6. עם ראשית פעולתה של LSS בישראל, עלה צורך בהקמת קרנטינה שתוכל לקלוט את בעלי החיים המיובאים לישראל על ידה לאחר שהתברר כי תחנת ההסגר היחידה שהייתה קיימת באותה תקופה במושב צופר הייתה מרוחקת מהנמל, ולא יכלה להכיל את כמויות בעלי החיים המיובאים לישראל ולרשות הפלסטינאית.
7. בנסיבות אלו הוקמה רפת בערבה, שנוהלה בתחילה על ידי ארליך , שתפקידה היה לדאוג להקמת קרנטינה בבעלות פרטית שתשמש כמקום הסגר, ואשר תספק את השירותים הנדרשים מתחנת הסגר לקבוצת LSS וללקוחותיה. (ראו סעיף 3 ל"בג"צ מיטראל").
8. במסגרת ניסיונותיה של רפת בערבה לאיתור מקום להקמת הקרנטינה, נוצר קשר עסקי תחילה בין מיטראל ובין הקיבוץ, במסגרתו נחתם בשנת 2002 הסכם ראשוני בין הצדדים (להלן: "הסכם 2002") (טיוטת ההסכם צורפה כנספח 2 לתצהיר עו"ד באדר), ובמסגרתו החלו הכנות להקמת קרנטינה במבנה חממה של הקיבוץ, אך בשל התנגדות של עיריית אילת ובתי המלון, הוחלט לגנוז את הפרויקט באותו שלב ולנסות לאתר מקום חילופי להקמת הקרנטינה (סעיף 7(2) לתצהיר יובל).
9. בשנת 2004 אותר מקום חילופי להקמת הקרנטינה, ולאחר משא ומתן שנערך בין הצדדים, נערך ונחתם בין הצדדים ביום 22.11.2004 הסכם התקשרות (להלן: "הסכם 2004"), שהוראותיו הן העומדות במוקד המחלוקת בין הצדדים.
10. יוקדם ויודגש כי הסכם 2004 על פי לשונו הינו הסכם למתן שירותים במסגרתו ביקשה רפת בערבה לקבל מהקיבוץ "שירותי גידול פיטום וקרנטינה..." ואולם ישנה מחלוקת בין הצדדים, האם אכן סופקו שירותים של ממש על ידי הקיבוץ , או שמא עסקינן בהסכם שכירות לכל דבר וענין, שנערך ב"מסווה" של הסכם שירותים.
11. בהקשר זה יודגש כי אין מחלוקת בין הצדדים על כך שעל הקיבוץ חלו מגבלות ביכולתו להשכיר לצדדי ג' מקרקעין שהוקצו לו על ידי מנהל מקרקעי ישראל זה (כתוארו אז- כיום רשות מקרקעי ישראל – להלן: "המנהל") זאת לאור הוראת הסכם החכירה לבין הקיבוץ למנהל והוראות הדין ובכלל זה חוק ההתיישבות החקלאית [סייגים לשימוש בקרקע חקלאית ובמים] תשכ"ז – 1967 (להלן-"חוק ההתיישבות"), ולטענת רפת בערבה כל מבנה הסכם 2004 נועד אך ורק בכדי להעלים מהמנהל את עובדת השכרת המקרקעין ע"י הקיבוץ לרפת בערבה , ולעומת זאת טען הקיבוץ כי מדובר בהסכם שירותים של ממש.
12. מכל מקום, אין מחלוקת בין הצדדים על כך שבהתבסס על הסכם 2004 הוקמה על ידי רפת בערבה הקרנטינה, על המקרקעין שהעמיד הקיבוץ לרשותה, ורפת בערבה נשאה במלוא העלויות הכרוכות בהקמת הקרנטינה ותפעולה השוטף.
כפי שיפורט להלן, בין הצדדים מחלוקת מהותית בשאלת הבעלות בקרנטינה על כל מרכיביה (המחוברים למקרקעין ושאינם מחוברים למקרקעין), במקרה של הפסקת ההתקשרות בין הצדדים.
עוד יוקדם ויצוין כי הצדדים הגישו חוות דעת באשר לעלויות הקמת הקרנטינה, וכן הוצגה הצעת מחיר להקמת הקרנטינה שנתן לקיבוץ בשעתו לרפת הערבה, ובכל מקרה בהתאם לדוחות הכספיים של רפת הערבה (נספח 2 לתצהיר נעים), רפת הערבה השקיעה סך של 5,976,662 ₪ בהקמת קרנטינה (ראו ביאור 4 בעמ' 8 לדו"ח 2014, שבו הוגדרו הוצאות הקמת הקרנטינה כ-"שיפורים במושכר").