ההגנה הוסיפה ופירטה שורה ארוכה של כשלים בשרשרת המוצגים, החל מרשלנות בתפיסת הנעליים בידי שי פלג (הנחה על הכביש, צילום בטלפון אישי, אי-החלפת כפפות, "זריקת" הנעליים ברכב כשהן חשופות, אי-אטימת אריזות), דרך הובלתן הבלתי תקינה ברכב משטרתי, ועד לאחסונן בחדר שלאנשים רבים גישה אליו. כל אלה יצרו פוטנציאל עצום לזיהום והעברה משנית של הפרופיל הגנטי מהנאשם (שבא במגע עם חוקרים וחפצים) או מהמנוח (דרך חוקרים ששהו בזירה) לנעליים.
ד"ר בובליל, המומחית שבדקה את המוצגים וערכה חוות דעת, אישרה שאינה יכולה לדעת מה עבר על המוצגים לפני שהגיעו למעבדה, וכי תרחיש של לחיצת יד או מגע עם משטחים מזוהמים יכול להוביל להעברת פרופיל גנטי.
היבט שלישי קשור בבעיות מתודולוגיות ופרשניות בניתוח הפרופילים הגנטיים.
אשר לנעליים, נטען כי עסקינן בפרופיל מעורב ולא יחיד. בדגימה מן הנעל שבה אותר הפרופיל של הנאשם (22 -B) נצפו שלושה אללים בשני סמני פרופיל (D16S539, D3S1358), ובכך ראיה לתערובת פרופילים. ד"ר פלוצקי הסביר כי שלושה אללים באתר אינם יכולים להימצא בפרופיל יחיד, ולכן מדובר בסבירות גבוהה בתערובת של שני אנשים. ההגנה אף חלקה על קביעת ד"ר בובליל לגבי גובה ה"סטטר" (stutter) ("גמגום") באללים מסוימים, וטענה כי קביעתה אינה מתיישבת עם נתוני היצרן ונתוני מעבדת מז"פ. נטען שהפרופיל שהופק מדגימה 22-B תואם לפרופיל של הנאשם ב-12 מתוך 23 סמנים (52%), ולא בהתאמה מלאה. טבלאות הפרופילים מצביעות על פרופיל חלקי.
נטען שאף לא נערך אימות של הפרופיל של הנאשם. הפרופיל לא אומת בידי מפיק הפרופיל במעבדת מז"פ במטה הארצי, וד"ר בובליל התבססה על מידע מהמאגר בלבד, מבלי לאמת אותו. היא אף ציינה כי אין לה יכולת לדעת אם נעשתה טעות בייצור הפרופיל במאגר.
נטען לתהיות ביחס להופעת פרופילים אחרים (כמו של זיו (זאב) גרובנר ומשה עמוס) בתיק העבודה של המעבדה בשלב מוקדם, עוד לפני שהללו היו חשודים, וביחס לעובדה ששי פלג ידע על ממצא הקשור בנאשם אך ייתכן שלא שיתף בכך את ד"ר בובליל, מה שעלול להעיד על הטיה.
אשר למעילים, נטען כי הפרופילים מורכבים ואינם ניתנים להשוואה. כן הסביר ד"ר פלוצקי כי במקרים רבים נמצאו על המעילים פרופילים מעורבים ומורכבים שאינם בני השוואה. היעדר יכולת לנתח פרופילים אין משמעותו שאין פרופיל כלל, אלא שלא ניתן היה לקשור אותו לאיש מהמעורבים הידועים.