50. הוראה נוספת בחוק ההסדרה המוליכה אל המסקנה כי בפנינו חוק המפלה את התושבים הפלסטינים שבאזור היא הוראת סעיף 7 לחוק. הוראה זו קובעת הסדר בדבר התליית הליכי אכיפה וצווים מינהליים לגבי בנייה בהתיישבות אשר מתקיימים בה התנאים שבסעיף 3 רישה (למעט הליכים וצווים מינהליים שניתנו צווים שיפוטיים או פסקי דין בדבר מימושם), וזאת עד להשלמת הליכי התכנון. החוק אינו קוצב מועד מוגדר להשלמת הליכי התכנון, למעט הקביעה בסעיף 6 כי על המדינה להשלימם "מהר ככל האפשר". כפי שראינו, הרוב המוחלט של המקרים אשר עונים על התנאים שבסעיף 3 רישה עניינם בבנייה בהתיישבות ישראלית. משכך, התליית הליכי האכיפה והצווים המינהליים כאמור בסעיף 7, תחול ממילא רק על בנייה זו. בנוסף לכך, נקבע בסעיף 11 לחוק כי יותלו גם הליכי אכיפה וצווים מינהליים שהוצאו ביחס לבנייה ב-16 יישובים המנויים בתוספת לחוק, וזאת למשך 12 חודשים מיום פרסומו. עוד נקבע בסעיף 11 כי במהלך תקופה זו יבחן הממונה אם מתקיימים ביישובים אלה התנאים הקבועים בסעיף 3 לחוק. עיון ברשימת הישובים המנויים בתוספת מעלה כי כולם, ללא יוצא מן הכלל, הם ישובים ישראלים והדברים מדברים בעד עצמם.
51. בחינת ההיסטוריה החקיקתית של החוק מעידה אף היא שהחוק נועד לשם "מתן פתרון למורכבות עובדתית ומשפטית שמאפיינת את ההתיישבות הישראלית" (פסקה 177 לתגובת הממשלה. עוד ראו פסקה 178). בהצעת החוק צוין הדבר במפורש בסעיף המטרה בו נאמר כי החוק נועד "להסדיר את ההתיישבות הישראלית ביהודה והשומרון ולאפשר את המשך ביסוסה ופיתוחה" (ההדגשה הוספה). דברי ההסבר בהצעת החוק התייחסו אף הם מפורשות לכך בציינם כי מטרת החוק היא "להסדיר את מעמדם של יישובים ישראלים ביהודה והשומרון [...] כדי לאפשר את המשך ביסוס ופיתוח ההתיישבות הישראלית באזור" (ההדגשות הוספו). השמטת המילה "ישראלית" בנוסח הסופי של החוק אין בה כדי לשנות מן המסקנה כי הוא נועד ליתן מענה למגזר ההתיישבות הישראלי באזור בלבד, תוך מתן עדיפות למגזר זה על פני המגזר הפלסטיני. הממשלה, הכנסת ומועצת מטה בנימין טענו בהקשר זה כי קיימת בנייה בישובים פלסטינים שאף עמה צפוי החוק להיטיב. ואולם, לא הוצג בהקשר זה נתון כלשהו לביסוס הדברים, ומשכך נותרה טענה זו טענה בעלמא.
52. העולה מן האמור הוא כי פגיעתם של ההסדרים הקבועים בחוק, לא כל שכן משקלם המצטבר, מתמקדת רובה ככולה בפלסטינים תושבי האזור (השוו השוו בג"ץ 6698/95 קעדאן נ' מינהל מקרקעי ישראל, פ"ד נד(1) 258, 280-279 (2000) (להלן: עניין קעדאן); עניין נסר, פסקה 46 לחוות דעתה של הנשיאה (בדימ') ד' ביניש). זאת, שכן החוק נותן עדיפות מובהקת לתושבי האזור הישראלים על פני התושבים הפלסטינים שם, הן בכל הנוגע לשמיטת הליכי האכיפה והן בהקצאת המקרקעין ובהכשרה בדיעבד של הבנייה הבלתי חוקית בהם.
53. הממשלה, הכנסת ומועצת מטה בנימין הוסיפו וטענו כי ככל שהחוק מיטיב עם ההתיישבות הישראלית באזור, אין בכך הפליה פסולה כי אם הבחנה מותרת. זאת, משום שלשיטתן קיים שוני רלוונטי בין ההתיישבות הישראלית באזור ובין ההתיישבות הפלסטינית שם. לטענת המשיבות, מרבית התושבים הפלסטינים באזור כלל אינם מתגוררים בשטחי C שבהם מצויים המקרקעין שעליהם חל החוק, ועל כן לא נפגעות זכויותיהם. עוד הן טוענות כי החוק נותן מענה למציאות החיים באזור המפלה דווקא תושבים יהודים, שכן חוקי הרשות הפלסטינית אוסרים על פלסטינים למכור מקרקעין באזור ליהודים, ולכן התושבים היהודים הם אלה שמוגבלים ביכולתם לרכוש מקרקעין כדין בשטחי האזור. לבסוף ובהסתמך, בין היתר, על פסק דינו של בית משפט זה בעניין ניר נטען כי החוק מבקש ליתן מענה לבעיה ייחודית המאפיינת את ההתיישבות הישראלית באזור, שהוקמה – בניגוד להתיישבות הפלסטינית – בעידוד המדינה מבלי שזו דאגה להסדיר התיישבות זו.