לצד זאת, קבע המחוקק בחוק המחשבים הוראות ייחודיות באשר לאופן בו ניתן לערוך חיפוש במחשב לצרכי חקירה פלילית, שתכליתן לאזן בין הפגיעה בפרטיות הכרוכה בכך, לבין הערך הראייתי הלכאורי שניתן להפיק מהחיפוש. זאת, באמצעות תיקון עקיף לפקודת החיפוש, במסגרתו נוסף לפקודה סעיף 23א, אשר נוסח תחילה כך:
")א) חדירה לחומר מחשב וכן הפקת פלט תוך חדירה כאמור, יראו אותן כחיפוש וייעשו על-ידי בעל תפקיד המיומן לביצוע פעולות כאמור; לענין זה, "חדירה לחומר מחשב" - כמשמעותה בסעיף 4 לחוק המחשבים, תשנ"ה-1995.
(ב) על אף הוראות פרק זה, לא ייערך חיפוש כאמור בסעיף קטן (א), אלא על-פי צו של שופט לפי סעיף 23, המציין במפורש את ההיתר לחדור לחומר מחשב או להפיק פלט, לפי הענין, ואת תנאי החיפוש ומטרותיו.
(ג) קבלת מידע מתקשורת בין מחשבים אגב חיפוש לפי סעיף זה לא תיחשב כהאזנת סתר לפי חוק האזנת סתר, תשל"ט-1979."
סעיף 23 לפקודת החיפוש, אליו מפנה כאמור סעיף 23א לפקודה זו, עוסק בתנאים למתן צו חיפוש בחצרים, ומורה:
"רשאי שופט ליתן צו לערוך חיפוש בכל בית או מקום (להלן - צו חיפוש) אם -
(1) החיפוש בו נחוץ כדי להבטיח הצגת חפץ לצורך כל חקירה, משפט או הליך אחר;
(2) יש לשופט יסוד להניח שהוא משמש להחסנתו או למכירתו של חפץ גנוב, או שנשמר בו או מוחסן בו חפץ שנעברה בו או לגביו עבירה, או ששימש, או מתכוונים להשתמש בו, למטרה לא-חוקית;
(3) יש לשופט יסוד להניח שנעברה עבירה או שמתכוונים לעבור עבירה נגד אדם הנמצא בו."
בכך, קבע המחוקק תחילה כי הדרישות למתן צו חיפוש במחשב תהיינה זהות בעיקרן לאלו הדרושות למתן צו חיפוש בחצרים, ואִפְשֵׁר ביצוע חיפוש במחשבים שנתפסו במקומות שלגביהם ניתן צו חיפוש - ובלבד שצוין במפורש על גבי הצו כי החיפוש יבוצע גם במחשב, וכן תנאי החיפוש ומטרותיו.
- סעיף זה תוקן במסגרת חוק לתיקון פקודת סדר הדין הפלילי (מעצר וחיפוש) (תיקון מס' 12) (חיפוש ותפיסת מחשב), התשס״ה-2005. הטעם לתיקון, כעולה מדברי ההסבר להצעת החוק, היה כי לאור השימוש ההולך וגובר במחשבים והפגיעה הייחודית בפרטיות הכרוכה בחיפוש בהם, יש לערוך איזון שונה עת מתבקש צו חיפוש במחשב, בהשוואה לצו חיפוש בחצרים:
"לפי סעיף 23א לפקודה בנוסחו כיום [עובר לתיקון - י' א'], בכדי לבצע חיפוש במחשב יש צורך בצו של שופט המתיר זאת במפורש. על הצו לציין את ההיתר לחדור לחומר מחשב או להפיק פלט, ואת תנאי החיפוש ומטרותיו. בפועל, בית המשפט בהוציאו צווי חיפוש ממלא טקסט אחיד המקנה למשטרה סמכות לערוך חיפוש ולתפוס כל מסמך או הפץ הדרוש לחקירה, לרבות מחשב וחומר מחשב. מוצע לקבוע כי על בית המשפט לפרט את מטרות החיפוש ואת תנאיו, תוך הנחיה ברורה כי בצווי חיפוש הנוגעים למחשב וחומר מחשב, על בית המשפט לשקול באופן מיוחד את הפגיעה בפרטיותו של התופס במחשב וצדדים נוספים" (דברי ההסבר להצעת חוק לתיקון פקודת סדר הדין הפלילי(מעצר וחיפוש) (מס׳ 11) (חיפוש ותפיסת חומר מחשב), התשס״ה-2005, ה"ח הכנסת 149,150); ההדגשה הוספה - י' א').