ראשית, למרות שלכאורה המדובר בכלל המשקף התייחסות מעצימה למוסד המשפחה, ומתייחס אליה כקהילה שיתופית בה "אחד למען כולם וכולם למען אחד", הרי שלמעשה זהו כלל אשר לרוב פוגע במוסד המשפחה, שכן במקרים רבים הוא מגדיל את נטל המס המוטל עליה. בספרות מקובל להתייחס על כן לכלל היחידה המשפחתית כדוגמא מובהקת ל-"קנס נישואין" ("marriage penalty"), דהיינו כהטלת סנקציה על בני זוג הבוחרים לגור יחדיו, ולגדל יחדיו את ילדיהם (Boris I. Bittker, “Federal Income Taxation and the Family,” 27 STANFORD LAW REVIEW 1389 (1975); Wendy Gerzog, "The Marriage Penalty: The Working Couple's Dilemma", 47 FORDHAM L. REV. 27 (1978) (להלן: Gerzog);EDWARED J. MCCAFFERY, TAXING WOMAN – HOW THE MARRIAGE PENALTY AFFECTS YOUR TAXES (1997); James Alm, Stacy Dickert Conlin & Leslie Whittington, "Policy Watch: The Marriage Penalty", 13 J. ECON. PERSPECT. 193, 194 (1999)). כך, למשל, ההסדר לפיו על הכנסות בני זוג מוטל מס הכנסה כאילו היו יחידה אחת, משמעו הטלת שיעורי מס גבוהים יותר על ההכנסה המשותפת, וזאת בשל כך שלו היו נישומים כבודדים היה כל אחד משני בני הזוג נהנה ממדרגות המס הנמוכות (קרי, הם נהנים מהן פעמיים), ואילו כיחידה אחת הם נהנים ממדרגות מס נמוכות רק פעם אחת; בדומה, ראיית בני הזוג כיחידה אחת לעניין הפטורים מתשלום מס שבח, וההקלות בתשלום מס רכישה, משמעה כי חלף קבלת ההטבות האמורות פעמיים (פעם אחת על ידי כל אחד מבני הזוג), זוכה המשפחה בהטבה רק פעם אחת – דהיינו, עם הנישואין אובדת לבני הזוג זכאות אחת לפטור או להקלה.
שנית, על אף שמבחינת ניסוחו כלל היחידה המשפחתית הוא ניטראלי מבחינה מגדרית, הרי שהצירוף בינו לבין המציאות החברתית עלול להביא לפגיעה מגדרית ברורה. כך, למשל, בהינתן שברוב המשפחות בישראל, הגבר הוא המפרנס העיקרי, ראיית בני הזוג כיחידה אחת לצרכי מס הכנסה, משמעה כי התוספת שתיווסף להכנסת המשפחה מיציאת האישה לעבודה תהיה נמוכה יותר (שכן תחויב על פי מדרגות מס גבוהות יותר, בהשוואה למדרגות המס בהן הייתה מחויבת אילו הייתה רווקה), והדבר עלול להביא, בנוסף להגדלת נטל המס הכולל המוטל על התא המשפחתי, ליצירת תמריץ שלילי לשילובן של נשים בשוק העבודה (ראו: Gerzog, בעמ' 36).
4. בשל השלכותיו השליליות, ניכרת במהלך השנים מגמה של צמצום כלל היחידה המשפחתית. כך בדיני מס הכנסה, בו הורחבה עד מאד הזכות של בני זוג לתחשיב מס נפרד; כך, בדיני מיסוי מקרקעין, בו ריככה הפסיקה, כפי שיוצג להלן, את כלל היחידה המשפחתית (לדיון במגמה הכללית ראו תמיר שאנן "מיסוי משפחות בישראל במאה ה-21" ספר יורם דנציגר 713, 725-721 (לימור זר-גוטמן ועידו באום עורכים, 2019) (להלן: שאנן)). עם זאת, כלל היחידה המשפחתית עודנו חלק מספר החוקים בישראל, ובמיוחד הוא מכביד את עולו בהקשר בו עסקינן – תחולת הפטורים וההקלות במס שבח ובמס רכישה.