"עולה חשש לפגם מהותי שיש בו לשקף פגיעה בשוויון בין המציעים ובתקינות ההליך התחרותי.... נוכח חשש זה יש לקיים לחברה שימוע בכתב קודם החלטה על פסילתה של ההצעה..."
(נספח 13 לעתירה).
בעקבות ההחלטה מסרה העותרת את תגובתה בכתב (נספח 17 לעתירה). בתגובתה אישרה העותרת כי נפל פגם בהצעתה בכך ש: "סכום התמלוגים למדינה שבקשה נהור לכלול במסגרת הצעתה, הובא לידי ביטוי תחת הרכיב "אחרות+דמי ניהול". בהתאמה עלויות המימון בגין תמלוגים אלה הובאו לידי ביטוי תחת "הוצאות מימון". בעוד שהן התמלוגים והן עלויות המימון בגינם, היו אמורים להיכלל תחת הרכיב "רווח נדרש, מקדמי סיכון ובלתי צפוי מראש (בצ"מ)". העותרת טענה כי מדובר בטעות טכנית לחלוטין, אשר נעשתה בתום לב מוחלט. העותרת הבהירה בתגובתה כי תיקון הטעות הטכנית יביא לתוצאה לפיה רכיב הבצ"מ בתכנית העסקית יעמוד על סכום של "239,213 מיליון ₪" - כלשון העותרת בסעיף 8 לתגובתה. יוער כי גם כאן נפלה טעות מצד העותרת, שמן הסתם התכוונה לכך שרכיב הבצ"מ יעמוד על סכום של 239.213 מיליון ₪ (וראו אותן טעויות גם בסעיף 13 לתגובתה של העותרת).
ביום 12.6.23 החליטה וועדת המכרזים לפסול את הצעת העותרת ולהכריז על המשיבה 2 כזוכה במכרז. בהחלטתה קבעה וועדת המכרזים כי השאלה הניצבת לפניה היא שאלה משפטית - האם הפגם בהצעת העותרת הוא פגם מהותי או טכני? הוועדה קבעה כי מדובר בפגם מהותי העלול להשפיע על השוויון ועל התחרות במכרז, זאת כיוון שרישום התמלוגים תחת סעיף "הוצאות אחרות" ולא תחת סעיף "בצ"מ" משפיע על חישוב ציוני יתר המשתתפים במכרז. כאן המקום להסביר, כי על פי תנאי המכרז במסגרת בדיקת ההצעות ומתן הציון לכל הצעה, נבדקת "עלות ההפעלה לק"מ" בכל אחת מההצעות. עלות זו נקבעת על ידי חלוקת סך הוצאות ההפעלה של המציע כמפורט בתוכנית העסקית שלו, ללא רכיבי הבצ"מ והרווח, בסך הקילומטרים שנקבע במכרז. את התוצאה המתקבלת משווה ועדת המכרזים אל מול ממוצע עלות ההפעלה לק"מ של יתר ההצעות במכרז, וככל שעלות ההפעלה לק"מ שהציע המציע סוטה מהממוצע יש לדבר השפעה שלילית על הציון שיקבל אותו מציע בגין הצעתו. יוצא אפוא, שרישום התמלוגים לא תחת סעיף הבצ"מ משפיע על חישוב ממוצע עלות ההפעלה לק"מ שביחס אליו נקבעים ציוני יתר המציעים במכרז. הוועדה גם ציינה בהחלטתה, כי היא נותנת משקל לעובדה שהפגם בהצעת העותרת נפל דווקא בהצעתה הכספית, לה ניתן משקל רב (52%) במסגרת בחינת ההצעות במכרז. הוועדה הוסיפה וקבעה, כי כיוון שמדובר בפגם מהותי הרי שאין חשיבות לשאלה האם מדובר בפגם שנפל בהצעת העותרת בשל חוסר תום לב או שמדובר בפגם שנפל בתום לב. לנוכח העובדה שהפגם הוא פגם מהותי, ולנוכח מרכזיות משקלה של ההצעה הכספית במכרז, החליטה הוועדה שאין מקום לאפשר את תיקון הפגם.