43. דומה כי הפגיעה בזכות הקניין של בעל הזכויות במקרקעין בעקבות הסדרת נטילת זכויות השימוש והחזקה בהם על פי סעיף 3(2) לחוק, היא פגיעה מובהקת וברורה. למעשה, מכשיר הסעיף בדיעבד את נטילתן הבלתי חוקית של זכויות שימוש וחזקה במקרקעין שיש בהם בעל זכויות. על היקפה ועוצמתה של הפגיעה ניתן ללמוד, בין היתר, מנתוני המינהל האזרחי שהובאו בפסקה 16 לעיל מהם עולה כי נכון לשנת 2016 היו באזור 3,455 מבני קבע ומבנים יבילים בלתי חוקיים של התיישבות הישראלית על מקרקעין בבעלות פלסטינית פרטית. עוד ניתן ללמוד מנתוני המנהל האזרחי כי מתוך כלל המבנים הללו, 1,576 מבנים נבנו על קרקע פלסטינית מוסדרת בבעלות פרטית.
השאלה האם פגיעה זו עומדת באמות המידה הקבועות בפסקת ההגבלה שבסעיף 8 לחוק היסוד, תידון בהמשך אך על עצם הפגיעה בזכות הקניין של בעל הזכויות במקרקעין לא ניתן לחלוק שכן נטילת זכויות השימוש והחזקה במקרקעין, גם אם אין בה משום נטילת הבעלות עצמה, עלולה להסב לבעלי הזכויות פגיעה בשל שלילת היכולת להשתמש בהם או לעבדם כמקור פרנסה (השוו לפסיקת בית הדין של האיחוד האירופי לזכויות אדם Loizidou v. Turkey (Merits) (European Court of Human Rights, 1996), בפסקה 64-63 לדעת הרוב; ראו עוד דינשטיין, בעמ' 225; גרוס, בעמ' 82-81). למעשה אף הממשלה מודה כי הסדרים מסוימים בחוק פוגעים בזכות הקניין של התושבים הפלסטינים באזור. עם זאת, הממשלה ומועצת מטה בנימין העלו בהקשר זה את הטענה כי במקרים רבים אין בעלי הזכויות הפלסטינים יכולים ממילא לעשות שימוש במקרקעין, משום שהם "כלואים" בתוך התיישבות ישראלית. על כן, כך הטענה, ככל שקיימת פגיעה בזכות הקניין של בעלי הזכויות באותם המקרקעין, מדובר לכל היותר בפגיעה מצומצמת ביותר אשר אינה מקימה על פני הדברים עילה חוקתית. טענה זו נטענה באורח כללי ומבלי שהממשלה והמועצה הציגו נתונים ופרטים כלשהם לביסוסה. יתרה מכך, לא מן הנמנע כי "כליאתם" של מקרקעין בתוך ההתיישבות הישראלית היא לכתחילה תולדה של נטילתם שלא כחוק מידי בעלי הזכויות בהם, וככל שזה מצב הדברים ברי כי טענת הפגיעה המצומצמת אינה יכולה לעמוד.
(2) מקרקעין שאין בהם בעל זכויות
44. סעיף 3(1) לחוק קובע כי הממונה "ירשום" מקרקעין שאין בהם בעל זכויות כרכוש ממשלתי וזאת, בתוך 12 חודשים מיום פרסום החוק (סעיף 4(א) לחוק). במהלך תקופה זו רשאי הטוען לזיקה במקרקעין לנסות ולהוכיח את זכויותיו, וככל שהדבר יעלה בידיו יחול לגביהם מסלול ההסדרה הקבוע בסעיף 3(2) לחוק שעליו עמדנו לעיל. סעיף 5 לחוק ההסדרה הנוגע להקצאת הזכויות לצרכי ההתיישבות שנבנתה, חל בהתאמה גם על מסלול ההסדרה שבסעיף 3(1) לחוק.