שאלה אחרת נוגעת לשתיקתם, החלקית או המלאה, של הנאשמים במהלך החקירה בפני חוקרי מס ערך מוסף או בפני אנשי משטרת ישראל.
הלכה היא כי שתיקתו של חשוד במהלך חקירתו, אף שהינה בגדר זכות יסוד, עשויה לשמש חיזוק לראיות התביעה נגדו. הלכה זו מעוגנת בסעיף 28(א) לחוק סדר הדין הפלילי (סמכויות אכיפה - מעצרים), התשנ"ו-1996.
יש לציין, כי בנסיבות בהן נאשם מחליט למסור מעל דוכן העדים את גרסתו לאירועים נשוא כתב-האישום, לאחר ששתק בשלב החקירה, עשויה שתיקתו לפגוע במהימנות עדותו. ראו ע"פ 84 / 230 בנימין חג'בי נ' מ"י פ"ד לט(1) 785, עמוד 789:
"המערער שתק לאורך כל הדרך וסירב להגיב תגובה כלשהי ולתת הסבר כלשהו לכל האירועים ולכל החומר שהציגו לפניו חוקריו במשטרה. גם בבית-המשפט לא העלה גרסה כלשהי עד לסיום פרשת ראיות התביעה. אכן, זכות השתיקה עומדת לנאשם. אולם מששתק במקום שנתבקש הסבר, אין שתיקתו זו עולה בקנה אחד עם ציפיותיו שיאמינו לו, כאשר יעלה את גרסתו לראשונה בשלב של עדויות ההגנה. כאשר נאשם טוען לחפות מוחלטת, והוא מעומת על-ידי חוקריו במשטרה עם חומר המעיד על מעורבותו בפשע, כיצד יצפה שיאמינו לו, אם נמנע מלפקוח עיני חוקריו כשמטיחים הם בפניו את העובדות, הידועות להם מפי שותפו לעבירה והמסבכות אותו בכל אותן עבירות עצמן. בנסיבות כאלה יש בשתיקתו כדי להוות חיזוק מה לעדויות התביעה."
יודגש, כי בנסיבות מסוימות כאשר מוטחת בפני החשוד עובדה המצריכה הכחשה מיידית והוא בוחר לשמור על זכות השתיקה, עשויה שתיקתו להוות התנהגות מסבכת בעלת כוח ראייתי עצמאי, ואף לשמש כראיית סיוע. ואולם, במידה שהחשוד מספק הסבר סביר לשתיקתו בשלב החקירה, שתיקה זו עשויה לאבד את כוחה כראייה לחובתו (השופט קדמי על הראיות חלק שני, מהדורה משולבת ומעודכנת, תשס"ד-2003, עמ' 714- 715).
בכך אין כדי לפגוע כהוא זה בזכותו של החשוד לשתוק בחקירתו, כפי שנקבע ברע"פ 3445/01, אלמליח נ' מדינת ישראל, פ"ד נו(2), 865:
"... כאשר משתנה מעמדו של מי שנחקר על-ידי המשטרה והוא הופך מעד לחשוד בביצוע העבירה, קמה לו זכות רחבה עוד יותר – לשתוק בחקירתו מבלי לומר דבר אף ביחס לשאלות שאילו היה עד היה מחויב על-פי החוק להשיב עליהן..." (ראו גם: ע"פ 597/88 אנג'ל נ' מדינת ישראל, פ"ד מו(5) 221; וכן ע"פ 5825/97 עובדיה שלום נ' מדינת ישראל, פ"ד נה(2) 933 שם התייחס בית-המשפט העליון להעדר הסבר מטעם הנאשם מדוע הוא אינו מוכן למסור גרסה בחקירה).