הטכניון טען כי יש להחיל על המבקש את הכלל המשפטי, הקובע מניעות מהעלאת טענה נגד מי שקיבל על עצמו את הכללים ונהג על-פיהם, וכאשר הטענה מועלית רק לאחר שלא עמד בתנאים (בדומה למי שלא זכה במכרז ומעלה באיחור טענות כלפי תנאי המכרז).
- הטכניון טען כי הקריטריון הרלוונטי בקטלוג הלימודים מצוי בליבת שיקול-הדעת האקדמי, וכי יש משמעות למעבר קורסי חובה ברישום ראשון, כך שבוגר תואר MD יהא כזה שלא נזקק לחזור על יותר משני קורסים במהלך תקופת לימודיו לתואר, שכן מקצוע הרפואה מתאפיין בכך שבקיאותו של הרופא צריכה להיות בזמן הנכון, ורופאים הזקוקים בחייהם המקצועיים למקצה שיפורים, עלולים לעשות טעויות שיעלו בחיי אדם.
הטכניון טען כי ככל מוסד אקדמי, הוא חופשי לקבוע את תנאיו האקדמיים, ואלה אינם יכולים להוות נושא לדיון בבית-המשפט.
בכל הקשור לתקנונים של אוניברסיטאות אחרות, נטען על-ידי הטכניון כי לא ניתן לבור תנאי בודד אחד מתקנון לימודים ולהשוותו לתקנון הטכניון, ומתוך כך ללמוד על סבירותו, שכן יש לבחון את התקנון במלואו, ובכל מוסד אקדמי יש תנאים שעשויים להיראות כבלתי סבירים, אם מוציאים אותם מהקשרם וממכלול תנאי התקנון.
- הטכניון טען כי פעל בהגינות ובשוויון, וכי הדוגמאות שהביא המבקש אינן מצביעות על מקרים דומים למצבו, והמבקש לא הביא דוגמא של סטודנט אחר שלא הופסקו לימודיו לאחר שלושה נכשלים ברישום ראשון.
בהקשר לכך טען הטכניון כי עניינו של המבקש שונה בתכלית מהמקרה שהוזכר על-ידי המבקש בתמיכה לטענותיו - ה"פ (תל אביב - יפו) 269/06 אוסידון נ' המכללה האקדמית [פורסם בנבו] (15/6/06) (להלן: "עניין אוסידון"), שכן שם הוכח כי המכללה החילה סעיף הפסקת לימודים, באופן סלקטיבי, מבלי שהיה שוני בנסיבות העניין ובלא טעם אקדמי.
בכל הקשור בעבירות משמעת, טען הטכניון כי עבירות משמעת מטופלות בהתאם לתקנוני המשמעת ולא במישור האקדמי, וגם העונשים המוטלים בגין עבירות משמעת עשויים להגיע להרחקה מהלימודים, אולם וועדת ייעוץ ומעקב עוסקת אך ורק במצב אקדמי של סטודנטים, ואינה עוסקת בהפסקת לימודים על רקע בעיות משמעת, ועל-כן אין מקום להשוות בין המקרים.
- בכל הקשור לטענות המבקש בעניין פרוטוקול הדיון בפני וועדת ייעוץ ומעקב, ובאשר לזימונו לדיון, נטען על-ידי הטכניון כי המבקש ידע שכל כשלון נוסף יביא להמלצה על הפסקת לימודיו, ועל-כן אין בנוסח הזימון לוועדת ייעוץ ומעקב שניה כדי להוות מצג מטעה, וטענותיו אלה של המבקש אינן נתמכות בתצהירו, ואין ראיה כי המבקש הוטעה בשל נוסח הזימון לוועדת ייעוץ ומעקב.
לטענת הטכניון, המבקש העלה בפני הוועדה את טענותיו שנשקלו על-ידי חברי הוועדה, ואלה החליטו על הפסקת לימודיו.