17. כב' השופט מלצר עמד בהרחבה גם על סוגיות נוספות שעלו בבקשה לקיום משפט חוזר, שאת חלקן הגדול דחה, ומצא את הסוגיות הבאות - הימצאות דם המנוחה בתא השירותים השלישי, עקבות הנעליים הזרות על מכסה האסלה, על מיכל ההדחה ועל הקיר המפריד בין תא השירותים השני ובין התא השלישי וכן את ראיית הדנ"א המיטוכונדריאלי משערה שנמצאה על גופה של המנוחה- ככאלה שראויות להתברר במסגרת המשפט החוזר שעליו הורה כאמור.
עם זאת, בסיפא להחלטה לא הגביל כב' השופט מלצר את הערכאה המבררת רק לסוגיות אותן מצא כעילה למשפט חוזר.
ג. כתב האישום המתוקן
18. כתב האישום המתוקן, מייחס אף הוא לנאשם עבירת רצח ועבירה של שיבוש מהלכי משפט. כתב האישום המתוקן כולל שינויים ניסוחיים מינוריים בפרק העובדות, בהשוואה לכתב האישום המקורי. כמו כן, עבירת הרצח המיוחסת לנאשם בכתב האישום המתוקן, היא על פי הוראות הדין החדש החל- רצח בנסיבות מחמירות לפי סעיף 301א(7) ו- (8) לחוק העונשין, תשל"ז-1977 בשונה מהוראת החיקוק שיוחסה לנאשם בכתב האישום המקורי (הוראת סעיף 300(א)(2) לחוק על פי הדין הקודם).
19. על פי המפורט בכתב האישום המתוקן (להלן: "כתב האישום"), הנאשם, בעל אזרחות אוקראינית, הנשוי לישראלית, התגורר, במועדים הרלוונטיים לכתב האישום, עם משפחתו בקצרין ועבד בעבודות שיפוץ שונות אצל הקבלן אלי דעי.
20. במהלך חודש נובמבר 2006 ועד ליום 6.12.06, יום הרצח, עבד הנאשם בריצוף מקלטים בבית הספר בו למדה כאמור המנוחה. לצורך עבודתו נשא הנאשם, דרך קבע, סכין חיתוך יפנית בנרתיק על מותניו (להלן: "הסכין").
21. המנוחה, תאיר ראדה ז"ל, ילידת 4.1.1993, הייתה במועדים הרלוונטיים תלמידת כיתה ח' בבית הספר. ביום הרצח, הגיעה המנוחה ללימודיה בבית הספר כרגיל. על פי מערכת שעות הלימודים, שני השיעורים האחרונים של המנוחה לאותו יום, השישי והשביעי, היו שיעורי תיאטרון. בתום השיעור השישי המסתיים בשעה 12:50, יצאה המנוחה להפסקה שהייתה אמורה להסתיים בשעה 13:05, ברם לאחר ההפסקה, החליטה המנוחה לא לשוב לכיתה לשיעור השביעי. במקום זאת, ישבה המנוחה יחד עם אחדים מחבריה ונערים נוספים, בפרגולה המצויה בחצר בית הספר בסמוך לכניסה הראשית.
22. סמוך לשעה 13:30אמרה המנוחה לחברתה, שי יפרח, כי ברצונה לשתות מים, עזבה את הפרגולה ונכנסה למבנה בית הספר. המנוחה עלתה במדרגות המובילות מרחבת הכניסה אל הקומה השנייה, שם מצויים שירותי הבנות.
סמוך לכך, יצא הנאשם מהמקלט בו עבד, אל תוך חלל מבנה בית הספר בסמוך למדרגות בהן עלתה המנוחה. הנאשם הבחין במנוחה ונכנס בעקבותיה לשירותים.
המנוחה נכנסה אל תא השירותים השני מכיוון הכניסה (להלן: "התא"). הנאשם בא בעקבותיה, כאשר בליבו גמלה ההחלטה להמיתה.
המנוחה נעמדה כשפניה אל הדופן הימנית של התא וניסתה לסגור את דלת התא, ברם, הנאשם מנע זאת ממנה, שלף את הסכין, הניף אותה ושיסף את גרונה של המנוחה.
בהמשך, חתך הנאשם את המנוחה, באמצעות הסכין פעם נוספת בצווארה, וכן פצע אותה בחזה, בפניה ובידיה, כשהמנוחה במהלך פגיעותיו בה כאמור, ניסתה להגן על עצמה.