לגבי הטענה שכחלק מהתחבולה ועל מנת להטעות את הנאשמים, נוהלה החקירה בתחנת שדרות, השיב רפ"ק מיכאלי כי לא מדובר בתחבולה אלא בפעולה מתבקשת שכן "אם אני נמצא באירוע שקרה בגזרה של העיר שדרות כשיחידת האם שלי יושבת באשדוד, אז אני אהיה רשלן אם אני לא אמקד את הפעילות שלי שם. ואני גם אעשה לפחות ביום יומיים הראשונים את כל הפעולות כשאני והאנשים שלי שם. במיוחד כשזה מרחק נסיעה של 50 דקות, שעה". עוד הוסיף, כי כשהגיע לבית הנאשם 2 הזדהה כאיש משטרה ולא הציג עצמו כשוטר משדרות (עמ' 217).
לגבי תשאול הנאשם 2 ע"י מפקד הימ"ר, הסביר כי מפקד הימ"ר הגיע לתחנה זמן קצר לפני תום חקירת הנאשם 2, והוא עצמו ביקש מהחוקר מליחי לשמור על הנאשם 2, מאחר שרצה להתעדכן מהחוקר בניטה לגבי החקירה. בזמן שישב לעדכן את מפקד הימ"ר בהתקדמות החקירה, נכנס החוקר מליחי ואמר שנאשם 2 רוצה לספר משהו בנוגע לרצח, אך הוא פוחד ורוצה לדעת אם הם יכולים לשמור על משפחתו; החוקר מליחי שאל את מפקד הימ"ר אם אכפת לו להכנס איתו, מאחר שאמר לנאשם 2 שהוא הסמכות הבכירה, ושבמקרה הוא נמצא שם. רפ"ק מיכאלי ביקש מהחוקר מליחי להקליט את השיחה, ולאור הדחיפות והעובדה שהיו בתחנה אחרת ללא כל האמצעים שברשותם, בוצעה הקלטה באודיו בלבד (עמ' 211). לגבי הטענות על פגיעה בזכות ההיוועצות של הנאשם 2, השיב כי החוקרים שלו מאד מקפידים למלא אחר זכות ההיוועצות, וזה עולה היטב מתיעוד חקירות הנאשמים; וכי החוק מחייב אותם להסביר לכל חשוד את זכויותיו, ואין רלוונטיות בעניין זה לטיב העבירה, לקיומו או להעדרו של עבר פלילי. לטענתו, גם אם הנאשם 2 לא הבין בשלב הראשון את זכותו, הרי שלאחר התשאול הוא נכנס לחקירה נוספת והוזהר שוב (עמ' 212).
לגבי השיחה בין הבלש חממי לנאשם 1, העיד רפ"ק מיכאלי כי הבלש חממי התקשר אליו מספר פעמים בעת ששמר על נאשם 1 ואמר לו שהוא רוצה לספר את האמת; הוא הזהיר את חממי שלא לשוחח עם הנאשם 1 על המקרה ואמר לו שברגע שחוקר יתפנה יקחו אותו, והעניין התעכב לאור חקירתו של הנאשם 2 (עמ' 210-211). בהמשך, החוקר לזמי נכנס איתו לחקירה ולאחר מספר דקות הודיע שהנאשם 1 רוצה להראות איפה האקדח, והוא הורה על עצירת החקירה לשם כך (עמ' 216).
בחקירתו הנגדית הבהיר רפ"ק מיכאלי, כי מפקד הימ"ר הגיע לתחנת שדרות כדי להתעדכן בהתקדמות החקירה מאחר שדובר באירוע חריג וחמור שעבר באותו יום לטיפול הימ"ר, ולא בגלל שהתנהלה חקירה של מעורבים (עמ' 222-223). לדבריו, הוא עצמו עודכן לגבי תוכן התשאול שנערך לנאשם 2 ע"י מפקד הימ"ר והחוקר מליחי רק לאחר שהסתיים, וגם צוות החקירה עודכן על כך בכלליות ולא לפרטי פרטים; כאשר הבלשים חממי ובוסקילה לא קשורים לצוות החקירה ולא אמורים להיות מעודכנים במתרחש בחקירה (עמ' 225-227). עוד ציין, כי כשנאשם 1 אמר שהוא רוצה לספר את האמת, הוא עצמו רצה לדעת קודם מה תוליד השיחה בין הנאשם 2 למפקד הימ"ר, ולכן אמר לבלש חממי להמתין עד שיתפנה חוקר, ודווקא מאחר שידע שהשיחה לא מתועדת הורה לו שלא לשוחח עם הנאשם 1 על המקרה; כאשר תפקידו של חממי היה אך ורק לשמור על הנאשם 1 (עמ' 229-230, 236-238).