האחידות החשבונאית, במסגרתה ביטוי חשבונאי זהה משמש בכל המסגרות, אינה משרתת בהכרח את כל התחומים המשפטיים הנסמכים על תוצרי החשבונאות... אכן ככלל, הפקודה מקבלת את כללי החשבונאות הרגילים המקובלים בעולם המסחר, שרואי החשבון סומכים את ידם עליהם ("הלכת העקיבה") (ראו: ע"א 494/87 חברת קבוצת השומרים שמירה ובטחון בע"מ נ' פקיד השומה למפעלים גדולים, פ"מ מו(4), 795, 800 (1992)...; אמנון רפאל ושלומי לזר מס הכנסה – כרך ראשון 786-785 (2009, מהדורה רביעית)). ברם אלה אינם תמיד עולים בקנה אחד עם מדיניות המס של המחוקק המשתקפת בפקודה. לא פעם אפוא, נפרדות הדרכים. או אז דיני המס "גוברים" על כללי הרישום החשבונאי (עניין קבוצת השומרים, 800; ע"א 6557/01 פז גז חברה לשיווק בע"מ נ' פקיד שומה למפעלים גדולים, פ"ד סא (3) 413, 447 (2006); ע"א 3348/97 פקיד שומה למפעלים גדולים נ' דיקלה חברה לניהול קרנות נאמנות בע"מ, פ"ד נו(1) 1, 9 (2001)). הטעם לכך הוא ש"כללי החשבונאות של ראיית החשבון מטרתם פנימה – לשקף את פעילות העסק ואת מצבו הפינאנסי, למען הנישום עצמו, כדי שיידע היכן הוא עומד ואיך לכלכל את עסקו, מה שדרוש לו ללא קשר עם חובת מס הכנסה. לעומת זאת, חשבונאות לצורך מס מטרתה חוצה כלפי שלטונות המס, על-מנת שיוכלו לקבוע את ההכנסה החייבת"...
56. ההבחנה בין כללי המס לבין כללי החשבונאות הוכרה כאמור זה מכבר בפסיקה, ואינה הלכה חדשה שנקבעה בפרשת קניון דרורים. בע"א 3348/97 פשמ"ג נ' דקלה חברה לניהול קרנות נאמנות בע"מ, פ"ד נו(1)1, 8-9 (2001)), הדגיש בית המשפט העליון -
"ניהול החשבונות של הנישום מתבצע על-פי כללי החשבונאות המקובלים בעולם המסחר. כללי החשבונאות משקפים את פעילות העסק ואת מצבו הפיננסי של הנישום, אולם לצד ניהול החשבונות הרגיל מתבצעת חשבונאות לצורך מס כדי לקבוע את ההכנסה החייבת של הנישום. מערכת הדיווח לצורכי מס שונה באופן משמעותי ממערכת הדוח הפיננסי... לכן הדיווח לצורכי מס אינו תואם תמיד את עקרונות החשבונאות המקובלים אצל רואי-חשבון. ...מערכת כללי המס שונה מהחשבונאות המקובלת אצל רואי-החשבון, בייחוד כאשר קיים חשש פן משלמי-המס ינצלו עקרונות חשבונאיים לשם הקטנת סכום ההכנסה החייבת במס או לשם דחיית תשלום המס. ...מובן שבמקרה של אי-התאמה הוראות דיני המסים גוברות על כללי הרישום החשבונאי..."
57. ההלכה הפסוקה אף עמדה במפורש על הפער הקיים בין הפחת החשבונאי לבין הפחת לצרכי מס, הבחנה הרלוונטית במיוחד לענייננו. כך למשל בע"א 5321/98 איווסט אימפקס בע"מ נ' פקיד שומה תל אביב 1, פ"ד נח (2) 241, 248-249 (2003) (להלן- "פרשת אינווסט"), הדגיש כב' השופט א' ריבלין (כתוארו אז), לעניין מוניטין כי למרות שעל פי כללי חשבונאות מקובלים ניתן היה בעבר להפחית מוניטין, לא רשאי היה הרוכש להפחית את המוניטין לצרכי מס, כל עוד לא קבעה הפקודה את המוניטין כנכס בר- פחת-