התביעה מתבססת על השוואת כרטיס מע"מ תשומות ששוחזר מהמחשב במשרדו של רו"ח ליאור פרומוביץ (ראו כרטסת ממויינת של חברת אפיקי נחל, ת/304, וכרטסת ממויינת של חברת א.א.ס.ט., ת/305), עם הדוחות שהוגשו למנהל המכס והמע"מ. לשיטתה של התביעה, עולה כי התשומות שנדרשו בדוחות שהוגשו, גבוהות משמעותית מן התשומות המופיעות בכרטסת הממויינת של שתי החברות, ולהלן הפירוט:
בדוח התקופתי לחודש פברואר 1996, מס התשומות שקוזז הינו 518,120 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 224,466 ₪;
בדוח התקופתי לחודש מרץ 1996, מס התשומות שקוזז הינו 493,037 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 110,985 ₪;
בדוח התקופתי לחודש אפריל 1996, מס התשומות שקוזז הינו 196,045 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 160,002 ₪;
בדוח התקופתי לחודש מאי 1996, מס התשומות שקוזז הינו 635,487 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 250,540 ₪;
בדוח התקופתי לחודש יוני 1996, מס התשומות שקוזז הינו 493,472 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 210,839 ₪;
בדוח התקופתי לחודש יולי 1996, מס התשומות שקוזז הינו 578,320 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 300,012 ₪;
בדוח התקופתי לחודש אוגוסט 1996, מס התשומות שקוזז הינו 333,002 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 43,790 ₪;
בדוח התקופתי לחודש ספטמבר 1996, מס התשומות שקוזז הינו 0 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 59,255 ₪. ברור כי אין ניתן לייחס לנאשמים עבירה בגין דוח תקופתי זה;
בדוח התקופתי לחודש אוקטובר 1996, מס התשומות שקוזז הינו 207,192 ₪, בעוד שעל פי כרטיס המע"מ הסכום צריך לעמוד על 123,591 ₪.
נאשם 3 טוען בסיכומיו כי שחזור החומר שנעשה אינו מדוייק, וכי היו בידיו מספר רב של חשבוניות שהתקבלו בהתאם לעבודה שבוצעה בשטח, אשר לא באו לידי ביטוי בחישובי התביעה. כמו כן, נטען כי חשבוניות רבות נעלמו עקב גניבת רכבו של נאשם 3.
בנוסף, מסתמך נאשם 3 על הטבלה שהוכנה במע"מ (ת/648ב'-ג') הכוללת חשבוניות שנמצאו אצל ספקים שונים של חברות אפיקי נחל ו-א.א.ס.ט., שלא נמצאו בחומר הממוחשב של החברות הנ"ל.
מכאן ניתן להסיק, כך נטען ע"י נאשם 3, כי היו חשבוניות נוספות אשר זכרם לא בא בחישובי התביעה, המפורטים בנספח ט"ו לכתב האישום. עוד נטען, כי גם הטבלה אינה משקפת את המציאות וניתן להצביע על חומר נוסף המשנה את תמונת המצב, לו טוענת התביעה.