139. מטרתו של קנס הגירעון הקבוע בסעיף 191 בפקודה היא ליצור תמריץ להגשת דוח מלא המפרט את כלל ההכנסה, והתואם את הוראות הפקודה, באמצעות הרתעה מפני השמטת הכנסות (בדומה לתכליתו של סעיף 50 בחוק מס ערך מוסף, התשל"ו- 1975, המטיל כפל מס בנסיבות מסוימות), בעיקר מהטעם שהשומה מבוססת בראש ובראשונה על דיווחיו של הנישום, ובמרבית המקרים הדוח שהוגש הוא השומה הסופית, שעל פיה משולם המס.
140. השוואה בין סעיפים קטנים (ב), (ג) ו-(ג1) מלמדת שבעוד שלעניין סעיף קטן (ב) ברירת המחדל היא הטלת קנס הגירעון בשיעור 15%, ורק בהוכחת העדר רשלנות מטעם הנישום יבוטל הקנס, לעניין סעיפים קטנים (ג) ו- (ג1) מוטל על המנהל או על מי מטעמו להפעיל שיקול דעת לעניין הטלת קנס הגירעון: בענין סעיף קטן (ג), לשקול האם ישנם טעמים סבירים להאמין כי הגרעון נוצר במזיד ומתוך כוונת הנישום להתחמק מתשלום מס; ולעניין סעיף קטן (ג1) לבחון האם מתקיימים התנאים המנויים בסעיף להטלת קנס גירעון בשיעור של 30%.
141. כפי שבואר בע"א 1134/11 ר. מ. שביט מבנים חברה לבנין השקעות ופיתוח בע"מ נ' פקיד שומה באר שבע (מיום 12.5.2013)(להלן- "פרשת שביט"), שניים הם התנאים להטלת קנס גירעון בהתאם להוראות סעיף 191 (ב) בפקודה: האחד, שהגירעון עולה על 50% מהמס שהנישום חייב בו; השני, שהנישום לא הוכיח להנחת דעתו של פקיד השומה שהוא לא התרשל בהכנת הדוח. בית המשפט הזכיר בפרשת שביט את מבחן הכנות ותום הלב שנקבע בע"א 285/70 פקיד השומה תל אביב 4 נ' ליכטנשטיין, פ"ד כה (1) 155 (1971), וכן את פסיקת בתי המשפט המחוזי שלפיה יוטל קנס גירעון ככל שנישום אינו מספק ראיה או הסבר מניח את הדעת לפגמים שנמצאו בדיווחיו, וכאשר משקלם המצטבר של הליקויים הוא משמעותי; או כאשר אופן הדיווח מעלה תמונה של פגמים המעידים על חוסר תשומת לב ראויה, גם אם חלק מטענות הנישום התקבלו על ידי בית המשפט. עוד הזכיר בית המשפט כי אין באי פסילת ספרים כדי לקבוע שהנישום לא התרשל.
142. בענייננו התעלמה יינות ביתן מהוראות הפקודה ומההלכה הפסוקה, הן באשר לנפקותם של כללי החשבונאות לעניין קביעת המס, הן באשר ליישום הוראות הפקודה השוללות ניכוי הוצאות הוניות והוצאות בעד פחת לנכס שלא נקבע כנכס בר- פחת. מדובר ברשלנות, לכל הפחות, ובכול מקרה לא הוכח על ידי יינות ביתן שלא מדובר ברשלנות מצדה. נוכח ההתעלמות מדיני המס לא התרשמתי כי מדובר בתום לב. פקיד השומה היה רשאי לשקול בנסיבות כגון אלו הטלת קנס גירעון בשיעור גבוה משיעור "ברירת המחדל" הקבועה בסעיף קטן (ב), במיוחד בשים לב לתיקונים שנעשו בפקודה לשם הרחבת ההרתעה והעמקת השימוש בקנס הגירעון, ואולם משהסתפק כאמור בקנס גירעון בשיעור 15%, וקבע שקנס בשיעור גבוה יותר יוטל רק בנסיבות שבהן יקבע בית המשפט כי מדובר בעסקה מלאכותית שיש להתעלם ממנה, אין מקום לשנות מהשיעור שקבע פקיד השומה, ולפיכך יוטל קנס גירעון בשיעור של 15% בלבד.