התביעה מוסיפה וטוענת, כי הנאשמים לא ניהלו ספרי הנהלת חשבונות בחברות אפיקי נחל ו-א.א.ס.ט., כעולה מעדותו של ליאור פרומוביץ, שהיה רואה החשבון של החברות הנ"ל.
גם העדה, שלוית ברגר, מנהלת חשבונות שעבדה במשרדו של ליאור פרומוביץ, העידה כי הנהלת החשבונות של החברות אפיקי נחל ו-א.א.ס.ט. היתה חלקית וכללה רק הוצאות.
בנוסף טוענת התביעה, כי נאשם 3 התחמק מלהציג את מסמכי הנהלת החשבונות בפני רשויות המס, כפי שהדבר עולה מעדותו של רפאל כהן, אשר שימש כראש צוות מבקרי חשבונות במשרדי מע"מ בחיפה.
בסופו של דבר, הגיע נאשם 3, ביום 13.10.96, לפגישה במשרדי מע"מ ללא החומר החשבונאי וטען כי החומר נעלם כאשר נגנבה מכוניתו.
לטענת התביעה, הנאשמים לא ניהלו ספרי הנהלת חשבונות של החברות אפיקי נחל ו-א.א.ס.ט., וממילא לא ביצעו הנהלת חשבונות בשיטת החשבונאות הכפולה, כנדרש על פי חוק.
אשר לגרסתו של נאשם 3, לפיה הוא ביצע בעצמו את הנהלת החשבונות של שתי החברות, כאשר במהלך חודש ספטמבר 1996 נגנבו המסמכים מרכבו, טוענת התביעה כי אין ליתן בה כל אמון.
ראשית, התקשה נאשם 3 להסביר לבית המשפט מה משמעות המושג "הנהלת חשבונות כפולה", ועל כן אין זה סביר כי הוא עצמו ביצע את הנהלת החשבונות של שתי החברות.
שנית, באורח פלא נעלמו מסמכי הנהלת החשבונות בסמוך למועד זימונו של נאשם 3 לביקורת במשרדי מע"מ חיפה.
לגישת התביעה, הטענה בדבר גניבת הרכב ומסמכי הנהלת החשבונות של חברות אפיקי נחל ו-א.א.ס.ט., הינה טענה כוזבת "שבאה לעולם על מנת למנוע בדיקת הנהלת החשבונות, אשר היתה חושפת את מעשה המרמה".
עובדה זו מחזקת את גרסת התביעה, לפיה לא נוהלה מערכת הנהלת חשבונות כנדרש, והתשומות שנכללו בדוחות שהוגשו למנהל המכס והמע"מ, נדרשו בלא שהיו בידי הנאשמים חשבוניות, כנדרש על פי דין.
כאמור, טוענת התביעה כי חברות אפיקי נחל ו-א.א.ס.ט. הגישו תשעה דוחות תקופתיים למע"מ, בהם קיזזו מס תשומות מבלי שהיו זכאים לנכותם, ומבלי שהיו בידיהם מסמכים כדין, בסך כולל של 1,971,595 ש"ח.
מעדותה של שלוית ברגר עולה, כי נאשם 3 היה מגיע למשרדה בסמוך ל-15 בחודש, המועד להגשת דוחות למע"מ, ומציג בפניה חשבוניות אודות ביצוע הוצאות שונות. נאשם 3 קיבל לידיו את שוברי המע"מ ומילא את השוברים בעצמו, וזאת על פי בקשתו.
לטענת התביעה, הסיבה לכך שנאשם 3 עמד על כך שהוא עצמו יערוך את דוחות המע"מ, נעוצה ב"אי רצונו לחשוף את המרמה לעיני שלוית ברגר ומשרד רוה"ח".