13. ביום 16.4.06 נחתם בין הצדדים נספח להסכם 2004, במסגרתו סוכם כי "מר אריה רובינשטיין מהקיבוץ, יהיה אחראי על תפעול הקרנטינה לצדו של נציג החברה עו"ד מוסא נעים", וכן פורטו שירותים נוספים אותם יבצע רובינשטיין בשם הקיבוץ עבור רפת בערבה, ובכלל זה עזרה בקליטת בעלי חיים בקרנטינה, טיפול בהוצאת בעלי חיים מהקרנטינה מול השירותים הווטרינריים, ייצוג הקרנטינה בפני הרשויות, וכן נקבע כי רובינשטיין "יתאם וידאג לתפעול הקרנטינה, ככל שהדבר יידרש ממנו" (סעיף 1 לנספח להסכם 2004 (להלן: "הנספח להסכם 2004").
14. בשנת 2007 התעורר בין הצדדים סכסוך משפטי ראשון שהגיע לערכאות ,בכל הנוגע לדרך יישומו של הסכם 2004, ולאחר שהקיבוץ הודיע על כוונתו לבטל את הסכם 2004, הוגשה על ידי רפת בערבה תביעה לבית המשפט המחוזי בבאר שבע (ת"א 1748/07), וכן בקשה לצו מניעה.
15. במסגרת ההליכים, נערך ונחתם הסכם פשרה בין הצדדים במסגרתו סוכם בין היתר כי הודעת הביטול של הסכם 2004 שנשלחה על ידי הקיבוץ מבוטלת, והצדדים אשררו מחדש את תוקפו של הסכם 2004 ( סעיף 2 להסכם הפשרה משנת 2007) (להלן: "הסכם 2007").
16. כמו כן, נקבעו בהסכם 2007 הוראות שונות בדבר דרך התנהלותם המשותפת של הצדדים, ובהמשך אתייחס להצהרה אשר ניתנה על ידי רפת בערבה בסעיף 3 להסכם 2007, בכל הנוגע לזכויותיה במקרקעין עליהם בנויה הקרנטינה וזכויותיה בקרנטינה עצמה.
17. מערכת היחסים העסקית בין הצדדים ידעה – על פי עדויות שני הצדדים – עליות ומורדות, אך בפועל הסכם 2004 עמד בתוקפו עד תום תקופת ההתקשרות שנקבעה בו. דהיינו, עד ליום 5.1.15.
18. לטענת הקיבוץ, לאורך תקופת ההתקשרות בין הצדדים, הפרה רפת בערבה את התחייבויותיה ולא שילמה לקיבוץ תשלומים שונים שבהם היא הייתה מחויבת על פי הסכם 2004, ובכלל זה חובות ארנונה, מיסים, היטלים ממשלתיים, בסכום אשר לטענת הקיבוץ עמד על סך של 913,323 ₪.
19. לטענת הקיבוץ, לאור החוב האמור והתנהלות רפת בערבה, הוחלט בקיבוץ שלא להאריך את תקופת ההתקשרות בין הצדדים, ואכן אין מחלוקת על כך שלא נחתם הסכם הארכה בין הצדדים, אך לטענת רפת בערבה. בפועל, לא ניתנה על ידי הקיבוץ הודעה פורמלית בדבר סיום ההתקשרות לטענה עד לכל הפחות, עד סוף חודש ינואר 2015. (סעיף 24 לתצהיר נעים).
20. מכל מקום ביום 13.1.15 נקלט משלוח חדש של בעלי חיים בקרנטינה (להלן-"משלוח ינואר 2015"), ואין מחלוקת על כך שביום 20.1.15 ניתנה על יד הקיבוץ לרפת בערבה הודעת עיכבון (נספח 9 לתצהיר נעים), במסגרתה הודיע הקיבוץ לרפת בערבה כי לאור חובותיה לקיבוץ, מופעלת זכות עיכבון ובהתאם הקיבוץ מעכב תחת ידיו את הציוד, המכונות והכלים השייכים לרפת בערבה והמצויים בקרנטינה, עד לתשלום חובותיה של רפת בערבה.