המציעים נדרשו להגיש את הצעותיהם בשתי מעטפות נפרדות, אחת הכוללת את כל מסמכי ההצעה למעט ההצעה הכספית, ושנייה הכוללת את ההצעה הכספית (סעיף 25 להוראות המכרז). התכנית העסקית הייתה אמורה להיות מוגשת במסגרת המעטפה הראשונה, ואכן כך פעלה העותרת. בתנאי המכרז נקבע, כי לעת בדיקת ההצעות תיפתח תחילה המעטפה הראשונה ויינתן ניקוד להצעה מבחינת האיכות, לאחר מכן תיפתח מעטפת ההצעה הכספית שגם לה יינתן ניקוד, ולבסוף לאחר שקלול של ניקוד ההצעה בהיבט האיכות ובהיבט הכספי ייקבע הציון הסופי המשוקלל של כל הצעה והצעה. בסעיף 28.2 להוראות המכרז נקבע, כי משקלה של ההצעה הכספית בציון הכולל יהיה 52 מתוך 100 נקודות, וכי לאיכות ההצעה יינתן משקל של 48 נקודות, זאת לפי החלוקה הבאה - 18 נקודות בגין ניסיון העבר של המציע, 16 נקודות בגין ההצעה התפעולית שלו, 9 נקודות בגין התכנית העסקית, ו-5 נקודות בגין פרמטר שעניינו "שיעור בקרת גבייה".
במסגרת המכרז הוגשו הצעותיהן של העותרת ושל המשיבות 7-2. התוכניות העסקיות של המציעים, אשר נכללו במעטפה הראשונה שהגישו, נבחנו על ידי "ועדת משנה כלכלית" שמונתה לצורך כך על ידי ועדת המכרזים. בבדיקת ועדת המשנה הכלכלית (פרוטוקול ועדת המשנה צורף כנספח 11 לעתירה), התברר כי בתכנית העסקית שלה נקבה העותרת במסגרת הסעיף שכותרתו בצ"מ בסכום של 40.27 מיליון ₪, וכי בסעיף שכותרתו "הוצאות אחרות ודמי ניהול" נקבה העותרת בסכום גבוה מאוד של 144.5 מיליון ₪ לאורך 10 שנים, מבלי שהיא ספקה הסבר כלשהו לסכום הגבוה. בשלב זה של בדיקת מסמכי המכרז טרם נפתחה המעטפה השנייה שכללה את ההצעה הכספית, ולכן ועדת המשנה לא ידעה להסביר מה פשר הסכום הגבוה בו נקבה המציעה בסעיף ההוצאות. כיוון שכך, ובהתאם לכללי המכרז, הופחתה בגין הסכום המופרז חצי נקודה מהציון שקבלה העותרת בגין ההצעה העסקית. אחר הדברים האלה, נפתחה המעטפה הכספית של העותרת, והסתבר כי העותרת הציעה לשלם למשרד התחבורה תמלוגים בסכום של 144 מיליון ₪. משנחשף נתון זה התבררו העובדות שלהלן. ראשית, התברר כי בניגוד גמור להוראת סעיף 1.7 לנספח ט"ז סכום הבצ"מ בו נקבה העותרת בתכנית העסקית נמוך בהרבה מסכום התמלוגים בו היא נקבה בהצעה הכספית. ושנית, התברר כי בניגוד להנחיות שבסעיף 1.7 האמור, את סכום התמלוגים כללה העותרת, ככל הנראה, בתכניתה העסקית תחת הרכיב של "הוצאות אחרות ודמי ניהול", ולא תחת הרכיב של "בצ"מ ורווח נדרש" (פרוטוקול ועדת המכרזים מיום 24.5.23 - נספח 12 לעתירה). כיוון שכך, החליטה הועדה: "לעצור את המשך ההליך המכרזי... עד לבחינת משמעות הגשת ההצעה כפי שהוצעה על ידי יוערעור משפחה הוועדה". בהמשך לכך, ביום 28.5.23 החליטה וועדת המכרזים כי: