הנאשם מס' 1 המשיך לדבוק בזכות השתיקה גם בהמשך החקירה, בנימוקים הנוגעים למצבו הבריאותי ולתחושתו כ"בן ערובה", בשל אי יכולתו לצאת את גבולות המדינה (ת/8, ת/9, ת/11, ת/12, ת/13, ת/14, ת/15), ולדאגה לבריאותה של רעייתו (ת/10 ו-ת/13). עם זאת, בחקירתו מיום 4.9.00 העיד הנאשם מס' 1 כי הפטריארך "שקרן", זאת בתגובה לטענת החוקרים שלפיה הלה מכחיש כי המסמכים נשוא העסקאות נחתמו על-ידו וטוען לזיוף (ת/12, גליון 2 ש' 21-24). זו הייתה גם עמדתו עת עומת עם טענת
--- סוף עמוד 29 ---
הפטריארך, שלפיה מעולם לא קיבל ממנו תמורה עבור העסקאות הנדונות (ת/16, גליון 2 ש' 12-14). בחקירתו מיום 10.9.00 ציין, כי גרסתו של עו"ד פרי גרמה לו רוגז (ת/13, גליון 4 ש' 23-25) וכי הוא עצמו חף מפשע (ת/13, גליון 5 ש' 4-6). בחקירתו מיום 20.11.00 אף הצהיר הנאשם מס' 1 במפורש כי הוא דבק בגרסה שמסר וכי זוהי הגרסה האמיתית (ת/15, גליון 2 ש' 5, ש' 12 וש' 20 וכן גליון 3 ש' 15). מכל מקום, הוא דחה את טענת החוקרים, שלפיה סירובו לשתף פעולה עמם נבע מחשש מפני הפללתו. הוא טען, כי הגיע ארצה מרצונו, בידעו שמתנהלת חקירה בפרשה וכי במסגרתה הוא צפוי להיחקר כחשוד עיקרי (ת/11, גליון 2 ש' 6-7; ת/13, גליון 3 ש' 23 - גליון 4 ש' 4; ת/14, גליון 2 ש' 8). הוא אף הבטיח לשוב ולשתף פעולה עם חוקריו אם תיעתר בקשתו לשוב זמנית לביתו שבארצות הברית (ת/13, גליון 3 ש' 25-27; ת/14, גליון 2 ש' 5-8; ת/15, גליון 2 ש' 7-9, גליון 3 ש' 10-1; ת/16, גליון 2 ש' 5-7 ש' 26-27; ת/18, גליון 2 ש' 8).
מפנה מסוים בגישתו של הנאשם מס' 1 חל בחקירתו מיום 15.1.01 (ת/17), עת הסכים להשיב לשאלות אשר הוצגו לו על-ידי החוקרים. עם זאת, שאלות אלו נגעו בעיקרן למסמכים שונים אשר נתפסו במהלך חיפוש בדירתו השכורה בירושלים ולמגעים שכביכול ניהל בעבר, בנוגע לעסקת בית שמש. בחקירתו הבאה שנערכה ביום 8.3.01, ולמרות שבתחילת החקירה שב והודיע על רצונו לשמור על זכות השתיקה, השיב הנאשם לשאלות החוקרים בנוגע לתיקון השני להסכם בית שמש. את החלטתו לנהוג כך נימק בגילויים חדשים שהציגו בפניו החוקרים בעקבות בדיקות המז"פ, אשר לטענתו גרמו לו לתדהמה (ת/18, גליון 7 ש' 18-20). במהלך החקירה שב הנאשם על גרסתו המקורית, שלפיה הוא זה אשר הטביע את החותמות על גבי המסמך המעגן את התיקון השני להסכם ועל גבי ייפוי הכוח, כפי שעשה לגבי יתר המסמכים (ת/18, גליון 4 ש' 8-11, גליון 5 ש' 3-4). כאשר נודע לו מפי החוקרים כי החותמות המופיעות על גבי ההעתקים של מסמך התיקון להסכם בית שמש זויפו בטכניקה של פוטומונטאז', הוכה לדבריו בתדהמה, מאחר שראה את המסמך המקורי חתום (ת/18, גליון 5 ש' 9-11). הוא טען בתוקף, כי לא הוא זה שביצע את הדבר והוסיף כי החשד כלפיו הוא בלתי הגיוני, לאור הזמן המועט שבו שהה בחדר הפטריארך. על רקע זה הוא העריך כי הדבר נעשה על-ידי "הממזרים" ו"הגנבים האלה מהפטריארכיה", ככל הנראה בזמן שאחד הכמרים הלך לצלם את המקור, לצורך יצירת מספר מספיק של עותקים (שם, גליון 5 ש' 13-19 וש' 25 - גליון 6 ש' 3).