45. ההסדר הקבוע בסעיף 3(1) מתייחס אמנם לפי נוסחו למצבים שבהם אין בעל זכות במקרקעין. אך בצדק ציין היועץ המשפטי לממשלה כי לא ניתן להתעלם מן הפגיעה הקשה בזכות הקניינית של תושבי אזור פלסטינים בשל רישום אדמות כרכוש ממשלתי לפי סעיף זה. היועץ מתייחס בהקשר זה למציאות המשפטית והעובדתית המתקיימת באזור ולמדיניות המוצהרת של המדינה מזה עשרות בשנים, בכל הקשור להסדרת אדמות האזור בציינו כי ככל שהדבר נוגע לאדמות אלה, הסדר המקרקעין לגביהן הופסק בהוראת המפקד הצבאי לאחר כניסת כוחות צה"ל לאזור בשנת 1967 ולא חודש מאז. על כן, כך מוסיף היועץ ומציין "חלק הארי של המקרקעין באזור (כשני שלישים) אינו מוסדר ורשום [...] [ו]סעיף 3(1) לחוק תופס אפוא ברשתו גם מצבים שבהם מדובר במקרקעין, אשר למצער ברמת הראיות המינהליות יש לתושב פלוני זיקה קניינית מספקת אליהם, ומורה לרושמם בתוך 12 חודשים כרכוש ממשלתי". היועץ מדגיש כי ברור וגלוי שפרק זמן קצר זה אינו מאפשר הוכחת בעלות במקרקעין לא מוסדרים, או הוכחת זכות להירשם כבעל זכויות במקרקעין מסוג זה (ראו בהקשר זה בג"ץ 1315/12 חושיה נ' שר הבטחון, פסקה 4 (16.12.2014) (להלן: עניין חושיה); Private Property and Public Power, בעמ' 132; קדר, בעמ' 727-711; רע"א 2505/16 אנג'ל נ' המינהל האזרחי ביהודה ושומרון, פסקה 31 (22.12.2016); סוכובולסקי, כהן וארליך, בעמ' 47-37 ובעמ' 51-50; דיני רישום מקרקעין, בעמ' 275-271; וינצקי וקרמר, בעמ' 139-136). על כן, אם יירשמו מקרקעין כאמור כרכוש ממשלתי בתום 12 חודשים אין מדובר רק בהפקעת זכות השימוש במקרקעין אלא בהפקעת מכלול הזכויות בהם ללא כל פיצוי, בכפוף לאמור בסעיף 8(ד) לחוק.
לסיכום הפרק הנוגע לפגיעה בזכות הקניין ניתן לומר כי סעיף 3 על שני מסלולי ההסדרה הקבועים בו פוגע בזכות לקניין של תושבי אזור פלסטינים.
הזכות לשוויון ולכבוד
46. הזכות לשוויון היא "נשמת אפו של המשטר החוקתי שלנו כולו" (בג"ץ 98/69 ברגמן נ' שר האוצר, פ"ד כג(1) 693, 698 (1969)). וכבר נפסק כי "הצורך להבטיח שוויון הוא טבעי לאדם. הוא מבוסס על שיקולים של צדק והגינות [...] השוויון שומר על השלטון מפני השרירות" (בג"ץ 953/87 פורז נ' שלמה להט, ראש עירית תל-אביב-יפו, פ"ד מב(2) 309, 332 (1988)), והוא "אמצעי להשגת צדק, דרך לביצוע תפקידיה של הרשות ביושר ובהגינות, על-מנת להגיע לתוצאה צודקת" (דברי השופטת ש' נתניהו בבג"ץ 720/82 אליצור אגוד ספורטיבי דתי סניף נהריה נ' עיריית נהריה, פ"ד לז(3) 17, 20 (1983)). אך לא כל פגיעה בו תחשב פגיעה בזכות במובנה החוקתי. מודל הביניים שאימץ בית משפט זה בבג"ץ 6427/02 התנועה לאיכות השלטון בישראל נ' הכנסת (11.5.2006) קובע כי הזכות לשוויון היא חלק מזכותו של אדם לכבוד, המעוגנת בסעיף 2 לחוק היסוד, ובלבד שהיא קשורה לכבודו בקשר הדוק (שם, פסקה 38 לחוות דעתו של הנשיא א' ברק; ראו עוד בג"ץ 2911/05 אלחנתי נ' שר האוצר, פסקה 17 לחוות דעתי (15.6.2008); בג"ץ 1213/10 ניר נ' יו"ר הכנסת, פסקה 11 לחוות דעתה של הנשיאה ד' ביניש (23.2.2012) (להלן: עניין ניר); בג"ץ 8300/02 נסר נ' ממשלת ישראל, פסקה 45-44 לחוות דעתה של הנשיאה (בדימ') ד' ביניש (22.5.2012) (להלן: עניין נסר); ברק מדינה דיני זכויות האדם בישראל 287-285 (2016) (להלן: ברק מדינה)). כך גם נפסק בעבר כי המבחן לקיומה של אפליה הוא מבחן אובייקטיבי המתמקד בתוצאה של מימוש הנורמה העומדת לביקורת, והוא אינו מוגבל אך למחשבתו הסובייקטיבית של יוצר הנורמה. השאלה אינה אם קיימת כוונה להפלות קבוצה זו או אחרת, אלא מהי התוצאה הנוצרת במציאות בעקבותיה (בג"ץ 11163/03 ועדת המעקב העליונה לענייני הערבים בישראל נ' ראש ממשלת ישראל, פסקה 18 לחוות דעתו של הנשיא א' ברק (27.2.2006) (להלן: עניין ועדת המעקב העליונה); השוו לעניין אבו צפייה, פסקה 5 לחוות דעתה של הנשיאה ד' ביניש).