חוק ההסדרה – סמכות הכנסת ותחולת חוקי היסוד
2. לטענת העותרים, הכנסת פעלה בחוסר סמכות כשחוקקה את חוק ההסדרה, בניגוד לדין הבינלאומי האוסר על מדינה להחיל את חוקיה על שטח הנתון בתפיסה לוחמתית. הממשלה דחתה טענה זו מכל וכל. לשיטתה, דבר אינו מגביל את כנסת ישראל מלחוקק חקיקה חוץ-טריטוריאלית, לא בכלל ולא באזור, זולת חוקי-היסוד שחוקקה הכנסת בכובעה כרשות מכוננת. היועץ המשפטי לממשלה טען, כי ככל שהדברים אמורים בהתנגשות בין הדין הישראלי הפנימי לבין הדין הבינלאומי, מקובלנו כי ידו של הדין הישראלי על העליונה. לצד זאת ביקש היועץ המשפטי שלא לטעת מסמרות בשאלת תחולתו הישירה של חוק ההסדרה באזור, מחמת קשיים שונים שהדבר מעורר. לדבריו אין אנו צריכים לכך, מאחר שהוראות חוק ההסדרה מכוונות כלפי המפקד הצבאי, שבהיותו אורגן ישראלי חייב ממילא לפעול ליישומו של החוק במסגרת חקיקת צו מתאים, בהתאם לדין הפנימי הנוהג באזור מאז 1967.
3. מקובלת עלי עמדת הממשלה, כי אין דבר המונע מן הכנסת לחוקק גם ביחס לאזור יהודה ושומרון. הדברים אינם בגדר חידוש; הם נאמרו, נשנו ונשתלשו בפסיקתו של בית משפט זה לאורך השנים. עמד על כך הנשיא (בדימוס) א' ברק באחת הפרשות, אליהן הפנתה הממשלה:
"ככלל חקיקה ישראלית היא בעלת תחולה טריטוריאלית. כאשר חוק מבקש להחיל עצמו על אנשים או פעולות שמחוץ לישראל, צריך הדבר להיאמר בחוק (במפורש או במשתמע). אכן, חזקה היא כי חוקיה של ישראל חלים על יחסים משפטיים בישראל, והם אינם מכוונים להסדיר יחסים משפטיים מחוץ לישראל. כך הדין בחקיקה פלילית בישראל; כך הדין בחקיקה שאינה פלילית. חזקה זו ניתנת לסתירה [...] דין זה חל גם לעניין תחולתה של חקיקה ישראלית באזור. יהודה, שומרון וחבל עזה אינם חלק ממדינת ישראל; לא הוכרז לגביהם כי 'המשפט והשיפוט והמינהל של המדינה' חל בהם. חזקה היא כי דברי חקיקה ישראלים חלים בישראל ולא באזור, אלא אם נקבע בדבר חקיקה (במפורש או במשתמע) שהוא חל באזור" (בג"ץ 8276/05 עדאלה נ' שר הביטחון, פ"ד סב(1) 1, 20 (2006)).
4. אכן, סמכותה של הכנסת לחוקק חוקים שלהם תחולה ישירה באזור, עשויה לעורר קשיים מעשיים, בין היתר בשל העובדה "שחקיקת הכנסת אינה חלק אינטגרלי ממערכת הדינים המקומית, אינה 'מדברת באותה השפה', וגם לא מפורסמת באופן שבו מפורסמים דברי חקיקה באזור" (סעיף 87 לתגובה המקדמית מטעם היועץ המשפטי לממשלה). אולם אין בכוחם של הקשיים הללו כדי לגרוע מעצם קיומה של הסמכות; הסמכות שרירה וקיימת. כפי שציין גם היועץ המשפטי לממשלה, מנשר מס' 2 שהוציא המפקד הצבאי בשנת 1967, ולפיו כל סמכויות החקיקה והשלטון באזור נתונות בידו בלבד, אינן יכולות להגביל את כוחה של הכנסת לחוקק ביהודה ושומרון. "הכנסת היא הרשות המחוקקת העליונה בישראל ושום דבר אינו מונע בעדה מלהתערב במעשי המפקד הצבאי ובצוויו [...] נכון שבמציאות מופקדת סמכות החקיקה בדרך-כלל בידי המושל הצבאי, אשר נכנס בנעליה של הרשות המחוקקת בשטח המוחזק. זהו מצב דברים טבעי ורצוי כאחד [...] אולם אין לפנינו כלל בל-יעבור, והכנסת רשאית גם רשאית לחוקק חוק, שיבוא במקום צו או צווים של המפקד הצבאי" (יורם דינשטיין "פסק הדין בעניין פיתחת רפיח" עיוני משפט ג 934, 937 (התשל"ג-התשל"ד)). כפי שמציינת חברתי הנשיאה, המפקד הצבאי נתון למרותה של הממשלה; הממשלה מכהנת מכוח אמון הכנסת. אלה הן מושכלות יסוד. אם מבקשת הכנסת להחיל את חוקיה על האזור, יהי כן.
5. שאלה עקרונית נוספת שהונחה לפתחנו, והיא פועל יוצא של שאלת סמכותה של הכנסת לחוקק באזור, עניינה בתחולתם של חוקי-היסוד באזור. שאלה זו נותרה עד כה בצריך עיון. לעמדת היועץ המשפטי לממשלה – "המסקנה המתחייבת בענייננו היא כי הוראות חוק ההסדרה נדרשות לעמוד בהוראות פסקת ההגבלה שבסעיף 8 לחוק היסוד, בהתאמות הנדרשות" (סעיף 99 לתגובה המקדמית מטעם היועץ המשפטי לממשלה). הממשלה מצדה טענה, כי הותרת שאלת תחולתם של חוקי-היסוד באזור בצריך עיון מצדיקה כשלעצמה את המסקנה – "כי אין עילה חוקית לפסילת חוק ההסדרה" (סעיף 80 לתגובה המקדמית מטעם הממשלה). אף על-פי כן, בהמשך דבריה, במסגרת טענותיה לעניין סמכות הכנסת לחוקק באזור, הודתה הממשלה כי סמכות זו כפופה לחוקי היסוד: "מעולם לא נתגלעה מחלוקת בדבר ריבונותה הבלתי מוגבלת של הכנסת ובלבד שהיא אינה סותרת ציוויים מפורשים של האספה המכוננת, כפי שאלו באים לידי ביטוי בחוקי היסוד" (סעיף 187 לתגובה המקדמית מטעם הממשלה).