עוד ראוי להזכיר כי דבר ניכוי הכספים ואי הפקדתם אינו שנוי במחלוקת. כך נכתב בהכרעות החוב על ידי המנהלים המיוחדים: "במקביל, בתקופה שלפני הגשת הבקשה להקפאת הליכים, שררה אנדרלמוסיה כללית בעמותה, נתוני הנהלת חשבונות בעניין העובדים לא נאספו במלואם, ובמשך תקופה ארוכה העמותה כלל לא העבירה כספים שנוכו משכר העובדים לטובת קופות הגמל וביטוח לאומי" (סעיף 10, תחת הכותרת "עובדי המנהלה", המסמך צורף להודעת העובדת בבית הדין האזורי מיום 16.12.15).
67. לא זו אף זו: מהנספחים שצורפו לתצהירה של גב' בן-גיאת, שכיהנה כאמור כמנכ"לית המכון, עולה שהיא חזרה והתריעה בפני מר אפשטיין ומר חיים דוד כי כספי העובדים מנוכים אך לא מופקדים בקרנות (הודעת דוא"ל מיום 24.7.13 שנשלחה למר אפשטיין ומר חיים דוד; הודעת דוא"ל נוספת לשניהם מיום 11.8.13; תשובה ששלח לה מר חיים דוד באותו יום, בה ציין בין היתר כי "אני ויעקב לקחנו אחריות במכללה ויש לנו חזון... אבל אין לנו עדיין את הניסיון לייצר אותו ..."; הודעות דוא"ל נוספות מיום 22.1.14 ומיום 27.1.14 בהן כותבת גב' בן-גיאת למר אפשטיין כי לא הופקד עבורה דבר בקרן הפנסיה וקרן ההשתלמות מאז תחילת עבודתה ביום 2.4.13 למרות שהכספים נוכו ממשכורתה; והודעת תשובה של מר אפשטיין מיום 30.1.14 בה כתב כי "הנושא בבדיקה והטענות ייבדקו לגופן. מבדיקה שעשיתי עלה כי בימים אלו המכללה מקווה להסדיר את הנושא במלואו" (נספחים 1, 2, ו-7 לתצהיר גב' בן-גיאת)).
מתכתובות אלה עולה כי מר אפשטיין ומר חיים דוד היו מודעים לאי העברת הכספים (גם אם מודעות זו החלה בשלהי תקופת עבודתה של העובדת במכון) וגם היו הכתובת הרלוונטית לנושא במכון, כאשר בנושאים הכספיים (כך עולה מההתכתבות) סייע בנוסף גם אביו של חיים דוד - הרב שון. במקביל לכך הרושם המצטייר הוא כי אי העברת כספי הניכויים ליעדם נבעה בעיקר מהעדר מקורות כספיים בתקופה האחרונה לקיומו של המכון כגוף עצמאי נוכח היקף אדיר של חובות לגופים רבים, שברובם נוצרו ככל הידוע טרם הצטרפותם של המערערים להנהלת העמותה, ומ"אנדרלמוסיה כללית" ששררה אותה עת (בלשונם של המנהלים המיוחדים).
גם אם הדברים נעשו בשל הקושי להתמודד עם המשבר הכלכלי העצום שפקד את המכון (והדברים עולים בין היתר גם מהחלטת השופט מינץ בתיק הקפאת ההליכים, שפירטה את היקף החובות) - עדיין הייתה למנהלי העמותה יכולת בחירה, וכאשר בחרו במודע לנכות משכרה של המשיבה כספים שיועדו לצורך העברתם לקרן הפנסיה וקרן ההשתלמות ולהשאירם בכיסי העמותה לצורך שימוש בהם לכיסוי חובות העמותה לנושים אחרים - ביצעו הלכה למעשה שימוש מודע ופסול באישיותה המשפטית הנפרדת של העמותה באופן שיש בו לקפח את העובדת כנושה, ולו בהתייחס להפקדות שאמורות היו להתבצע בגינה לקרנות. אחריות ישירה לכך עולה מהמסמכים למר חיים דוד ומר אפשטיין, אליהם הופנו מכתביה של המנכ"לית בעניין ההפקדות לקופות ולקרנות כמי שניהלו אותה עת את העמותה, והם אף השיבו לה לגופן של פניותיה. על אף אזכור למעורבות גם מצדו של הרב שון בהיבטים הכספיים, לא שוכנענו שהובאו ראיות מספיקות המלמדות על מודעות ישירה גם מצדו להתנהלות העמותה בכל הנוגע לאי העברת כספי הניכויים ליעדם בתקופת עבודתה של המשיבה.