גישה זו זכתה לביקורת (ראו למשל את מאמרו של יהושע ויסמן "התיישנות והמדינה" משפטים יד 3, 8 (תשמ"ד-תשמ"ה); כן ראו את ניתוח הדברים אצל חבקין, בעמ' 435). ומכל מקום אין היא נוהגת כיום (ברק-ארז, בעמ' 153-152; חבקין, שם). אף על פי כן, במקרים מסוימים ייתכן ועדיין יהיה מוצדק למנוע מהרשויות לטעון להתיישנות. לדוגמה, בהנחיות פרקליט המדינה נקבע כי יש להימנע מלהעלותן "רק בהתקיים נסיבות מיוחדות שבהן אין זה ראוי למדינה לטעון או לעמוד על טענת התיישנות" ("טענת התיישנות" הנחיות פרקליט המדינה 16.8 (התשנ"ד), בפסקה 6).
מכל מקום, בעניין נסייר עמד בית המשפט העליון על השינוי שחל בגישה, וקבע כי הטעמים שעומדים בבסיס מוסד ההתיישנות - יפים גם לגבי הרשות המנהלית:
רשויות המדינה רשאיות להעלות טענת התיישנות כדי לחסום תביעות המוגשות נגדן על ידי האזרח (ראו סעיף 28 לחוק ההתיישנות). בעבר, שררה אי נוחות אל מול שימוש של המדינה בטענה דיונית זו, ועל כן הנחה היועץ המשפטי לממשלה כי לא תעלה המדינה טענת התיישנות ללא אישורו. לימים, נהפך הכלל. כיום, הימנעות מהעלאתה של טענת התיישנות טעונה אישור של פרקליט מחוז [...]. ביסוד השינוי עמדו כמסתבר, שינוי בהשקפה לגבי מעמדה של המדינה בהליכים אזרחיים וכן ההבנה כי הטעמים העומדים בבסיסו של מוסד ההתיישנות יפים הם גם כאשר הרשות היא הנתבעת [...]. כלומר, היותו של נתבע רשות מינהלית, אף כי אפשר שיספק הצדקה להטיל עליו חובות מוגברות מסוימות, אינו עילה למנוע ממנו שימוש בטענת ההתיישנות" (שם, בפסקה 36 [ההדגשות הוספו]).
ראו גם בתיק בית דין גבוה לצדק 2825/04 בארד נ' היועץ המשפטי לממשלה, בפסקה 5 לפסק הדין של כב' השופט, כתוארו אז, גרוניס (פורסם במאגרים; 2005); חבקין, בעמודים 437-436.
ההלכה השולטת כיום בכיפה היא שהמדינה רשאית להעלות טענת התיישנות כמו כל מתדיין פרטי אחר. הריסון העצמי שהופגן צומצם ופינה את מקומו לגישה שמכירה בחשיבות ההתיישנות בהגנה על אינטרסים ציבוריים וקידומם (גלעד, בעמ' 138-137).
- ועדיין, אחרי כל אלה, תתקיימנה נסיבות שבהן לחובת ההגינות המוטלת על המדינה תהיה משמעות גם במישור דיני ההתיישנות. כך, בקשות עירייה אחרות 5008/16 המוסד לביטוח לאומי נ' מגן דוד אדום לישראל (פורסם במאגרים; 2018) (להלן: עניין מד״א), אליו מפנה גם אבן וסיד, מציין כב' השופט מינץ כי על הרשות השלטונית "בבואה לטעון טענת התיישנות בהליך אזרחי, לבחון האם העלאת טענה זו עולה בקנה אחד עם חובות ההגינות והסבירות המוטלות עליה כרשות מנהלית" (שם, בפסקה 33 לפסק דינו).
בעניין מד״א התקיימו נסיבות חריגות, במובן זה שהמוסד לביטוח לאומי הורה לפונים אליו להמתין עד למועד מסוים. "לא ניתן אפוא להלום מצב דברים שבו המל"ל מבקש מציבור המעסיקים להמתין לפיתוחה של המערכת ולאחר מכן מבקש לעשות שימוש בחלוף הזמן - שנבע, בין השאר, ממעשי המל"ל עצמו - על מנת להעלות טענת התיישנות" (שם, בפסקה 34).