בעניין ורדי נדונה תחולתה של דוקטרינת ההגנה מן הצדק גם במקרים שבהם לא עמדה כוונת זדון מאחורי פעולות החקירה, האכיפה וההעמדה לדין מצד הרשות, אלא מחדלים שברשלנות וטעויות שבתום-לב, הם שהביאו לפגיעה ממשית בתחושת הצדק. וכך נקבע:
"65. הפליה בהעמדה לדין פלילי היא מצב עניינים בו פעולות ומחדלי רשויות האכיפה הביאו לכך כי רק חלק מהמעורבים במעשה הפלילי הועמדו לדין, וזאת על אף שזהות נסיבותיהם ומעשיהם של כל המעורבים מצדיקים הגשת כתב אישום נגד כולם. כדי לתאר תופעה זו בכללותה, נעשה לעתים קרובות שימוש במונח 'אכיפה בררנית' - הרומז לרכיב אינטנציונלי העומד בבסיס פעולתה של הרשות. עם זאת, אין זה מן ההכרח כי הפליה בהעמדה לדין תיעשה כתולדה של כוונת מכוון. כפי שנטען בענייננו, לעתים מחדלים ופעולות שביצעו רשויות האכיפה בתום-לב מביאים לכך כי רק חלק מהמעורבים הועמדו לדין, וזאת ללא פשר. גם במצבים אלה יש לחלק במידת האחריות שיש לייחס לרשויות - בין מקרים בהם אי-העמדה לדין נבעה מרשלנותן של הרשויות, לבין מקרים בהם סדרי עדיפויות, שיקולי תקציב, או כוח אדם הם שהביאו לתוצאה המפלה, כמו גם מקרים בהם מאמציהן הכנים של הרשויות להביא לדין את הגורמים המעורבים לא נשאו פירות...
....
79. הנה אפוא, פסיקת בית משפט זה בעשור החולף - למן הלכת בורוביץ' ועד לאחרונה בפרשת גוטסדינר - שבה על עמדתה העקבית ולפיה דוקטרינת ההגנה מן הצדק ככלל, והטענה לאכיפה מפלה בפרט - אינן מוגבלות בקיומו של מניע פסול העומד בבסיס פעולת הרשות. ואכן, דומני כי טעמים נכבדים מצדיקים את תחולתה של דוקטרינת ההגנה מן הצדק גם למקרים של אכיפה מפלה שלא מתוך כוונת זדון.
...
99. ... ניתן עקרונית, לראות במחדלי הרשות, או במעשיה הרשלניים משום 'פגם', אשר יש בו כדי לפתוח את שערי המבחן התלת-שלבי שנקבע בהלכת בורוביץ'. ברי כי אין בכך כדי ללמד שיש לייחס משקל ממשי לכל טענה באשר לטעות, או למחדל מצד רשויות האכיפה, אלא לליקוי מהותי שכזה. הנה כי כן לאחר שצלח הנאשם את המשוכה המקדמית להצביע ולהוכיח כי המעשה המינהלי עולה כדי 'פגם' כאמור - בית המשפט יידרש לבחינת הטענה להגנה מן הצדק לגופה - בקביעת עוצמתם של הפגמים, ופגיעתם בתחושת הצדק וההגינות; בשלב שלאחר מכן יש לאזנם ביחד עם יתר השיקולים, הערכים והאינטרסים המצדיקים את ניהול ההליך הפלילי. בקשר לכך יש לשים אל לב, כפי שנקבע עוד בפרשת בורוביץ', כי יש להעניק משקל בשלב השני גם לעובדה כי הרשות פעלה בתום-לב, ללא מניע פסול, או כוונת זדון. מטבע הדברים, התוצאה תהא שרק מקרים נדירים וחריגים בהם נטענה טענה לאכיפה מפלה שאיננה תוצאה של כוונת זדון יקימו לנאשם הגנה מן הצדק" (ההדגשות במקור).