלי ההתיישבות באותה שעה" (סעיף 3(2)(א) לחוק), והוא אינו כולל מנגנון לבחינה פרטנית של הנזק שייגרם לבעל המקרקעין המקורי כתוצאה משלילת זכויות הקניין שלו, בחינת השאלה האם בעל הזכות המקורי "יישן על זכויותיו" ומה הסיבה לכך, וכן האם יש בפיצוי כספי כדי לרפא את נזקו.
100. חוק ההסדרה אף מאפשר לרשויות האזור לבצע הפקעה דה-פקטו של זכויות השימוש והחזקה במקרקעין הפרטיים שעליהם הוקמה הבנייה הבלתי חוקית וזאת בלא שנקבעו בחוק הסדרים מתאימים הנוגעים לפרסום או לדרכי השגה ושימוע. אין מדובר אך בקושי פרוצדוראלי, אלא במכשלה מהותית היורדת לשורשו של מבחן המידתיות ב"מובן הצר". כך, החוק קובע הקניית זכויות אוטומטית, והיוזמה לנקוט הליכים בכל הנוגע להקניה ותוצאותיה מוטלת על בעל הזכויות המקורי. החוק אינו כולל מנגנון להעלאת טענות כנגד עצם נטילת הזכויות, והוא אף אינו קובע מנגנון חריגים המוציא מקרים מסוימים מתחולת החוק, דבר שהיה עשוי לצמצם את הפגיעה בזכויות במקרים המתאימים מבלי לפגוע בהגשמת תכליתו. בהקשר זה יש להדגיש כי מתן אפשרות לבעל הזכויות לשטוח את טענותיו באופן ראוי, תוך פרק זמן סביר, מאפשר לרשות המינהלית לקבל את החלטתה על בסיס תשתית עובדתית נאותה ורלוונטית, תוך התחשבות במכלול העובדות והשיקולים הצריכים לעניין (השוו לעניין זיאדה, פסקאות 46-45 לחוות הדעת של המשנה לנשיאה (בדימ') ס' ג'ובראן). החוק קובע אמנם בסעיף 3(2)(ב) כי נטילת הזכויות צריכה להיעשות "ככל האפשר" בהתאם לחוק הרכישה הירדני אשר מקנה, כאמור, למפקד הצבאי שיקול דעת לבחון את התקיימות התנאי בדבר צורך ציבורי. אך בהינתן הוראותיו הקטיגוריות של חוק ההסדרה נראה כי אלה שוללות למעשה מן המפקד הצבאי כל שיקול דעת בהקשר זה ועל כן נראה כי ההוראה הנ"ל בחוק ההסדרה היא לאמיתו של דבר ריקה מתוכן.
101. לבסוף, בהינתן העובדה כי ההפקעה דה-פקטו על פי חוק ההסדרה כרוכה ושלובה גם בהכשרה בדיעבד של בנייה בלתי חוקית בהיבט התכנוני, נוצר מצב לפיו ההסדר מכפיף את התכנון ומתאים אותו למצב הקיים בשטח, תוך כבילת שיקול הדעת של רשויות התכנון לבנייה שנעשתה בפועל. כך סעיף 6 לחוק קובע כי המדינה תפעל להשלמת הליכי התכנון במקרקעין שניטלו בהם הזכויות "מהר ככל האפשר", וכי הליכים אלה ייעשו, ככל האפשר "בשים לב לצורך בהסדרת הבנייה הקיימת". בכך סוטה חוק ההסדרה מן הכלל כי הליך של הפקעה יש לבצע לאחר סיום הליכי התכנון, וכי הקדמת ההפקעה לתכנון היא בבחינת חריג (בג"ץ 3028/94 מהדרין בע"מ נ' שר האוצר, פ"ד נא(3) 85, 97 (1995); השוו עוד לע"א 1528/05 רשות הנמלים והרכבות – רכבת ישראל נ' אביגדורוב, פסקה 9 לחוות הדעת של השופטת ע' ארבל (2005); עניין רוטמן, פסקה 27; ראו עוד נמדר, בעמ' 293-292). בהקשר זה לא למותר לציין כי ההליך התכנוני עצמו כולל שלב שבו ניתנת לציבור אפשרות להישמע ואפשרות זו מספקת אף היא ערובה מסוימת לכך שקודם להפקעה יתבצע בהגינות מינהלית הליך מידתי הבוחן את מכלול ההיבטים הרלוונטיים (ע"א 2962/97 ועד אמנים – חוכרים ביפו העתיקה נ' הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה תל-אביב, פ"ד נב(2) 362, 379 (1998); בג"ץ 288/00 אדם טבע ודין – אגודה ישראלית להגנת הסביבה נ' שר הפנים, פ"ד נה(5) 673, 692-691 (2001); בג"ץ 7737/14 עיריית יוקנעם נ' המועצה הארצית לתכנון ולבניה, פסקה 48 (22.12.2015)).