48. האמור באומדן מקים חזקה שהוא מבטא את ערכה הנכון של ההתקשרות, אולם מדובר בחזקה שאינה חלוטה. ועדת המכרזים, אף לאחר פתיחת תיבת המכרזים, רשאית לשנות מן האמור באומדן. לדוגמא, מקום שכל ההצעות גבוהות באופן משמעותי מן האומדן, עשוי הדבר לבסס טענה בדבר אי סבירות האומדן, ומקום שוועדת המכרזים מגיעה על-פי חוות דעת מקצועית כי האומדן אינו מבוסס, רשאית היא לשנות מתנאיו (דקל, בעמ' 386).
בעניין בוני בניין נדרש בית המשפט העליון לשאלת התערבות ועדת המכרזים באומדן לאחר חשיפת ההצעות. בית המשפט העליון לא שלל את האפשרות להתערב באומדן אולם הציב תנאים לכך:
"שהרי האומדן יכול וצריך לשמש כבסיס לדחיית ההצעות הגבוהות במידה ניכרת מהאמור בו (...) אם תאמר, שבכל מקרה של סטייה ניכרת מהאומדן נשמט הבסיס מתחת לאומדן, הרי בכך תרוקן מתוכן את השימוש בו. יחד עם זאת, ייתכנו מקרים, בהם פער מחירים ניכר, בשילוב עם גורמים ונסיבות אחרים, צריך לעורר ספק באשר לאמינות האומדן, ואז אכן מחויבת ועדת המכרזים לבדוק את סבירותו. בדיקה זו יכולה להיעשות, למשל, על-ידי הזמנת אומדן נוסף מבעל מקצוע אחר, בלתי תלוי".
49. כלל נוסף חשוב לענייננו, כי פסילת הצעה גרעונית היא עניין המצוי בשיקול דעתה של ועדת המכרזים. בסמכות ועדת המכרזים לפסול הצעה גרעונית, בשל הסכנות הטמונות בהצעה כזו, ובין היתר הסיכון שמא המציע לא יצליח לקיים את חיוביו במכרז, או שהשירות שיינתן לרשות יהיה ברמה ירודה. סיבה אחרת המצדיקה פסילת הצעה גרעונית, היא החשש מפגיעה בתחרות. לעניין ההיגיון שבבסיס פסילת הצעה גרעונית קבע בית המשפט העליון בעע"מ 3499/08 רון עבודות עפר ייזום ופיתוח בע"מ נ' ועדת המכרזים - עיריית עפולה, פסקה 19 [פורסם בנבו] (18.01.2009) (להלן: "עניין עיריית עפולה"):
"אכן, מקום שבו נוטל על עצמו המציע סיכון בלתי סביר וההפסד הצפוי לו הוא משמעותי ועלול לסכן את המשך עסקיו או להוביל למצב שבו לא יוכל לעמוד בהתחייבויותיו על פי המכרז, עלול הדבר לפגוע באינטרסים של הרשות עורכת המכרז ובאינטרס הציבור שעליו היא מופקדת בשל ביצוע ירוד של התחייבויותיו או בשל הפרתן המוחלטת. חשש נוסף הקיים בהקשר זה נוגע לריבוי תביעות והתדיינויות משפטיות אשר תידרשנה נוכח הפרת החוזה שנקשר בעקבות המכרז, על כל העלויות הכרוכות בכך מבחינת הקופה הציבורית (ראו דקל ב', 123). בעיה קשה נוספת העלולה להתעורר עקב זכייה של הצעת הפסד במכרז נוגעת להפרת החובות הקבועות בדין לעניין השמירה על זכויותיהם הסוציאליות של עובדים, במיוחד (אך לא רק) מקום שבו מדובר במכרז לאספקת שירותים עתירי כוח אדם".