דו"ח ועמדת המפקח על ההקדשות מיום כ"ה בתשרי תשע"ו (8.10.2015)
ביום י"ח באדר התשע"ה (9.3.2015) מינה כבוד הראשון לציון ונשיא בית הדין הרבני הגדול הרה"ג יצחק יוסף שליט"א בהתאם לתקנה ק"צ(1) לתקנות הדיון את עו"ד רפאל אסרף למפקח על ההקדשות (י"פ 7008, עמ' 4279) (להלן: המפקח על ההקדשות או המפקח). בשל חשיבות העניין והצורך להגיע לחקר האמת ולהוציא דין צדק, ביקש בית הדין ביום ד' בניסן תשע"ה (24.3.2015) מהמפקח על ההקדשות להגיש דו"ח על ההקדש והפעילויות המתקיימות בו, ולשם כך אִפשר לו להיפגש עם מי שימצא לנכון ולקיים את כל הבירורים הנחוצים לדעתו. כמו כן, בית הדין הורה למפקח כי הוא רשאי, אם ימצא לנכון, להגיש עמדה במחלוקות שלפנינו, כולן או חלקן.
ביום כ"ה בתשרי תשע"ו (8.10.2015) הומצאו לתיק דו"ח ועמדת המפקח על ההקדשות. בדו"ח פירט המפקח את פעולותיו כאשר בין היתר ציין כי ערך סיורים ובדק את שטח ההקדש. בנוסף ציין כי קיים פגישות עם נציגי המחזיקים השונים בנכס במשרדו ובשטח ההקדש עצמו. על הנציגים עמם נפגש המפקח נמנו מר דוד אנגלהרט – נציג המערערים, הרב נפתלי חדש והרב אהרן נשר.
בעמדתו התייחס המפקח לשאלות המשפטיות הנוגעות לסמכותו העניינית של בית הדין הרבני בנוגע להקדש מושא הליך זה ולטענות ב"כ היועץ המשפטי לממשלה. בין היתר שלל את טענת הסברה שהעלה ב"כ היועץ המשפטי לממשלה ולפיה סביר להניח כי הקדש בית יהודה נוצר קודם לשנת 1921 – המועד שבו קיבלו בתי הדין הרבניים סמכות שיפוט לעניין הקדשות שנוצרו לפני בית דין רבני – מאחר שבית הכנסת פעיל כבר משנת 1880, ועל בסיס דברי הנאמנים אשר אמרו לבית הדין בשנת 1942 כי הנכס רשום על שמם במשרדי מס רכוש "והואיל ובחליפת הזמנים לא נשארה רשימה רשמית על הקדשתה של החצר הזאת בדרך פורמלית".
כמו כן, על בסיס אסמכתאות משפטיות המפקח שלל את דעתו של ב"כ היועץ המשפטי לממשלה אשר לטענתו כינון הקדש מחדש ייעשה רק על ידי המקדיש בעצמו, וכן בנוגע לסוגיית תוקפן של תקנות כנסת ישראל מח' בטבת תרפ"ח (1.1.1928) וסמכות בתי הדין הרבניים ביחס לסמכות לשכות הרבנות ובנוגע לפניית הנאמנים לבית המשפט כשנתיים לאחר שפנו לבית הדין הרבני וראייתה כהעברת הפיקוח אליו בבחינת "הפה שאסר הוא הפה שהתיר".
בסופו של דבר הסיק המפקח כי הסמכות העניינית לדון בכל הנוגע לניהולו הפנימי של ההקדש מושא הליך זה מסורה באופן בלעדי לבית הדין הרבני.