"ככלל אין בית המשפט הגבוה לצדק מתערב בשיקולי התביעה לעניין העמדה לדין או בשיקוליה לעניין עריכת הסדרי טיעון, להוציא מקרים נדירים בהם נפלו פגמים מהותיים בהחלטת רשויות התביעה אשר אינם עולים בקנה אחד עם עקרונות המשפט המינהלי ....בהקשר זה נבחנת, בין היתר, חובתה של הרשות לפעול בהגינות ובתום לב; חובתה לשקול אך ורק שיקולים עניינים; וכן סבירותה של ההחלטה במסגרת מתחם שיקול הדעת המקצועי הרחב הנתון לגורמי האכיפה"
כך בעניין התנועה לאיכות השלטון בפרשת הרב פינטו, נאמר: "לא על נקלה יסטה בית המשפט מהסכמות הצדדים שהתגבשו לכדי הסדר טיעון" (עוד ראו: ע"פ 3068/10 פלונית נ' מדינת ישראל (פורסם בנבו, 2010) וע"פ 7757/11 פלוני נ' מדינת ישראל (פורסם בנבו, 2013). בעניין מצגר, שב ועמד בית המשפט העליון על אותו עקרון וכך קבע (בפסקה 11 לפסק דינו של כב' השופט עוזי פוגלמן):
"לא בנקל ידחה בית המשפט הסדר טיעון שמובא לאישורו, וזאת נוכח קיומם של שיקולים כבדי משקל שתומכים בכך, ובראשם החשש שמא יחול כרסום במעמדם של הסדרי טיעון ובוודאות שהם נוסכים בנאשם החותם על ההסדר, וכפועל יוצא - בתכליות הרצויות שהם מגשימים... רבות נכתב על יתרונותיו של הסדר הטיעון ותפקידו הראוי, במקרים המתאימים, במסגרת האכיפה הפלילית .... על יתרונות אלה, המיטיבים הן עם הנאשם הן עם האינטרס הציבורי, עמד בית משפט זה כבר לפני שנים רבות. הנאשם, זוכה לוודאות באשר לסעיפי הרשעתו ועונשו, וכל זאת במסגרת הליך שהוא קצר באופן יחסי. בנוסף, האינטרס הציבורי מוגשם אף הוא, שכן הסדרי טיעון מאפשרים להגדיל את האכיפה ואת ההרשעה של עבריינים בחברה; מגשימים עקרונות של יעילות, ובכך מפנים משאבים של מערכות אכיפת החוק לטובת מטרות חשובות אחרות"
בפועל, כאשר בית המשפט בוחן את הסדר הטיעון, הוא בוחן את שקילת השיקולים על ידי התביעה, באמות מידה של סבירות, ומתערב רק במקום בו סבור בית המשפט כי נפל פגם מהותי בשיקולי התביעה (עניין פלוני המורחב בעמ' 611). על כן ככלל, ומתוך הקניית שיקול דעת רחב לתביעה, מכבד בית המשפט את הסדרי הטיעון.
מן, סדר דין פלילי-מנהלי, טוען כי בשל הלכות אלו, ההתערבות בהסדרי טיעון דומה להתערבות בשיקול הדעת המנהלי, ומצמצמת את הפיקוח השיפוטי על הסדרי הטיעון (עוד ראו לעניין זה רענן
גלעדי, דוקטרינת הביקורת המנהלית בפלילים, ספר אליהו מצא, 529 (אהרן ברק, אילה פרוקצ'יה, שרון חנס ורענן גלעדי, עורכים, תשע"ה-2015).