106. הממשלה, הכנסת ומועצת מטה בנימין הוסיפו וטענו כי העובדה שהחוק קובע פיצוי כספי או פיצוי באמצעות הקניית מקרקעין חלופיים למי שזכויותיו במקרקעין ניטלו, מלמדת אף היא על מידתיות הפגיעה. מנגנון הפיצוי בחוק ההסדרה קבוע בסעיף 8(א) לפיו "נטלו רשויות האזור את זכויות השימוש וההחזקה במקרקעין בהתאם להוראות סעיף 3(2), יהיה זכאי בעל הזכויות במקרקעין לדמי שימוש שנתיים בשיעור של 125% מערכם הראוי של דמי השימוש כפי שתקבע ועדת השומה לפי סעיף 9(ג) (להלן: ערכם הראוי), לדמי שימוש מהוונים לתקופות של 20 שנה כל פעם בשיעור של 125% מערכם הראוי, או לקרקע חלופית ככל שהדבר אפשרי בנסיבות העניין, לפי בחירתו". סעיף 9 לחוק מוסיף וקובע בהקשר זה את הרכב ועדת השומה ואת מתכונת פעילותה והוא מורה כי הוועדה תקבע את שיעור דמי השימוש או את הקרקע החלופית שתוצע, לאחר ששמעה את טענות בעל הזכויות במקרקעין, ככל שטען ו"שקלה את כלל נסיבות העניין". עוד קובע סעיף 9 כי על החלטת הוועדה ניתן להשיג בפני ועדת ההשגות שתוקם מכוח החוק.
אכן, הענקת פיצוי בגין הפקעת מקרקעין מרככת ומצמצמת את הפגיעה הקניינית הכרוכה בכך. הפיצוי מקטין את מעגלי הנזק הנגרמים כתוצאה מן ההפקעה, הוא מקדם את העיקרון של צדק חלוקתי, ממתן את הפגיעה בשוויון הכרוכה בהפקעה ומעודד תמריצים יעילים לפעילות הרשות (עניין בית איכסא, פסקה 31; בג"ץ 3421/05 מח'ול נ' שר האוצר – משרד האוצר, פסקה 34 (18.6.2009); שיקולים חלוקתיים, בעמ' 500-494). אך לא ניתן להתעלם מן השוני הבולט המבדיל את חוק ההסדרה ממקרים אחרים של נטילה כפויה כנגד פיצוי. שוני זה נעוץ בכך שקבוצת הניזוקים אינה משתייכת לקהילת הנהנים ממעשה נטילת הזכויות, אף לא במובן הרחב. בניגוד למקרים אופייניים של נטילה שלטונית של זכויות במקרקעין, הנטל העודף שבו נושאים בעלי הזכויות המקוריים בענייננו אינו מתקזז, איפוא, אל מול התועלת שתצמח להם מן הנטילה או התועלת שתצמח מנטילות עתידיות (השוו שיקולים חלוקתיים, בעמ' 500-499). העובדה שבענייננו קבוצת הניזוקים מן ההסדר משתייכת לאוכלוסיית ה"תושבים המוגנים" באזור אך מעצימה את השוני הזה ואת הפגיעה בזכויותיהם. עוד יש להוסיף כי מנגנון הפיצוי שנקבע בחוק מעלה שאלות רבות הנוגעות לאופן חישוב הפיצויים. כך למשל, אין זה ברור האם ניתן פיצוי גם בגין השימוש שעשו התושבים הישראלים במקרקעין בעבר, טרם נטילת הזכויות באופן רשמי על פי חוק ההסדרה.